相乗りシーケンス解析

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※タカラバイオWEB会員の方には、高速シーケンス解析にかかわる様々な情報が満載の「次世代シーケンス倶楽部 Mail News」をお届けします。

※ 2021年4月19日より、相乗りシーケンスの仕様が変更となりました。
・DNA-Seq解析 短納期プランで使用するライブラリー作製キットが、TruSeq Nano DNA Library Prep Kitから、ThruPLEX DNA-seq kitに変更となりました。
・ヒトエクソーム解析で使用するエクソン領域濃縮キットが、SureSelect（Human All Exon V6）からTwist Comprehensive Exome Panelに変更となりました。
・SMART-Seq解析 短納期プランでは、RNAの品質検定を行いません。品質検定をご希望の場合は、オプション作業にて無償で承りますが、納期が延びます。

※ 2020年8月より、遺伝子発現量の解析方法を変更いたしました。
・解析に使用するツールをDragenに変更しました。
・解析に使用する標準の参照配列をEnsembl（GENECODE）に変更しました。
　過去データとの比較をご希望の場合は弊社担当にご相談ください。

次世代シーケンサーのデータ産生能力は年々増加しており、アプリケーションによってはオーバースペックになっています。タカラバイオでは、イルミナ社NovaSeq6000を用いたペアエンドシーケンス解析を複数のお客様でシェアしていただくことにより、最適なデータ量をお求めやすい価格でご提供いたします。

NovaSeqのペアエンドシーケンスの解析単位である1レーン分を複数ユーザーでシェアしていただくサービスです。NovaSeq 6000を用いた150 base長ペアエンドシーケンスを実施いたします。使用するライブラリーキットや得られるデータ量の目安はアプリケーションによって異なります。以下の表をご参照ください。

●ライブラリー受け入れ相乗りシーケンス解析

サービス 内容	送付サンプル	データ量目安	価格（税別）	納期
ライブラリー受け入れ 相乗りシーケンス解析	混合済みライブラリー （1～16インデックス混合可能） 濃度：10 nM 以上（20 μl 以上）	100 Gbase または 6.6億リード	￥267,000	2週間～ ★短納期
	混合済みライブラリー （インデックスは自由にご利用ください。） 濃度：10 nM以上（30 μl以上）	600 Gbase または 40億リード	￥917,000	2週間～ ★短納期

※事前（検体送付日の約1週間前）にライブラリー情報（キット名、ライブラリー量、インサートサイズ、インデックス配列）および電気泳動図のご提供をお願いしています。インサートサイズは300～500 bpを基準としており、極端に小さいもの、大きいものは対応不可の場合がありますので、事前にご相談ください。
※NovaSeq v1.5試薬に対応したIndex情報をご提供ください。また参照したキットマニュアルのコピーを必ずご提供ください。
※持ち込みライブラリーのため、データ量および品質保証はいたしかねます。
※ライブラリーの種類によっては、カレンダースケジュールより数日納期が延びるものがございます。
　例）Chromiumシステムを使用するライブラリーキットなど

●DNA-Seq解析、全ゲノムシーケンス解析
短納期相乗りプラン：　6 Gbase／検体、納期最短　約2週間
微生物のゲノムドラフト解析やゲノムサイズが200 Mbase程度までの生物の変異解析に最適です。
※ThruPLEX DNA-Seq Kitを用いてライブラリー作製を行います。PCRフリーライブラリーには対応しておりません。

短納期相乗りプラン：　90 Gbase／検体、納期最短 約4週間
ヒト、マウスなどの全ゲノムシーケンス、変異解析にご利用ください。PCRフリーライブラリーで実施いたします。

一定データ量相乗りプラン：　100 Gbase／一式、納期 約4～6週間
相乗り1件あたり100 Gbaseのデータ量を取得します。1件あたり最大16検体まで混合可能です。PCRフリーライブラリーで実施いたします。
下記以外の検体数の場合はお問合せください。

