送付サンプル量の目安および納品物について

品質チェックの結果で弊社条件を満たさない場合、改めてサンプルの送付をお願いする場合があります。
遺伝子組換え生物等からの核酸抽出を希望される場合には、サンプルをお送りいただく前に情報提供用紙にご記入の上、弊社までご提出していただき、弊社にて事前審査の後、折り返し受入れのご連絡を差し上げます。

GeneChip解析

送付サンプル量の目安

  • total RNAなど
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
      サンプル量 濃度 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230 RIN値
    total RNA 500 ng以上 50~300 ng/μl 1.6以上 7以上
    • total RNAをご提供ください。polyA RNA精製は行わないでください。
    • 電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。また、DNAの混入が無いように注意してください。必要に応じてDNase処理を行ってください。
    • RNAサンプルはRNase free水に溶解し、1.5 mlチューブでご提供ください。TEや界面活性剤、DEPC水を使用すると、反応を阻害する場合がありますので、溶解の際には絶対に使用しないでください。
    • RNAサンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。血液検体由来RNAを調製される際は、抗凝固剤にヘパリンを使用しないでください。

  • 培養細胞、各種組織、血液や原核生物、植物など
      サンプル量 送付形態
    培養細胞 1×106 cells以上凍結細胞ペレット/1.5 mlマイクロチューブ
    組織 3~5ミリ角片で100 mg以下凍結組織/1.5または2 mlマイクロチューブ
    血液 2.5 ml凍結血液
    FFPE 10μm厚、250 mm2で7枚1.5または2 mlマイクロチューブ
    • 送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。
    • 検体送付時には細胞や組織の凍結状態を必ず維持してください。
    • サンプリングする部位によって解析結果が異なることを回避するため、組織の場合には目的の部位のみをお送りください。特定の部位の摘出はお受けできません。

    <細胞の場合>
    細胞ペレットをPBSで洗浄して遠心分離により上清を完全に除去した後、直ちに細胞ペレットを液体窒素により瞬間凍結させて、-80℃で凍結保存してください。培養細胞にRNAlater(Thermo Fisher Scientific社)を使用すると、RNA抽出量が低下することがあります。

    <組織の場合>
    摘出した組織を直ちに液体窒素により瞬間凍結させて-80℃で凍結保存してください。液体窒素による瞬間凍結が困難な場合には、RNAlater試薬に浸漬してください。組織サンプルの10倍量のRNAlater試薬を添加します(組織 1 mgに対して約10 μl)。

    大きな組織片は、瞬間凍結やRNAlater試薬の浸透が不十分になり、保存時にRNAの分解が生じたり、その後の抽出作業が妨げられますので、添加前に0.5 cm以下の厚さの組織片に速やかにカットした後に瞬間凍結またはRNAlaterに浸漬してください。大きな組織片からの抽出はお受けできません。

    <血液の場合>
    抗凝固剤を使用する際には、クエン酸、EDTA/2Naを使用し、ヘパリンは使用しないでください。

納品物

<GeneChip発現解析>
GeneChip (3’IVT Expression)
  • 作業報告書
  • 解析補足資料(PDFファイル)
  • Rawデータ(ARR、CEL、CHPファイル)
  • QCレポート
  • オリジナルビューワ
  • 解析データ ※Adobe AIR上で動く弊社オリジナルビューワで閲覧可能
     シグナルデータ
     発現比率データ
  • Supplementalデータ
     csvファイル

Clariom S Array
  • 作業報告書
  • 解析データ
     Rawデータ(ARR、CEL、CHPファイル)
     QCレポート

※納品物の詳細については、GeneChip発現解析結果サンプルをご参照ください。
 解析結果サンプル例の詳細はこちら




高速シーケンス(NGS)解析(相乗り)

○RNA-Seq解析(mRNA)、SMART-Seq解析(微量サンプルRNA-seq)

