送付サンプル量の目安および納品物について

品質チェックの結果で弊社条件を満たさない場合、改めてサンプルの送付をお願いする場合があります。
※下記サンプルの核酸抽出をご希望の場合は事前に情報提供用紙を弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。


次世代シーケンス(NGS)解析

○RNA解析関連

送付サンプル量の目安

  • total RNAなど
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
    アプリケーション種類 生物種 サンプル量 液量(目安) 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    mRNA対象
    SMART-Seq v4 Ultra Low Input Kit
    +Nextera XT DNA Library Prep Kit
    total RNA
    50 ng程度
    25 μl以上 1.6以上
    cDNA
    5 ng以上
    10 μl以上
    total RNA対象
    SMART-Seq Stranded Kit
    ヒト/マウス/ラット total RNA
    50 ng程度
    17 μl以上 1.6以上
    • RNAサンプルはpolyA RNA精製は行わないでください。
    • 電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。また、DNAの混入が無いように注意してください。必要に応じてDNase処理を行ってください。
    • RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
    • RNAサンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
    • cDNAサンプルは、SMART-Seq v4 Ultra Low Input KitまたはSMART-Seq HT Kitにて増幅したcDNAサンプルをご送付ください。

    ■サンプル送付容器について
    • RNAサンプルは1.5 mlチューブでご送付ください。
      24検体以上の場合は、96 well plateでご送付ください。プレートでご送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。

    <推奨プレートおよびシール>
    • Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates(Eppendorf社, No. EP-0030128.648)
    • SEAL & SAMPLE Aluminium foil Lid(Biomek社, No. 538619)

  • 培養細胞、各種組織、血液や原核生物、植物など
      サンプル量 送付形態
    培養細胞 1×106 cells以上凍結細胞ペレット/1.5 mlマイクロチューブ
    組織 3~5ミリ角片で100 mg以下凍結組織/1.5または2 mlマイクロチューブ
    血液 400 μl以上凍結血液
    ※血液の量の倍量以上の体積の容器に入れてご送付ください。(例:血液400 μlであれば1.5 mlチューブ)
    FFPE 10 μm厚、250 mm2で7枚1.5または2 mlマイクロチューブ
    • 送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。
    • サンプリングする部位によって解析結果が異なることを回避するため、組織の場合には目的の部位のみをお送りください。特定の部位の摘出はお受けできません。


    <細胞の場合>
    細胞ペレットをPBSで洗浄して遠心分離により上清を完全に除去した後、直ちに細胞ペレットを液体窒素により瞬間凍結させて、-80℃で凍結保存してください。

    <組織の場合>
    摘出した組織を直ちに液体窒素により瞬間凍結させて-80℃で凍結保存してください。液体窒素による瞬間凍結が困難な場合には、RNAlater試薬に浸漬してください。組織サンプルの10倍量のRNAlater試薬を添加します(組織 1 mgに対して約10 μl)。

    大きな組織片は、瞬間凍結やRNAlater試薬の浸透が不十分になり、保存時にRNAの分解が生じたり、その後の抽出作業が妨げられますので、添加前に0.5 cm以下の厚さの組織片に速やかにカットした後に瞬間凍結またはRNAlaterに浸漬してください。大きな組織片からの抽出はお受けできません。

    <血液の場合>
    抗凝固剤を使用する際には、クエン酸、EDTA/2Naを使用し、ヘパリンは使用しないでください。


納品物
  • 作業報告書
  • シーケンスデータ(Fastq)

オプション情報解析
  • 解析結果(Excel形式ファイル)
  • 既知遺伝子発現解析(有償)の場合。マッピング結果(bam形式ファイル)

○ゲノム解析関連

送付サンプル量の目安

  • ゲノムDNA
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
    アプリケーション種類 濃度 液量(目安) 純度  
    OD260/OD280
    OD260/OD230
    全ゲノムシーケンス解析
    (イルミナ社ショートリードシーケンス)
    4 μg以上 50 μl以上 1.6以上 電気泳動(1%ゲル)にて10~20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入および分解がないことをご確認ください。
    ヒトエクソーム解析 1 μg以上 50 μl以上
    de novo ゲノム解析
    (PacBio社ロングリードシーケンス)
    30 μg以上 100 μl以上 電気泳動(1%ゲル)にて20 kb以上に明確なバンドが検出され、低分子の混入および分解がないことをご確認ください。
    • DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
    • de novo ゲノム解析の場合、DNA抽出はフェノール/クロロフォルム法または長鎖DNA抽出用キットを使用してください。抽出後は凍結せず冷蔵(4℃)で、できるだけ早くサンプルをご送付ください。

    ■サンプル送付容器について
    • ゲノムDNAサンプルは、1.5 mlチューブでご提供ください。0.2 ml、0.5 ml、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。
      ※ショートリードシーケンス 24検体以上の場合は96 well plateでご提供ください。プレートでご送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。

    <推奨プレートおよびシール>
    • Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates(Eppendorf社, No. EP-0030128.648)
    • WATSON タイタースティック HCフィルム(547-KTS-HC)