・シーケンス解析

サービス内容	ライブラリー	送付サンプル	データ量	価格（税別）	納期
DNA-Seq解析 短納期プラン	ThruPLEX DNA-Seq Kit	ゲノムDNA 200 ng 以上 （濃度 40 ng/μl以上）	6 Gbase ／検体	4検体まで：￥120,000／検体 5検体：￥72,000／検体 8検体：￥53,250／検体 16検体：￥37,625／検体	約4～6週間 ★短納期
全ゲノムシーケンス解析 短納期プラン ※ヒト、マウスのみ対象	TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit	ゲノムDNA 4 μg 以上 （濃度 80 ng/μl以上）	90 Gbase ／検体	￥150,000／検体	約4週間～
DNA-Seq解析 一定データ量プラン	TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit	ゲノムDNA 4 μg 以上 （濃度 80 ng/μl以上）	100 Gbase ／一式	2検体 ：￥316,000 4検体 ：￥382,000 8検体 ：￥514,000 16検体：￥778,000	約4～6週間

・情報解析【オプション】
下記以外の解析をご希望の場合はご相談ください。

サービス内容	情報解析	検体数／ データ量	参考価格	参考納期	備考
ヒト全ゲノム シーケンス解析	ゲノム変異解析	1検体／90 Gbase	￥130,000	＋約10営業日	マッピング結果（bamファイル）と変異検出結果（vcfファイル）、変異のアノテーション情報を付加したエクセルファイルを納品

※シーケンス解析ではFastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
※データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。

●ヒトエクソーム解析
多検体を低価格で解析可能な一定データ量相乗りプランを選択いただけます。1件あたり100 Gbase相当、最大16検体まで混合可能です。
8検体単位でのご案内となります。

・シーケンス解析

・情報解析【オプション】
ヒトエクソーム変異解析：参照配列にシーケンスリードをマッピングし、変異（SNV, short In/Del）を検出したファイルを納品いたします。

サービス内容	情報解析	検体数／データ量	参考価格	参考納期	備考
ヒトエクソーム解析	変異解析	16検体／100 Gbase	￥130,000	＋約10営業日	ヒトエクソーム解析ご依頼の場合のオプション。bamファイル、vcfファイル、変異のアノテーション情報を付加したエクセルファイルを納品

※シーケンス解析ではFastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
※データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。

●SMART-Seq解析、RNA-Seq解析
短納期相乗りプラン：　4,000万リード／検体、納期最短　約2週間
SMART-Seq解析によるmRNAを対象とした納期重視のシーケンスになります。totalRNAが50 ng程度あれば対応可能です。
※SMART-Seq v4 Ultra Low Input Kit ＋ Nextera XT DNA Library Prep Kitを使用してライブラリー作製を行います。

一定データ量相乗りプラン：　6.6億リード／一式、納期　約6～8週間
相乗り1件あたり6.6億リードのデータ量を取得します。
mRNAを対象にしたTruSeq Stranded mRNA Library Prep Kitを用いたシーケンス、total RNAを対象にしたSMART-Seq Stranded Kitを用いたシーケンスが選択いただけます。1件あたり最大8～16検体まで混合可能です。下記以外の検体数の場合はお問合せください。

・シーケンス解析

・情報解析【オプション】
※ 2020年8月より解析方法を変更いたしました。解析に使用するツールをDragen、標準の参照配列をEnsembl（GENECODE）に変更しました。
既知遺伝子発現解析：参照配列にシーケンスリードをマッピングし、既知遺伝子の発現量を算出したファイルを納品いたします。
結果例はこちらをご参照ください。

サービス内容	情報解析	検体数／ データ量	参考価格	参考納期	備考
SMART-Seq解析 短納期プラン	既知遺伝子 発現解析	4,000万リード／検体	無償 （シーケンス解析に付属しています。）	追加納期は発生しません。	対象生物種： ヒト、マウス
		16検体／6.6億リード	￥140,000	＋10営業日	対象生物種： ヒト、マウス以外
RNA-Seq解析 一定データ量プラン	既知遺伝子 発現解析	16検体／6.6億リード	￥140,000	＋10営業日	対象生物種：ヒト、マウス、ラット、イネ、シロイヌナズナ等

※シーケンス解析ではFastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
※データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。
※既知遺伝子発現解析の価格は、解析に使用する参照配列により変動いたします。

【オプション解析】

• 核酸抽出
  核酸抽出からご依頼の場合は、納期＋2週間程度かかります。検体数、検体種類によっては納期が遅れる場合がございます。


• WEB納品
  短納期プランのオプションメニューです。短納期プランご依頼で、情報解析のオプション無しの場合にご選択いただけます。通常価格より5,000円お値引させていただきます。17検体以上ご依頼の場合はWEB納品では対応できません。
  注意事項をご確認の上、ご選択ください。


