相乗りシーケンス解析

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※タカラバイオWEB会員の方には、高速シーケンス解析にかかわる様々な情報が満載の「高速シーケンス倶楽部 Mail News」をお届けします。

※ SMART-Seq解析キャンペーン実施中
※ 2020年6月1日より、相乗りシーケンスの仕様が変更となりました。
短納期シーケンス対応のライブラリー種類が変更となりました。DNA-Seq解析ではTruSeq Nano DNA Library Prep Kit、RNA-Seq解析（SMART-Seq解析）ではSMART-Seq v4 Ultra Low Input Kit ＋ Nextera XT DNA Library Prep Kitを使用したライブラリー作製を行います。詳細はサービス内容をご覧ください。

※ 2019年12月2日より、遺伝子発現量の算出手法を変更いたしました（FPKM値⇒TPM値）。

次世代シーケンサーのデータ産生能力は年々増加しており、アプリケーションによってはオーバースペックになっています。タカラバイオでは、イルミナ社NovaSeq6000を用いたペアエンドシーケンス解析を複数のお客様でシェアしていただくことにより、最適なデータ量をお求めやすい価格でご提供いたします。

■チラシをご覧ください。

相乗りシーケンス（NGS）解析

遺伝子発現解析受託

NovaSeqのペアエンドシーケンスの解析単位である1レーン分を複数ユーザーでシェアしていただくサービスです。NovaSeq 6000を用いた150 base長ペアエンドシーケンスを実施いたします。使用するライブラリーキットや得られるデータ量の目安はアプリケーションによって異なります。以下の表をご参照ください。

●ライブラリー受け入れ相乗りシーケンス解析

サービス 内容	送付サンプル	データ量目安	価格（税別）	納期
ライブラリー受け入れ 相乗りシーケンス解析	混合済みライブラリー （1～16インデックス混合可能） 濃度：10 nM 以上（20 μl 以上）	100 Gbase または 6.6億リード	￥280,000	2週間～ ★短納期
	混合済みライブラリー （インデックスは自由にご利用ください。） 濃度：10 nM以上（30 μl以上）	600 Gbase または 40億リード	￥957,000	4週間～ ★短納期

●DNA-Seq解析、全ゲノムシーケンス解析
短納期相乗りプラン：　6 Gbase／検体、納期最短　約2週間
微生物のゲノムドラフト解析やゲノムサイズが200 Mbase程度までの生物の変異解析に最適です。
※TruSeq Nano DNA Library Prep Kitを用いてライブラリー作製を行います。PCRフリーライブラリーには対応しておりません。

短納期相乗りプラン：　90 Gbase／検体、納期最短 約4週間
ヒト、マウスなどの全ゲノムシーケンス、変異解析にご利用ください。PCRフリーライブラリーで実施いたします。

一定データ量相乗りプラン：　100 Gbase／一式、納期 約4～6週間
相乗り1件あたり100 Gbaseのデータ量を取得します。1件あたり最大16検体まで混合可能です。PCRフリーライブラリーで実施いたします。
下記以外の検体数の場合はお問合せください。

・シーケンス解析

サービス内容	ライブラリー	送付サンプル	データ量	価格（税別）	納期
DNA-Seq解析 短納期プラン	TruSeq Nano DNA Library Prep Kit	ゲノムDNA　600 ng 以上 （濃度 20 ng/μl以上）	6 Gbase ／検体	4検体まで：￥120,000／検体 5検体：￥85,000／検体 8検体：￥66,250／検体 16検体：￥50,625／検体	約2週間～ ★短納期
全ゲノムシーケンス解析 短納期プラン	TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit	ゲノムDNA　4 μg 以上 （濃度 80 ng/μｌ 以上）	90 Gbase ／検体	￥150,000／検体	約4週間～
DNA-Seq解析 一定データ量プラン	TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit	ゲノムDNA 4 μg 以上 （濃度 80 ng/μｌ 以上）	100 Gbase ／一式	2検体 ：￥310,000 4検体 ：￥370,000 8検体 ：￥490,000 16検体：￥730,000	約4～6週間

・情報解析【オプション】
下記以外の解析をご希望の場合はご相談ください。

サービス内容	情報解析	検体数／ データ量	参考価格	参考納期	備考
ヒト全ゲノム シーケンス解析	変異解析	1検体／90 Gbase	￥115,000	＋約10営業日	マッピング結果（bamファイル）と変異検出結果（vcfファイル）、変異のアノテーション情報を付加したエクセルファイルを納品

