TaKaRa Taqの品質テストE. coliゲノムのコンタミチェック
現在、市販されているTaqDNA Polymeraseのほとんどは、クローン化したものを大腸菌中で発現させ精製しているので、E. coliゲノムDNAによる内因性コンタミネーションがある。このため、精製時にE. coli由来のDNA量を最低限に抑えた、高品質のTaqDNA Polymeraseを使用することは実験上の種々のトラブルを防止するうえで重要なポイントになっている。
TaKaRa Taqおよび他社製TaqDNA Polymerase（standardグレード）中のE. coliゲノム DNAのコンタミを検出するためにori領域のnested PCRを行った例を示す。
図2の結果をみると、この反応系においてTaKaRa TaqではE. coliゲノムDNAのコンタミは認められなかった。これに対し、他社製TaqDNA Polymerase（standardグレード）では、テンプレートを加えない系においてもori領域（143 bp）の増幅が認められる。レーン9での増幅も、TaqDNA Polymerase中のE. coliゲノムDNAによる増幅と考えられる。
これらの結果からTaKaRa Taq中のE. coliゲノムDNAは、nested PCRの検出限界である1～10 fgよりも微量であると考えられ、他社製のスタンダードなTaqDNA Polymeraseよりも品質が高いことが示された。
図1 E. coli genomeのOri領域およびプライマー設計
図2 2nd PCRの結果
TaKaRa Taqおよび他社製TaqDNA Polymerase（standardグレード）中のE. coliゲノム DNAのコンタミを検出するためにori領域のnested PCRを行った例を示す。
図2の結果をみると、この反応系においてTaKaRa TaqではE. coliゲノムDNAのコンタミは認められなかった。これに対し、他社製TaqDNA Polymerase（standardグレード）では、テンプレートを加えない系においてもori領域（143 bp）の増幅が認められる。レーン9での増幅も、TaqDNA Polymerase中のE. coliゲノムDNAによる増幅と考えられる。
これらの結果からTaKaRa Taq中のE. coliゲノムDNAは、nested PCRの検出限界である1～10 fgよりも微量であると考えられ、他社製のスタンダードなTaqDNA Polymeraseよりも品質が高いことが示された。
図1 E. coli genomeのOri領域およびプライマー設計
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増幅領域：E. coli. ori region 増幅サイズ： 2nd PCR 143bp template量 |
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| Lane | 1：0 | - | |
| 2：0 | | | ||
| 3：0 | |-negative test | ||
| 4：0 | | | ||
| 5：0 | - | ||
| 6：1 pg | - | ||
| 7：100 fg | |_positive control | ||
| 8：10 fg | | | ||
| 9：1 fg | - | ||
| M：pHY Marker（TaKaRa Code No. 3404A/B）各8 μl泳動 | |||
| なお、レーン6～9はpositive controlとしてそれぞれ1 pg、100 fg、10 fg 、1 fgのE. coli JM109 ゲノムDNAを1st PCR時に加えてnested PCRを行った。 | |||
図2 2nd PCRの結果
