空間トランスクリプトーム解析（全トランスクリプトーム空間解析）

＜お知らせ＞

• 凍結組織からの高感度空間トランスクリプトーム解析
• Broad Instituteで開発されたSlide-seq v2（Curio Seeker）^＊がベース技術
• シングルセルレベルの解像度で解析可能
• polyAを持つ全トランスクリプトームが解析対象
• 様々な真核生物で解析可能

組織中の形態学的位置情報を保持したまま遺伝子発現解析が可能なCurio Seeker Spatial Transcriptomics Kit（Curio Seekerキット）を用いて空間トランスクリプトーム解析を行います。polyAを持つmRNAを解析対象とするため、様々な真核生物における全トランスクリプトームが解析可能です。このアッセイは次世代シーケンサー以外の特別な装置を必要としないため、Curio Seekerキットを購入いただき、お客様ご自身で作製いただいた切片スライドグラスやライブラリーを送付いただくことで、途中工程から依頼いただくことも可能です。

凍結組織などを提供いただき、位置情報バーコードおよびmRNAキャプチャー配列を持つビーズ（直径10 μm）が敷き詰められたTile Slide上に、凍結組織切片を配置する事で、組織中のmRNAをビーズで捕捉し空間位置情報を含むcDNAライブラリーを調製します。イルミナ社シーケンサー（NovaSeq）でシーケンスし、得られたデータとビーズ位置情報を専用ソフトで解析することで、高感度な空間遺伝子発現マップを構築します。
※Curio Seeker Spatial Transcriptomics Kitを事前にご購入いただきます。
※スライド作製等の一部作業は病理会社へ委託する可能性があります。

■解析作業フロー

　技術紹介動画はこちら（外部サイト）

■Curio Seeker tile概略図


■高感度な空間遺伝子発現マップ

■チラシをご覧ください。

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

お見積りについてはこちらよりご依頼ください。

• 作業報告書
• シーケンスデータ（fastq）
• 解析データ（空間遺伝子発現マップ結果等）　一式

■クラウド納品について
Boxによるクラウド納品を行います。共同研究者様とのデータの共有を簡単に行っていただけます。
※クラウド納品ご選択時の注意事項

• シーケンスデータはサイズが大きいためダウンロードに時間を要する場合がございます。
  事前に回線速度を測定し、ご確認の上、ご依頼ください。
  推奨回線速度計測サイトはこちらから
• 回線速度が110 Mbpsの場合：500 GByteのダウンロードに10時間、50 Mbpsの場合：23時間が目安です。
• シーケンスデータサイズの目安は以下となります。
  

  エクソームシーケンスやRNA-Seq （シーケンスデータ量 5～6 Gbase／サンプル）	約5 GByte／サンプル
  全ゲノムシーケンス （シーケンスデータ量 90 Gbase／サンプル）	約70 GByte／サンプル

• 150 GByteを超える大量のデータをダウンロードする際にはBox Drive（デスクトップ用アプリ）をインストールしてご利用ください。
• ご依頼内容によっては対応が難しい場合がございます。その場合は、メディア納品（HDD等）への変更をご案内します。
• 事前のテストをご希望の場合はご連絡ください。

以下のフォーマットにご記入のうえ、電子メールにてこちらへご送付ください。

• 空間トランスクリプトーム解析(Trekker/Seeker）発注依頼書（Excel）
• 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。


• 検体送付
  ・検体送付前に必ず、情報提供用紙をご送付ください。弊社より臨床検体専用の輸送箱をご案内いたします。
  ・検体ならびに依頼書を下記検体送付先へご送付ください。
  ・検体は乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

●凍結組織の場合

• ✔ 凍結組織
• ✔ Curio Seeker Spatial Transcriptomics Kit　一式（Cat. No. SK004またはSK003）
• ✔ Curio Seeker Dual Indexing Primer Kit V2（Cat. No. K006）

●凍結切片スライドグラスの場合：お客様にて切片の解析領域位置を決定できます。

• ✔ 凍結切片スライドグラス　1枚（Tile Slideに貼り付けたもの）
• ✔ 凍結切片スライドグラス　1枚（HE染色用）
• ✔ Curio Seeker Spatial Transcriptomics Kit　一式（Cat. No. SK004またはSK003）
• ✔ Curio Seeker Dual Indexing Primer Kit V2（Cat. No. K006）

●Curio Seeker kitを用いて作製したライブラリー溶液の場合：シーケンス作業以降のみを実施いたします。

• ✔ ライブラリー溶液
• ✔ ライブラリー定量結果（QubitおよびBioanalyzerまたはTapeStation結果）
• ✔ Seeker 10x10 Bundle（Cat. No. SK003）またはSeeker 3x3 Bundle V1.1（Cat. No. SK004）のキット情報
• ✔ ビーズバーコードファイル

・ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒト試料・情報の取り扱いについて」をお読みください。

・お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。