相乗りシーケンス解析

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※ 2021年4月19日より、相乗りシーケンスの仕様が変更となりました。
・DNA-Seq解析 短納期プランで使用するライブラリー作製キットが、TruSeq Nano DNA Library Prep Kitから、ThruPLEX DNA-seq kitに変更となりました。
・ヒトエクソーム解析で使用するエクソン領域濃縮キットが、SureSelect(Human All Exon V6)からTwist Comprehensive Exome Panelに変更となりました。
・SMART-Seq解析 短納期プランでは、RNAの品質検定を行いません。品質検定をご希望の場合は、オプション作業にて無償で承りますが、納期が延びます。

※ 2020年8月より、遺伝子発現量の解析方法を変更いたしました。
・解析に使用するツールをDragenに変更しました。
・解析に使用する標準の参照配列をEnsembl(GENECODE)に変更しました。
 過去データとの比較をご希望の場合は弊社担当にご相談ください。

特長

  • イルミナ社NovaSeq 6000を用いたハイスループットな塩基配列解析
  • ライブラリー受け入れ相乗りプランで自由度高い活用を
  • 最短2週間納品の短納期プラン
  • 国内設備と安心のセキュリティ体制

概要

次世代シーケンサーのデータ産生能力は年々増加しており、アプリケーションによってはオーバースペックになっています。タカラバイオでは、イルミナ社NovaSeq 6000を用いたペアエンドシーケンス解析を複数のお客様でシェアしていただくことにより、最適なデータ量をお求めやすい価格でご提供いたします。

サービス内容

NovaSeqのペアエンドシーケンスの解析単位である1レーン分を複数ユーザーでシェアしていただくサービスです。NovaSeq 6000を用いた150 base長ペアエンドシーケンスを実施いたします。使用するライブラリーキットや得られるデータ量の目安はアプリケーションによって異なります。以下の表をご参照ください。

●ライブラリー受け入れ相乗りシーケンス解析
サービス
内容
送付サンプルデータ量目安価格(税別)納期
ライブラリー受け入れ
相乗りシーケンス解析
混合済みライブラリー
(1~16インデックス混合可能)
濃度:10 nM 以上(20 μl 以上)
100 Gbase
または
6.6億リード
¥267,0002週間~
★短納期
混合済みライブラリー
(インデックスは自由にご利用ください。)
濃度:10 nM以上(30 μl以上)
600 Gbase
または
40億リード
¥917,0002週間~
★短納期

事前(検体送付日の約1週間前)にライブラリー情報(キット名、ライブラリー量、インサートサイズ、インデックス配列)および電気泳動図のご提供をお願いしています。インサートサイズは300~500 bpを基準としており、極端に小さいもの、大きいものは対応不可の場合がありますので、事前にご相談ください。
NovaSeq v1.5試薬に対応したIndex情報をご提供ください。また参照したキットマニュアルのコピーを必ずご提供ください。
持ち込みライブラリーのため、データ量および品質保証はいたしかねます。
ライブラリーの種類によっては、カレンダースケジュールより数日納期が延びるものがございます。
 例)Chromiumシステムを使用するライブラリーキットなど

●DNA-Seq解析、全ゲノムシーケンス解析
短納期相乗りプラン: 6 Gbase/検体、納期最短 約2週間
微生物のゲノムドラフト解析やゲノムサイズが200 Mbase程度までの生物の変異解析に最適です。
ThruPLEX DNA-Seq Kitを用いてライブラリー作製を行います。PCRフリーライブラリーには対応しておりません。

短納期相乗りプラン: 90 Gbase/検体、納期最短 約4週間
ヒト、マウスなどの全ゲノムシーケンス、変異解析にご利用ください。PCRフリーライブラリーで実施いたします。

一定データ量相乗りプラン: 100 Gbase/一式、納期 約4~6週間
相乗り1件あたり100 Gbaseのデータ量を取得します。1件あたり最大16検体まで混合可能です。PCRフリーライブラリーで実施いたします。
下記以外の検体数の場合はお問合せください。

・シーケンス解析
サービス内容 ライブラリー 送付サンプル データ量 価格(税別) 納期
DNA-Seq解析
短納期プラン
ThruPLEX DNA-Seq Kit ゲノムDNA 200 ng 以上
(濃度 40 ng/μl以上)
6 Gbase
/検体
4検体まで:¥120,000/検体
5検体:¥72,000/検体
8検体:¥53,250/検体
16検体:¥37,625/検体
約4~6週間
★短納期
全ゲノムシーケンス解析
短納期プラン
※ヒト、マウスのみ対象
TruSeq DNA
PCR-Free Library
Prep Kit
ゲノムDNA 4 μg 以上
(濃度 80 ng/μl以上)
90 Gbase
/検体
¥150,000/検体 約4週間~
DNA-Seq解析
一定データ量プラン
TruSeq DNA
PCR-Free Library
Prep Kit
ゲノムDNA 4 μg 以上
(濃度 80 ng/μl以上)
100 Gbase
/一式
2検体 :¥316,000
4検体 :¥382,000
8検体 :¥514,000
16検体:¥778,000
約4~6週間