※シーケンス解析ではFastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
※データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。

●ヒトエクソーム解析
多検体を低価格で解析可能な一定データ量相乗りプランを選択いただけます。1件あたり100 Gbase相当、最大16検体まで混合可能です。下記以外の検体数の場合はお問合せください。

・シーケンス解析

サービス内容	ライブラリー	送付サンプル	データ量	価格（税別）	納期
ヒトエクソーム解析 一定データ量プラン	SureSelect （Human All Exon V6）	ゲノムDNA 1 μg 以上 （濃度 20 ng/μｌ 以上）	100 Gbase	2検体：￥350,000 4検体：￥450,000 8検体：￥650,000 16検体：￥1,050,000	約6～8週間

・情報解析【オプション】
ヒトエクソーム変異解析：参照配列にシーケンスリードをマッピングし、変異(SNV, short In/Del）を検出したファイルを納品いたします。

サービス内容	情報解析	検体数／データ量	参考価格	参考納期	備考
ヒトエクソーム解析	変異解析	16検体／100 Gbase	￥175,000	＋約10営業日	ヒトエクソーム解析ご依頼の場合のオプション。 bamファイル、vcfファイル、変異のアノテーション情報を付加したエクセルファイルを納品

※シーケンス解析ではFastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
※データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。

●SMART-Seq解析、RNA-Seq解析
※ SMART-Seq解析キャンペーン実施中
短納期相乗りプラン：　4000万リード／検体、納期最短　約2週間
SMART-Seq解析によるmRNAを対象とした納期重視のシーケンスになります。totalRNAが50 ng程度あれば対応可能です。
※SMART-Seq v4 Ultra Low Input Kit ＋ Nextera XT DNA Library Prep Kitを使用してライブラリー作製を行います。

一定データ量相乗りプラン：　6.6億リード／一式、納期　約6～8週間
相乗り1件あたり6.6億リードのデータ量を取得します。
mRNAを対象にしたTruSeq Stranded mRNA Library Prep Kitを用いたシーケンス、total RNAを対象にしたSMART-Seq Stranded Kitを用いたシーケンスが選択いただけます。1件あたり最大8-16検体まで混合可能です。下記以外の検体数の場合はお問合せください。

・シーケンス解析

サービス内容	ライブラリー	送付サンプル	データ量	価格（税別）	納期
SMART-Seq解析 短納期プラン	◎mRNA対象 SMART-Seq v4＋ Nextera XT DNA Library Prep Kit	total RNA 50 ng程度	4,000万リード ／検体	4検体まで：\120,000／検体 5検体：\85,000／検体 8検体：\66,250／検体 16検体：\50,625／検体	約2週間～ ★短納期
RNA-Seq解析 一定データ量プラン	◎mRNA対象 TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit	total RNA 4 μg 以上 （濃度 200 ng/μｌ 以上）	6.6億リード	2検体：\310,000 4検体：￥370,000 8検体：￥490,000 16検体：￥730,000	約5～7週間
	◎total RNA対象 SMART-Seq Stranded Kit	total RNA 50 ng 程度		2検体：￥314,000 4検体：￥378,000 8検体：￥506,000	約6～8週間

・情報解析【オプション】　※2019年12月2日より、遺伝子発現量の算出手法を変更いたしました（FPKM値⇒TPM値）。
既知遺伝子発現解析：参照配列にシーケンスリードをマッピングし、既知遺伝子の発現量を算出したファイルを納品いたします。

サービス内容	情報解析	検体数／ データ量	参考価格	参考納期	備考
SMART-Seq解析 短納期プラン	既知遺伝子 発現解析	4000万リード／検体	無償 （シーケンス解析に付属しています。）	追加納期は発生しません。	対象生物種： ヒト、マウス その他の生物種はお問い合わせください。
RNA-Seq解析 一定データ量プラン	既知遺伝子 発現解析	16検体／6.6億リード	￥250,000	＋10営業日	対象生物種：ヒト、マウス、ラット、イネ、シロイヌナズナのみ

※シーケンス解析ではFastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
※データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。

