品質チェックの結果で弊社条件を満たさない場合、改めて検体の送付をお願いする場合があります。
※下記検体の核酸抽出をご希望の場合は事前に情報提供用紙を弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
※下記検体の核酸抽出をご希望の場合は事前に情報提供用紙を弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
- 遺伝子組換え生物等：遺伝子組換え体情報提供用紙
遺伝子組換え体の情報提供と送付方法に関してはこちら - 細菌、真菌、ウイルス、原虫および寄生虫：解析生物に関する情報提供用紙
弊社ではバイオセーフティーレベル3以上の生物および安全性が確認できない検体については受け入れできません。ご了承ください。
次世代シーケンス（NGS）解析
○RNA解析関連
送付検体量の目安
オプション情報解析
- total RNAなど
以下の点にご注意の上、解析検体を調製してください。＊1 短納期プランでは、自動分注機を使用し、プレート単位で作業を実施します。液量調整のため加水処理を実施し、作業を行います。RNA量・濃度が基準に満たない場合は事前にご相談ください。
アプリケーション種類 生物種 検体量 濃度（目安） 液量（目安） 純度 OD260/OD280 OD260/OD230 mRNA対象
SMART-Seq mRNA
＋Nextera XT DNA Library Prep Kit－ total RNA
50 ng程度1.7 ng/μl以上＊1
100 ng/μl以下30 μl以上 1.6以上 total RNA対象
SMART-Seq Stranded Kitヒト／マウス／ラット total RNA
50 ng程度3 ng/μl以上 17 μl以上 1.6以上
- RNA検体はpolyA＋ RNA精製は行わないでください。
- 電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。また、DNAの混入が無いように注意してください。必要に応じてDNase処理を行ってください。
- RNA検体はRNase free水に溶解してください。
- RNA検体調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
■RNA検体送付手順
- 短納期RNA-Seq解析をご依頼の場合：送付キットを利用したRNA検体送付手順
- その他のRNA-Seqをご依頼の場合：RNA検体送付手順
■検体送付容器について
- 短納期プランでは、RNA検体を弊社指定の送付キットでご送付いただいております。送付キットは、オンライン注文時に併せてご依頼ください。
- 短納期プラン以外の場合は、RNA検体は1.5 mlチューブでご送付ください。9検体以上の場合は、96 well plateでご送付ください。プレートでご送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。
＜推奨プレートおよびシール＞
- Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates（Eppendorf社, No. EP-0030128.648）
- タイタースティックHCフィルム（WATSON社, No. 547-KTS-HC）
- 培養細胞、各種組織、血液や原核生物、植物など
＊2 組織重量または細胞数によって使用する試薬が変わる場合がございますので、別途お問い合わせください。検体量 送付形態 培養細胞 ～105 cells または 105～5×106 cells（目安）＊2 凍結細胞ペレット／1.5 mlマイクロチューブ 組織 ～5 mg または 5～30 mg（目安）＊2 凍結組織／1.5または2 mlマイクロチューブ
- 送付検体の採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。
- サンプリングする部位によって解析結果が異なることを回避するため、組織の場合には目的の部位のみをお送りください。特定の部位の摘出はお受けできません。
＜細胞の場合＞
細胞ペレットをPBSで洗浄して遠心分離により上清を完全に除去した後、直ちに細胞ペレットを液体窒素により瞬間凍結させて、－80℃で凍結保存してください。
＜組織の場合＞
摘出した組織を直ちに液体窒素により瞬間凍結させて-80℃で凍結保存してください。液体窒素による瞬間凍結が困難な場合には、RNAlater試薬に浸漬してください。組織検体の10倍量のRNAlater試薬を添加します（組織 1 mgに対して約10 μl）。
大きな組織片は、瞬間凍結やRNAlater試薬の浸透が不十分になり、保存時にRNAの分解が生じたり、その後の抽出作業が妨げられますので、添加前に0.5 cm以下の厚さの組織片に速やかにカットした後に瞬間凍結またはRNAlaterに浸漬してください。大きな組織片からの抽出はお受けできません。
＜血液の場合＞
抗凝固剤を使用する際には、クエン酸、EDTA/2Naを使用し、ヘパリンは使用しないでください。
- 作業報告書
- シーケンスデータ（Fastq）
オプション情報解析
- 解析結果（Excel形式ファイル）
- 既知遺伝子発現解析（有償）の場合。マッピング結果（bam形式ファイル）
○ゲノム解析関連