・情報解析【オプション】
下記以外の解析をご希望の場合はご相談ください。
サービス内容 情報解析 検体数/
データ量
参考価格 参考納期 備考
ヒト全ゲノム
シーケンス解析
ゲノム変異解析 1検体/90 Gbase ¥130,000 +約10営業日 マッピング結果(bamファイル)と変異検出結果(vcfファイル)、変異のアノテーション情報を付加したエクセルファイルを納品
シーケンス解析ではFastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。

●ヒトエクソーム解析
多検体を低価格で解析可能な一定データ量相乗りプランを選択いただけます。1件あたり100 Gbase相当、最大16検体まで混合可能です。
8検体単位でのご案内となります。

・シーケンス解析
横にスクロールできます
サービス内容 ライブラリー 送付サンプル データ量 価格(税別) 納期
ヒトエクソーム解析
一定データ量プラン
Twist Comprehensive panel ゲノムDNA1 μg 以上(濃度 20 ng/μl 以上) 100 Gbase 8検体:¥866,000
16検体:¥1,034,000
約6~8週間

・情報解析【オプション】
ヒトエクソーム変異解析:参照配列にシーケンスリードをマッピングし、変異(SNV, short In/Del)を検出したファイルを納品いたします。
サービス内容 情報解析 検体数/データ量 参考価格 参考納期 備考
ヒトエクソーム解析 変異解析 16検体/100 Gbase ¥130,000 +約10営業日 ヒトエクソーム解析ご依頼の場合のオプション。bamファイル、vcfファイル、変異のアノテーション情報を付加したエクセルファイルを納品
シーケンス解析ではFastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。

●SMART-Seq解析、RNA-Seq解析
短納期相乗りプラン: 4,000万リード/検体、納期最短 約2週間
SMART-Seq解析によるmRNAを対象とした納期重視のシーケンスになります。totalRNAが50 ng程度あれば対応可能です。
SMART-Seq v4 Ultra Low Input Kit + Nextera XT DNA Library Prep Kitを使用してライブラリー作製を行います。

一定データ量相乗りプラン: 6.6億リード/一式、納期 約6~8週間
相乗り1件あたり6.6億リードのデータ量を取得します。
mRNAを対象にしたTruSeq Stranded mRNA Library Prep Kitを用いたシーケンス、total RNAを対象にしたSMART-Seq Stranded Kitを用いたシーケンスが選択いただけます。1件あたり最大8~16検体まで混合可能です。下記以外の検体数の場合はお問合せください。

・シーケンス解析
横にスクロールできます
サービス内容 ライブラリー 送付サンプル データ量 価格(税別) 納期
SMART-Seq解析
短納期プラン
◎mRNA対象
SMART-Seq v4 Ultra Low Input Kit+
Nextera XT DNA Library Prep Kit
total RNA 50 ng程度(液量目安 25 μl以上) 4,000万リード
/検体
4検体まで:¥120,000/検体
8検体:¥66,250/検体
16検体:¥50,625/検体
64検体:¥40,625/検体
約2週間~
★短納期
SMART-Seq解析
通常納期プラン
32検体:¥44,063/検体
48検体:¥40,500/検体
※17検体以上の場合、短納期プランより価格がお得になります。
約6~8週間
RNA-Seq解析
一定データ量プラン
◎mRNA対象
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
total RNA 4 μg 以上
(濃度 200 ng/μl以上)
6.6億リード 2検体:¥354,000
4検体:¥458,000
8検体:¥666,000
16検体:¥1,082,000
約8~10週間
◎total RNA対象
SMART-Seq Stranded Kit
total RNA 50 ng 程度(液量目安 17 μl以上) 2検体:¥322,000
4検体:¥394,000
8検体:¥538,000
約6~8週間