送付サンプル量の目安

  • total RNAなど
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
      生物種 サンプル量 濃度 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    RNA-Seq解析 ヒト/マウス/ラット total RNA
    4 μg以上
    200 ng/μl 1.6以上
    その他生物種 total RNA
    8 μg以上
    200 ng/μl 1.6以上
    SMART-Seq解析 - total RNA
    50 ng以上
    - 1.6以上
    cDNA
    5 ng以上
    液量10 μl
    以上
    -  
    • RNAサンプルはpolyA RNA精製は行わないでください。
    • 電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。また、DNAの混入が無いように注意してください。必要に応じてDNase処理を行ってください。
    • RNAサンプルはRNase free水に溶解し、1.5 mlチューブでご提供ください。TEや界面活性剤、DEPC水を使用すると、反応を阻害する場合がありますので、溶解の際には絶対に使用しないでください。
    • RNAサンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。血液検体由来RNAを調製される際は、抗凝固剤にヘパリンを使用しないでください。
    • cDNAサンプルは、SMART-Seq v4 Ultra Low Input KitまたはSMART-Seq HT Kit、分解の進んだサンプルの場合はSMART-Seq Stranded Kitにて増幅したcDNAサンプルを送付ください。

  • 培養細胞、各種組織、血液や原核生物、植物など
      サンプル量 送付形態
    培養細胞 1×106 cells以上凍結細胞ペレット/1.5 mlマイクロチューブ
    組織 3~5ミリ角片で100 mg以下凍結組織/1.5または2 mlマイクロチューブ
    血液 2.5 ml凍結血液
    FFPE 10μm厚、250 mm2で7枚1.5または2 mlマイクロチューブ
    • 送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。
    • 検体送付時には細胞や組織の凍結状態を必ず維持してください。
    • サンプリングする部位によって解析結果が異なることを回避するため、組織の場合には目的の部位のみをお送りください。特定の部位の摘出はお受けできません。


    <細胞の場合>
    細胞ペレットをPBSで洗浄して遠心分離により上清を完全に除去した後、直ちに細胞ペレットを液体窒素により瞬間凍結させて、-80℃で凍結保存してください。培養細胞にRNAlater(Thermo Fisher Scientific社)を使用すると、RNA抽出量が低下することがあります。

    <組織の場合>
    摘出した組織を直ちに液体窒素により瞬間凍結させて-80℃で凍結保存してください。液体窒素による瞬間凍結が困難な場合には、RNAlater試薬に浸漬してください。組織サンプルの10倍量のRNAlater試薬を添加します(組織 1 mgに対して約10 μl)。

    大きな組織片は、瞬間凍結やRNAlater試薬の浸透が不十分になり、保存時にRNAの分解が生じたり、その後の抽出作業が妨げられますので、添加前に0.5 cm以下の厚さの組織片に速やかにカットした後に瞬間凍結またはRNAlaterに浸漬してください。大きな組織片からの抽出はお受けできません。

    <血液の場合>
    抗凝固剤を使用する際には、クエン酸、EDTA/2Naを使用し、ヘパリンは使用しないでください。


納品物
  • 作業報告書
  • シーケンスデータ(Fastq)[データ量目安:PE、4,000万リード/検体]

オプション情報解析
  • マッピング結果(bam形式ファイル)
  • 解析結果(Excel形式ファイル)

○DNA-Seq解析、全ゲノムシーケンス解析

送付サンプル量の目安

  • ゲノムDNA
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
      サンプル量 濃度 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    ゲノムDNA
    (TruSeq Nano DNA Library Prep Kit)
    500 ng以上 20 ng/μl 1.6以上
    ゲノムDNA
    (TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit)
    2 μg 以上 40 ng/μl
    • DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
    • 電気泳動(1%ゲル)にて10~20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入及び分解がないことをご確認ください。
  • 培養細胞、各種組織、血液や植物など
      サンプル量 送付形態
    培養細胞 1×106 cells以上凍結細胞ペレット/1.5 mlマイクロチューブ
    組織 3~5ミリ角片で100 mg程度凍結組織/1.5または2 mlマイクロチューブ
    血液 1~2 ml抗凝固剤(EDTA/2NaもしくはEDTA/2K)採血管
    FFPE 10μm厚、250 mm2で7枚1.5または2 mlマイクロチューブ
    • 送付サンプルの採取方法によっては良質なDNAが抽出できない場合があります。
    • 検体送付時には細胞や組織の凍結状態を必ず維持してください。
    • サンプリングする部位によって解析結果が異なることを回避するため、組織の場合には目的の部位のみをお送りください。特定の部位の摘出はお受けできません。