  • 培養細胞、各種組織、血液や植物など
      サンプル量 送付形態
    培養細胞 1×106 cells以上
    ※PacBio社ロングリードシーケンスの場合は、30 μgのDNA収量が見込める細胞数をご送付ください。
    凍結細胞ペレット/1.5 mlマイクロチューブ
    組織 3~5ミリ角片で100 mg程度凍結組織/1.5または2 mlマイクロチューブ
    血液 1~2 ml抗凝固剤(EDTA/2NaもしくはEDTA/2K)採血管
    FFPE 10 μm厚、250 mm2で7枚1.5または2 mlマイクロチューブ
    菌体ペレット(細菌) 40 mg/本を2本分程度1.5 mlマイクロチューブ
    菌体ペレット(真菌) 200 mg/本を2本分程度1.5 mlマイクロチューブ
    • 送付サンプルの採取方法によっては良質なDNAが抽出できない場合があります。
    • サンプリングする部位によって解析結果が異なることを回避するため、組織の場合には目的の部位のみをお送りください。特定の部位の摘出はお受けできません。


    <細胞の場合>
    細胞ペレットをPBSで洗浄して遠心分離により上清を完全に除去した後、細胞ペレットを液体窒素・ドライアイスなどですばやく凍結させてください。

    <組織の場合>
    採取後、組織重量を測定し、液体窒素・ドライアイスなどですばやく凍結させてください。3~5ミリ角片の大きさで規定量をご準備ください。大きな組織片からの抽出はお受けできません。

    <血液の場合>
    抗凝固剤(EDTA/2NaもしくはEDTA/2K)入りを用いて採血後、4℃で保管、-80℃で凍結させてください。


    <菌体ペレットの場合>
    遠心分離により培地を完全に除去した後、菌体ペレットを液体窒素・ドライアイスなどですばやく凍結させてください。


納品物
  • 作業報告書
  • シーケンスデータ

オプション情報解析

<ゲノム変異解析>
  • マッピング結果(bam形式ファイル)
  • 変異検出結果(vcf形式ファイル)
    解析結果(Excel形式ファイル)

<アセンブル>
  • アセンブル結果(コンティグ配列、統計情報)


○調整済みライブラリー提供(NovaSeqシーケンスのみ)

  • 混合済みライブラリー
      濃度
    混合済みライブラリー 濃度:10 nM以上(30 μl 以上)
    • NovaSeqシーケンス 1/6レーンあたり最大16インデックスまで混合いただけます。
    • NovaSeqシーケンス 1/6レーン単位でのご依頼の場合、インサートサイズは300~500 bpを基準としており、極端に小さいもの、大きいものは対応できない場合があります。
    • NovaSeqシーケンス 1レーンをご依頼の場合はインデックス混合数の上限はございません。
    • 事前(検体送付日の約1週間前)にライブラリー情報(キット名、ライブラリー量、インサートサイズ、インデックス配列)をご提供ください。

    納品物
    • 作業報告書
      シーケンスデータ(Fastq)



細菌叢・メタゲノム解析

○16S rRNA解析(細菌叢解析)

送付サンプル量の目安

  • 糞便検体
    採便容器のブラシのみに便が付く程度(米粒程度で十分です)。
    詳細は、送付する採便キット付属の説明書をご参照ください。

  • ゲノムDNA
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
      サンプル量 濃度 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    ゲノムDNA *1 10 ng/μl 1.6以上
    *1 液量20 μl以上でご送付ください。記載濃度は目安です。サンプル濃度が記載濃度以上であっても、提供サンプル中に含まれるバクテリア由来DNA量によっては、十分量のPCR産物が得られない場合がございます。また基準を満たしていない場合でも、PCR産物が得られる場合もございます。
    ・DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。

    ■サンプル送付容器について
    • ゲノムDNAサンプルは、1.5 mlチューブでご提供ください。
      24検体以上の場合は96 well plateでご提供ください。プレートでご送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。

    <推奨プレートおよびシール>
    • Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates(Eppendorf社, No. EP-0030128.648)
    • WATSON タイタースティック HCフィルム(547-KTS-HC)

納品物
  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 系統分類結果等


○ショットガンメタゲノム解析

送付サンプル量の目安

  • 糞便検体
    サンプル量 温度
    目安:200 mg(小豆大)程度*2 冷凍
    *2 採取・送付方法については事前にお問い合わせください。

  • ゲノムDNA
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
      サンプル量 液量(目安) 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    ゲノムDNA 200 ng以上 40 μl以上 1.6以上
    ・上記基準に満たない場合や土壌などの環境サンプルの場合は、別途お問い合わせください。
    ・DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
    ・電気泳動(1%ゲル)にて10~20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入および分解がないことをご確認ください。

    ■サンプル送付容器について
    • ゲノムDNAサンプルは、1.5 mlチューブでご提供ください。
      24検体以上の場合は96 well plateでご提供ください。プレートでご送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。

    <推奨プレートおよびシール>
    • Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates(Eppendorf社, No. EP-0030128.648)
    • WATSON タイタースティック HCフィルム(547-KTS-HC)

納品物
  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 系統分類・機能解析結果一式



サンプル情報入力テンプレート

提供予定のサンプル形態に合わせて以下テンプレートを選択し、ダウンロードください。サンプル情報入力後はオンライン注文にてファイルのアップロードをお願いします。
注意事項
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