・情報解析【オプション】
※ 2020年8月より解析方法を変更いたしました。解析に使用するツールをDragen、標準の参照配列をEnsembl(GENECODE)に変更しました。
既知遺伝子発現解析:参照配列にシーケンスリードをマッピングし、既知遺伝子の発現量を算出したファイルを納品いたします。
結果例はこちらをご参照ください。
サービス内容 情報解析 検体数/
データ量
参考価格 参考納期 備考
SMART-Seq解析
短納期プラン
既知遺伝子
発現解析
4,000万リード/検体 無償
(シーケンス解析に付属しています。)
追加納期は発生しません。 対象生物種: ヒト、マウス
16検体/6.6億リード ¥140,000 +10営業日 対象生物種: ヒト、マウス以外
RNA-Seq解析
一定データ量プラン
既知遺伝子
発現解析
16検体/6.6億リード ¥140,000 +10営業日 対象生物種:ヒト、マウス、ラット、イネ、シロイヌナズナ等
シーケンス解析ではFastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。
既知遺伝子発現解析の価格は、解析に使用する参照配列により変動いたします。

【オプション解析】
  • 核酸抽出
    核酸抽出からご依頼の場合は、納期+2週間程度かかります。検体数、検体種類によっては納期が遅れる場合がございます。

  • WEB納品
    短納期プランのオプションメニューです。短納期プランご依頼で、情報解析のオプション無しの場合にご選択いただけます。通常価格より5,000円お値引させていただきます。17検体以上ご依頼の場合はWEB納品では対応できません。
    注意事項をご確認の上、ご選択ください。

  • 情報解析
    オンライン注文にて、下記メニューを選択いただくことが可能です。
    ・既知遺伝子発現解析
    参照配列にシーケンスリードをマッピングし、既知遺伝子の発現量を算出したファイルを納品いたします。
    ・ゲノム変異解析
    参照配列にシーケンスリードをマッピングし、変異(SNV, short In/del)を検出したファイルを納品いたします。


【相乗り:短納期プランについて】
※2021年4月19日より、相乗り:短納期プランの仕様が変更となりました。
・DNA-Seq解析 短納期プランで使用するライブラリー作製キットが、TruSeq Nano DNA Library Prep Kitから、ThruPLEX DNA-Seq Kitに変更となりました。
・SMART-Seq解析 短納期プランでは、RNAの品質検定を行いません。品質検定をご希望の場合は、オプション作業にて無償で承りますが、納期が延びます。


・オンライン注文限定のサービスです。一度に最大96検体をご依頼いただけます。全ゲノムシーケンス解析は一度に最大6検体までのご依頼となります。
・カレンダーをご確認の上、オンライン注文にてご依頼ください。オンライン注文はこちら
オンライン注文入力期限は、サンプル到着期限日◆の前営業日12時です。カレンダーのサンプル到着期限日◆の前営業日12時までにオンライン注文を完了してください。12時以降の注文の場合は、期限内にサンプルが到着しても次のランスケジュールでの解析とさせていただきます。
・カレンダーの◆印のサンプル到着期限日の午前中までの必着でサンプルをお送りください(サンプルの受入は平日のみです)。
・受入れ検体数が上限に達した場合、次のランスケジュールでの実施となります。サンプル到着順の作業となります。
・サンプル到着期限日◆より、約11営業日で納品物を弊社より発送します。

短納期カレンダー2021年10月

短納期カレンダー2021年11月

短納期カレンダー2021年12月

短納期カレンダー2022年1月

◆ … サンプル到着期限日(この日の午前中までの必着で送付してください。オンライン注文は、到着期限の前営業日の12時までに行ってください。)
● … データ発送予定日(発送予定日は状況により前後する場合がございます。)

<短納期プラン 注意事項>
・SMART-Seq解析をご依頼の場合、RNAの品質検定は実施いたしません。記載いただいたサンプル情報にて作業を進めます。品質検定をご希望の場合は、オプションにて承り、ランスケジュール2回分の納期をいただきます。
・全ゲノムシーケンス解析、DNA-Seq解析、ライブラリー受け入れ相乗りシーケンス解析をご依頼の場合、サンプル受領後、弊社にて品質検定を実施しますが、品質結果の途中報告は行いません。
送付サンプルの品質基準に満たなくても、作業は進めさせていただきます。
・下記の場合は、次のランスケジュールで実施となります。
✔ オンライン注文完了がサンプル到着期限日◆の前営業日12時以降となった場合
✔ サンプル到着期限日◆の午前中までにサンプルが届かなかった場合
✔ オンライン注文時の情報入力に不備があった場合
・核酸抽出からご依頼の場合は、核酸抽出作業が終了後、直近のランスケジュールにて対応します。
・情報解析をあわせてご依頼の場合は、カレンダー発送予定日より+10営業日程度お時間をいただきます。
・下記の場合は納期が延びる可能性がございます。
✔ ライブラリー受け入れ相乗りプランでは、ライブラリーの種類によっては、カレンダースケジュールより数日納期が延びるものがございます。
 例)Chromiumシステムを使用するライブラリーキットなど
✔ シーケンス不良で再シーケンスとなった場合
✔ 各作業工程における弊社判断基準を下回る場合には、カレンダー記載の納期を達成できない、または解析中止となる可能性がございます。
・解析中止となりました場合には、それまでの作業代金を申し受けます。
・納品予定カレンダーは、その他受託状況により変更することがございます。