    <細胞の場合>
    細胞ペレットをPBSで洗浄して遠心分離により上清を完全に除去した後、細胞ペレットを液体窒素・ドライアイスなどですばやく凍結させてください。

    <組織の場合>
    採取後、組織重量を測定し、液体窒素・ドライアイスなどですばやく凍結させてください。3~5ミリ角片の大きさで規定量をご準備ください。大きな組織片からの抽出はお受けできません。

    <血液の場合>
    抗凝固剤(EDTA/2NaもしくはEDTA/2K)入りを用いて採血後、4℃で保管、-80℃で凍結させてください。


納品物
  • 作業報告書
  • シーケンスデータ(Fastq)[データ量目安:4 Gbase/検体]

オプション情報解析
  • マッピング結果(bam形式ファイル)
  • 変異検出結果(vcf形式ファイル)
  • 解析結果(Excel形式ファイル)

○ヒトエクソーム解析

送付サンプル量の目安

  • ゲノムDNA
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
      サンプル量 濃度 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    ゲノムDNA 1 μg以上 100 ng/μl 1.6以上
    • DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
    • 電気泳動(1%ゲル)にて10~20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入及び分解がないことをご確認ください。
  • 培養細胞、各種組織、血液など
      サンプル量 送付形態
    培養細胞 1×106 cells以上凍結細胞ペレット/1.5 mlマイクロチューブ
    組織 3~5ミリ角片で100 mg以下凍結組織/1.5または2 mlマイクロチューブ
    血液 1~2 ml抗凝固剤(EDTA/2NaもしくはEDTA/2K)採血管
    FFPE 10μm厚、250 mm2で7枚1.5または2 mlマイクロチューブ
    • 送付サンプルの採取方法によっては良質なDNAが抽出できない場合がございます。
    • 検体送付時には細胞や組織の凍結状態を必ず維持してください。
    • サンプリングする部位によって解析結果が異なることを回避するため、組織の場合には目的の部位のみをお送りください。特定の部位の摘出はお受けできません。


    <細胞の場合>
    細胞ペレットをPBSで洗浄して遠心分離により上清を完全に除去した後、細胞ペレットを液体窒素・ドライアイスなどですばやく凍結させてください。

    <組織の場合>
    採取後、組織重量を測定し、液体窒素・ドライアイスなどですばやく凍結させてください。3~5ミリ角片の大きさで規定量をご準備ください。大きな組織片からの抽出はお受けできません。

    <血液の場合>
    抗凝固剤(EDTA/2NaもしくはEDTA/2K)入りを用いて採血後、4℃で保管、-80℃で凍結させてください。

○NovaSeqシーケンス1/6レーンのみ(混合済みライブラリー提供)

  • 混合済みライブラリー
      濃度
    混合済みライブラリー
    (1~16インデックス混合可能)
    濃度:10 nM以上(20 μl 以上)
    • インサートサイズは300~500 bpを基準としており、極端に小さいもの、大きいものは対応できない場合があります。
    • 事前(検体送付日の約1週間前)にライブラリー情報(キット名、ライブラリー量、インサートサイズ、インデックス配列)をご提供ください。
    納品物
    • 作業報告書
    • シーケンスデータ(Fastq)[データ量目安:5 Gbase/検体]

    オプション情報解析
    • マッピング結果(bam形式ファイル)
    • 変異検出結果(vcf形式ファイル)
    • 解析結果(Excel形式ファイル)

16S rRNA PCRサンプルの解析(細菌叢解析)

送付サンプル量の目安

  • 糞便検体
    採便容器のブラシのみに便が付く程度(米粒程度で十分です)。
    詳細は、送付する採便キット付属の説明書をご参照ください。

  • ゲノムDNA
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
      サンプル量 濃度 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    ゲノムDNA 500 ng以上 50 ng/μl 1.6以上
    ・DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。

納品物
  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 相同性検索結果等
注意事項
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