• 情報解析
  オンライン注文にて、下記メニューを選択いただくことが可能です。
  ・既知遺伝子発現解析
  参照配列にシーケンスリードをマッピングし、既知遺伝子の発現量を算出したファイルを納品いたします。
  ・ゲノム変異解析
  参照配列にシーケンスリードをマッピングし、変異（SNV, short In/del）を検出したファイルを納品いたします。

【相乗り：短納期プランについて】

・価格：	注文方法、メニューにより価格が異なります。サービス内容をご参照ください。
・納期：	短納期プラン：　カレンダー参照（最短約2週間～） 一定データ量プラン：　約4～8週間　＊サービス内容をご参照ください。

※ オプション作業の納期は含まれておりません。

• 作業報告書
• シーケンスデータ一式（fastq形式ファイル）

オプション情報解析

• マッピング結果（bam形式ファイル）
• 解析結果（Excel形式ファイル）
  など
  ※⽣物種︓ヒト、マウスの既知遺伝⼦発現解析をご依頼の場合、マッピング結果（bam形式ファイル）は納品物に含まれません。ご希望の場合は別途ご相談ください。

※ WEB納品ご選択時の注意事項
・WEB納品システムの対応ブラウザは、Google Chromeです。
・各ファイルのダウンロードは1回のみです。
・シーケンスデータはサイズが大きいため時間を要する場合がございます。
　事前に回線速度を測定し、ご確認の上、ご依頼ください。

オンライン注⽂とメール注⽂の2種類からお選びください。
相乗り︓短納期プランをご利⽤の場合は、必ずオンライン注⽂からご注⽂ください。

• オンライン注文：
  WEB会員登録後、必要事項を⼊⼒してご注⽂ください。オンライン注⽂へ
  WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注⽂いただけます。注⽂履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利⽤いただけます。
  ※ ⽣物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は⾒積書をご⽤意の上、ご依頼⽅法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
  ご注⽂⽅法の概略については、「オンラインのご注⽂⽅法について」をご参照ください。
  ※オンライン注⽂ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
  また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、⼀部の画⾯が表⽰できません。
  


• メール注⽂：
  ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記⼊の上、電⼦メールにてこちらへご送付ください。
  ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず⼀致させてください。
  ※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
  
  • 高速シーケンス（NGS）解析依頼書（Excel）
  • ヒトゲノム・遺伝子解析情報提供用紙（Excel）
    ※弊社「個人情報としてのゲノムデータの取り扱い」の詳細はこちらをご参照ください。
  • 臨床検体または供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
    ※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体または供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
    弊社「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。
  
  
• サンプル送付
  ・解析サンプルならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記サンプル送付先へご送付ください。
  ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。 また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
  ・送付サンプルがRNAの場合には、凍結状態を維持するために⼗分量のドライアイスを同梱し冷凍便で、送付サンプルがDNAの場合には－20℃の状態の冷凍便でお送 りください。

サンプル量・濃度は、上記のサービス内容、送付サンプルをご参照ください。
→ SMART-Seq解析、RNA-Seq解析の受入れサンプル詳細はこちらにも記載がございます。
→ 全ゲノムシーケンス解析の受入れサンプル詳細はこちらにも記載がございます。

ご不明な場合、基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

■ゲノムDNAについて
・DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer：10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
・電気泳動（1％ゲル）にて10～20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入および分解がないことをご確認ください。

■total RNAについて
・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
・DNase処理を実施してください。
・サンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
・電気泳動にてrRNAのバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。

■ライブラリーについて
・混合済みライブラリーをご送付ください。混合されていない場合は、ライブラリー数に応じた品質検定の追加費用を申し受けます。
・事前（検体送付日の約1週間前）にライブラリー情報（キット名、ライブラリー量、インサートサイズ、インデックス配列）および電気泳動図のご提供をお願いしています。インサートサイズは300～500 bpを基準としており、極端に小さいもの、大きいものは対応不可の場合がありますので、事前にご相談ください。
・NovaSeq v1.5試薬に対応したIndex情報をご提供ください。また参照したキットマニュアルのコピーを必ずご提供ください。

■サンプル送付容器について
・ゲノムDNA、total RNA、ライブラリーは1.5 mlチューブでご送付ください。
　＊0.5mLチューブ、PCRチューブ、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。
　＊24検体以上の場合は、96 well plateでご送付ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。

＜推奨プレートおよびシール＞
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates（Eppendorf社, No. EP-0030128.648）
・WATSON タイタースティック HCフィルム（547-KTS-HC）