ネオアンチゲン予測解析 NEW

ネオアンチゲン候補ペプチドの配列と HLAへの結合親和性を予測

■お問い合わせ窓口

お問い合わせ

特長

  • 全エクソンシーケンス(WES)または全ゲノムシーケンス(WGS)およびRNA-Seqデータから複合的に予測
  • ネオアンチゲン候補ペプチドの配列リストを作成
  • HLA(MHC Class I)への結合親和性を予測

概要

がん細胞特異的な遺伝子変異に由来する抗原は、正常細胞中に本来存在しないためネオアンチゲンと呼ばれ、これを標的としたがん免疫療法の開発が期待されています。タカラバイオでは、研究分野で培ってきた先端的な次世代シーケンサー解析の技術を活かし、がん細胞特異的な遺伝子変異情報にRNA発現量情報を組合わせたオミックス解析により、ネオアンチゲンのペプチド配列の予測を行います。

サービス内容

正常組織および腫瘍組織から抽出したDNA由来の全エクソンシーケンスまたは全ゲノムシーケンスデータ、および腫瘍組織から抽出したRNA由来のRNA-Seqデータから、腫瘍組織特異的変異、CNV、融合遺伝子、遺伝子発現量、Cancer/Testis(CT)抗原発現量およびHLAタイプ(MHC Class Iに限る)をそれぞれ検出します。これらのデータを組み合わせることにより、多型(SNP)を考慮した染色体ごとのアミノ酸配列を構築し、HLAとの結合親和性の高いネオアンチゲン候補ペプチド配列(10アミノ酸前後)を予測します。
本解析は、東京大学医学部附属病院免疫細胞治療学講座 垣見和宏先生らの研究グループとの共同研究のもと開発されました。

  1. 作業の流れ
    作業の流れ

  2. 情報解析
    予測するネオアンチゲン候補となるペプチド配列は以下の通りです。

    - 体細胞変異を持つペプチド配列
    近傍のSNPや変異を考慮し、各アイソフォームのペプチド配列を作成します。
    各アイソフォームのペプチド配列

    各アイソフォームのペプチド配列

    また、近傍変異間のフェーズを考慮してペプチド配列を作成します。
    フェーズを考慮してペプチド配列を作成
    ※フェーズが決まらない場合は、全ての組み合わせでペプチド配列を作成します(上限数あり)。


    - 融合遺伝子に由来するペプチド配列
    下流側遺伝子のフレームに依り、breakpoint周辺のみ、またはbreakpointから下流すべてがネオアンチゲン候補となります。上流・下流遺伝子の各アイソフォームを考慮したペプチド配列を作成します。
    融合遺伝子に由来するペプチド配列

    - Cancer/Testis(CT)抗原由来のペプチド配列
    RNA-Seq解析データから、CT抗原遺伝子が一定以上発現している場合、各アイソフォームの全長配列からペプチド配列を作成します。
    Cancer/Testis(CT)抗原由来のペプチド配列


    【納品データ例】
    ネオアンチゲン候補ペプチドリスト(Excel)
    ネオアンチゲン候補ペプチドリスト

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • ネオアンチゲン候補ペプチドリスト(Excel)
  • マッピング結果(BAM)
    - 正常検体 WES(またはWGS)
    - 腫瘍検体 WES(またはWGS)
    - 腫瘍検体RNA-Seq
  • 変異検出結果(VCF)
    - 生殖細胞変異
    - 体細胞変異
    - 体細胞変異と生殖細胞変異をマージしたVCF
    - 腫瘍検体CNV
  • 遺伝子単位 & 転写産物単位発現解析結果(Excel)
  • 融合遺伝子検出結果(Excel)
  • Purity推定結果(Excel)
  • HLAタイピング結果(Excel)

ご注文方法

  • メール注文
    ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
    ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で、解析依頼書をダウンロードいただきますと、登録情報が依頼書に反映されます。

  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書を下記サンプル送付先へご送付ください。

受入サンプル

シーケンスデータ:fastq形式
  • 全エクソーム解析データまたは全ゲノムシーケンス解析
    ペアエンドシーケンスされた正常検体および腫瘍検体のペアのシーケンスデータが必要です。
  • RNAシーケンス解析データ
    ペアエンドシーケンスされたシーケンスデータが必要です。
※ データの不足等により、ご要望にお応えできない場合がございます。

ご留意事項

送付データに起因する検出不能の場合は、責任を負いかねますのであらかじめご了承ください。
ヒト生体試料の解析にあたり、インフォームド・コンセントを受けたものであること、個人情報が特定できないよう匿名化されているものに限らせていただきます。 詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。