【オプション解析】

• 核酸抽出
  核酸抽出からご依頼の場合は、納期＋2週間程度かかります。検体数、検体種類によっては納期が遅れる場合がございます。


• WEB納品
  短納期プランのオプションメニューです。短納期プランご依頼で、情報解析のオプション無しの場合にご選択いただけます。通常価格より5,000円お値引させていただきます。
  ※ SMART-Seqキャンペーン（1～6検体ご依頼時）では、WEB納品をご選択いただいても、5,000円のお値引きはございませんのでご了承ください。
  注意事項をご確認の上、ご選択ください。


• 情報解析
  オンライン注文にて、下記メニューを選択いただくことが可能です。
  
  ・既知遺伝子発現解析
  参照配列にシーケンスリードをマッピングし、既知遺伝子の発現量を算出したファイルを納品いたします。
  ・ゲノム変異解析
  参照配列にシーケンスリードをマッピングし、変異（SNV, short In/Del）を検出したファイルを納品いたします。
  ・ヒトエクソーム変異解析
  参照配列にシーケンスリードをマッピングし、変異（SNV, short In/Del）を検出したファイルを納品いたします。


• クラウド解析サービス　VariantFilter
  サーバ上にアップロードした変異解析結果より、お客様自身で変異絞り込みや比較解析を簡単に行っていただけます。変異解析とあわせた「変異解析パッケージ」をご選択ください。
  目的遺伝子、既知SNP、変異クオリティ、人種別アレル頻度、疾患影響度、変異影響度などを使用した変異絞り込み、疾患群とコントロール群を指定し、疾患群特異的な変異の絞り込み等が可能です。
  クラウド解析は事前のWEB会員登録が必要です。納品後6ヵ月間ご利用いただけます。

【相乗り：短納期プランについて】

・価格：	注文方法、メニューにより価格が異なります。サービス内容をご参照ください。
・納期：	短納期プラン：　カレンダー参照（最短約2週間～） 一定データ量プラン：　約4～8週間　＊サービス内容をご参照ください。

※ オプション作業の納期は含まれておりません。

• 作業報告書
• シーケンスデータ一式（fastq形式ファイル）

オプション情報解析

• マッピング結果（bam形式ファイル）
• 解析結果（Excel形式ファイル）
  など
  ※ SMART-Seqキャンペーン、生物種：ヒト、マウスをご依頼の場合の情報解析では、マッピング結果(bam形式ファイル)は納品物に含まれません。ご希望の場合は別途ご相談ください。

・クラウド解析サービスをご利用の場合は、変異解析結果をクラウド上にアップロードし、納品時にクラウドURLをご連絡いたします。クラウド解析サービスは納品後6ヵ月間ご利用いただけます。
※ クラウドご利用には、事前にWEB会員登録が必要です。

■クラウド解析サービスご利用環境について
クラウド解析サービスは、Google Chromeの使用を推奨いたします。 Google Chrome　70.0.3538.77のバージョンで動作確認をしております。それ以外のブラウザでは正しく機能しないことがありますのでご注意ください。

※ WEB納品ご選択時の注意事項
・WEB納品システムの対応ブラウザは、Google Chromeです。
・各ファイルのダウンロードは1回のみです。
・シーケンスデータはサイズが大きいため時間を要する場合がございます。
　事前に回線速度を測定し、ご確認の上、ご依頼ください。

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。
相乗り：短納期プランをご利用の場合は、必ずオンライン注文からご注文ください。

• オンライン注文
  WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
  WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
  ※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
  ご注文方法の概略については、こちらをご参照ください。
  「オンラインのご注文方法について」
  ※オンライン注文ページは Internet Explorer11.0のバージョンのブラウザで動作確認をしております。それ以前のブラウザでは正しく機能しないことがありますのでご注意ください。 また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。


• メール注文
  ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
  ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
  ※WEB会員にログインした状態で、解析依頼書をダウンロードいただきますと、登録情報が依頼書に反映されます。
  
  • 高速シーケンス(NGS)解析依頼書（Excel）
  • ヒトゲノム・遺伝子解析情報提供用紙（Excel）
    ※弊社「個人情報としてのゲノムデータの取り扱い」の詳細はこちらをご参照ください。
  • 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
    ※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
    「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。


• サンプル送付
  ・解析サンプルならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記サンプル送付先へご送付ください。
  ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
  ・送付サンプルがRNAの場合には、凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便で、送付サンプルがDNAの場合には－20℃の状態の冷凍便でお送りください。

各種アプリケーションによって異なりますので、お問い合わせください。
ライブラリーでの受入も可能です。