価格・納期

・価格: 注文方法、メニューにより価格が異なります。サービス内容をご参照ください。
・納期: 短納期プラン: カレンダー参照(最短約2週間~)
一定データ量プラン: 約4~8週間 *サービス内容をご参照ください。
※ オプション作業の納期は含まれておりません。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式(fastq形式ファイル)

オプション情報解析
  • マッピング結果(bam形式ファイル)
  • 解析結果(Excel形式ファイル)
    など
    ※⽣物種︓ヒト、マウスの既知遺伝⼦発現解析をご依頼の場合、マッピング結果(bam形式ファイル)は納品物に含まれません。ご希望の場合は別途ご相談ください。

※ WEB納品ご選択時の注意事項
・WEB納品システムの対応ブラウザは、Google Chromeです。
・各ファイルのダウンロードは1回のみです。
・シーケンスデータはサイズが大きいため時間を要する場合がございます。
 事前に回線速度を測定し、ご確認の上、ご依頼ください。
 ・推奨回線速度計測サイト: https://www.musen-lan.com/speed/speed-img.html
 ・測定結果が20Mbpsの場合:20分/サンプル、50Mbpsの場合:10分/サンプルが目安です。
 ・複数サンプルのご依頼の場合はこの数倍の時間を要しますのでご注意ください。
 ・シーケンスデータはエクソソームシーケンスやRNA-Seqでは5GB/サンプル
  全ゲノムシーケンスでは数十GB/サンプルが目安です。

ご注文方法

オンライン注⽂とメール注⽂の2種類からお選びください。
相乗り︓短納期プランをご利⽤の場合は、必ずオンライン注⽂からご注⽂ください。

  • オンライン注文:
    WEB会員登録後、必要事項を⼊⼒してご注⽂ください。オンライン注⽂へ
    WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注⽂いただけます。注⽂履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利⽤いただけます。
    ※ ⽣物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は⾒積書をご⽤意の上、ご依頼⽅法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
    ご注⽂⽅法の概略については、「オンラインのご注⽂⽅法について」をご参照ください。
    ※オンライン注⽂ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
    また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、⼀部の画⾯が表⽰できません。

  • メール注⽂:
    ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記⼊の上、電⼦メールにてこちらへご送付ください。
    ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず⼀致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。

  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書(オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物)を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。 また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・送付サンプルがRNAの場合には、凍結状態を維持するために⼗分量のドライアイスを同梱し冷凍便で、送付サンプルがDNAの場合には-20℃の状態の冷凍便でお送 りください。

受入サンプル

サンプル量・濃度は、上記のサービス内容、送付サンプルをご参照ください。
→ SMART-Seq解析、RNA-Seq解析の受入れサンプル詳細はこちらにも記載がございます。
→ 全ゲノムシーケンス解析の受入れサンプル詳細はこちらにも記載がございます。

ご不明な場合、基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

■ゲノムDNAについて
・DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
・電気泳動(1%ゲル)にて10~20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入および分解がないことをご確認ください。

■total RNAについて
・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
・DNase処理を実施してください。
・サンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
・電気泳動にてrRNAのバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。

■ライブラリーについて
・混合済みライブラリーをご送付ください。混合されていない場合は、ライブラリー数に応じた品質検定の追加費用を申し受けます。
・事前(検体送付日の約1週間前)にライブラリー情報(キット名、ライブラリー量、インサートサイズ、インデックス配列)および電気泳動図のご提供をお願いしています。インサートサイズは300~500 bpを基準としており、極端に小さいもの、大きいものは対応不可の場合がありますので、事前にご相談ください。
・NovaSeq v1.5試薬に対応したIndex情報をご提供ください。また参照したキットマニュアルのコピーを必ずご提供ください。

■サンプル送付容器について
・ゲノムDNA、total RNA、ライブラリーは1.5 mlチューブでご送付ください。
 0.5 mlチューブ、PCRチューブ、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。
 24検体以上の場合は、96 well plateでご送付ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。

<推奨プレートおよびシール>
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates(Eppendorf社, No. EP-0030128.648)
・WATSON タイタースティック HCフィルム(547-KTS-HC)

ご留意事項

  • 本解析は複数ユーザー様のサンプルを混合してシーケンスいたします。混合データからタグ配列をもとに分類し、各サンプルデータを作成いたしますが、それぞれに別データが混入する可能性を否定することはできません。ご了承ください。
  • ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
    詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
  • お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。