送付検体量の目安
オプション情報解析
＜アセンブル＞
- ゲノムDNA
以下の点にご注意の上、解析検体を調製してください。アプリケーション種類 検体量 濃度 液量（目安） 純度 注意事項 OD260/OD280
OD260/OD230全ゲノムシーケンス解析
（イルミナ社ショートリードシーケンス）4 μg以上 80 ng/μl 以上 50 μl以上 1.6以上 電気泳動（1％ゲル）にて10～20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入および分解がないことをご確認ください。 ヒトエクソーム解析 500 ng以上 10 ng/μl 以上 50 μl以上 - DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer：10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
■検体送付容器について
- ゲノムDNA検体は、1.5 mlチューブでご提供ください。0.2 ml、0.5 ml、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。
※ショートリードシーケンス 9検体以上の場合は96 well plateでご提供ください。プレートでご送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。
＜推奨プレートおよびシール＞
- Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates（Eppendorf社, No. EP-0030128.648）
- タイタースティックHCフィルム（WATSON社, No. 547-KTS-HC）
- 培養細胞、各種組織、血液や植物など
検体量 送付形態 培養細胞 1×106 cells以上
※PacBio社ロングリードシーケンスの場合は、13 μgのDNA収量が見込める細胞数をご送付ください。凍結細胞ペレット／1.5 mlマイクロチューブ 組織 3～5ミリ角片で100 mg程度 凍結組織／1.5または2 mlマイクロチューブ 血液 1～2 ml 抗凝固剤（EDTA/2NaもしくはEDTA/2K）採血管 FFPE 10 μm厚、150 mm2で4枚 1.5または2 mlマイクロチューブ 菌体ペレット（細菌） 40 mg／本を2本分程度 1.5 mlマイクロチューブ 菌体ペレット（真菌） 200 mg／本を2本分程度 1.5 mlマイクロチューブ - 送付検体の採取方法によっては良質なDNAが抽出できない場合があります。
- サンプリングする部位によって解析結果が異なることを回避するため、組織の場合には目的の部位のみをお送りください。特定の部位の摘出はお受けできません。
＜細胞の場合＞
細胞ペレットをPBSで洗浄して遠心分離により上清を完全に除去した後、細胞ペレットを液体窒素・ドライアイスなどですばやく凍結させてください。
＜組織の場合＞
採取後、組織重量を測定し、液体窒素・ドライアイスなどですばやく凍結させてください。3～5ミリ角片の大きさで規定量をご準備ください。大きな組織片からの抽出はお受けできません。
＜血液の場合＞
抗凝固剤（EDTA/2NaもしくはEDTA/2K）入りを用いて採血後、4℃で保管、－80℃で凍結させてください。
＜菌体ペレットの場合＞
遠心分離により培地を完全に除去した後、菌体ペレットを液体窒素・ドライアイスなどですばやく凍結させてください。
- 作業報告書
- シーケンスデータ
オプション情報解析
＜ゲノム変異解析＞
- マッピング結果（bam形式ファイル）
- 変異検出結果（vcf形式ファイル）
解析結果（Excel形式ファイル）
＜アセンブル＞
- アセンブル結果（コンティグ配列、統計情報）
○調製済みライブラリー提供
（NovaSeqシーケンスのみ）
- 混合済みライブラリー
濃度 混合済みライブラリー 濃度：10 nM以上（30 μl 以上） - NovaSeqシーケンス 100 Gbaseまたは6.6億リード相当をご依頼の場合、最大16インデックスまで混合いただけます。
- インサートサイズは300～500 bpを基準としており、極端に小さいもの、大きいものは対応できない場合があります。
- NovaSeqシーケンス 300 Gbaseまたは20億リード相当以上をご依頼の場合はインデックス混合数の上限はございません。
- 事前（検体送付日の約1週間前）にライブラリー情報（キット名、ライブラリー量、インサートサイズ、インデックス配列）をご提供ください。
納品物
- 作業報告書
シーケンスデータ（Fastq）
検体情報入力テンプレート
以下からご注文内容に応じた依頼書をダウンロードしてください。必要事項をご記入の上、オンライン注文にてファイルのアップロードをお願いします。- 次世代シーケンス（NGS）解析 発注依頼書（Excel）
- 注意事項
- 本ページの製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
- タカラバイオの承認を得ずに製品の再販・譲渡、再販・譲渡のための改変、商用製品の製造に使用することは禁止されています。
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