二次構造をとりやすいフラグメントの増幅例
GC richな場合と同様に、テンプレートが二次構造をとりやすい場合においても、従来のTaqを用いたPCRでは増幅しにくいことがよくある。
以下に、二次構造をとりやすい断片をテンプレートに、約2.7 kbのフラグメントを増幅した例を示す。図1からもわかるように、従来のTaqでは非特異的産物しか増幅されなかったが、TaKaRa LA Taq （LA PCR Buffer II）では良好に増幅されている。
PCRで増幅バンドがみられない場合、一般的にサイクル条件の検討や、プライマーデザインの変更等を行うが、増幅効率の優れたTaKaRa LA Taq （LA PCR Buffer II）を使用するだけで増幅の向上がみられることがあるので、是非一度使用することをお勧めする。
(TaKaRa PCR Thermal Cycler 480使用)
※サンプルは慶応大学・分子生物学講座の高柳先生より提供していただきました。
図1 二次構造をとりやすいフラグメントの増幅の比較 1％ L 03 Agarose gel (製品コード 5003)
8 μl泳動
M：λ-Hind III digest
以下に、二次構造をとりやすい断片をテンプレートに、約2.7 kbのフラグメントを増幅した例を示す。図1からもわかるように、従来のTaqでは非特異的産物しか増幅されなかったが、TaKaRa LA Taq （LA PCR Buffer II）では良好に増幅されている。
PCRで増幅バンドがみられない場合、一般的にサイクル条件の検討や、プライマーデザインの変更等を行うが、増幅効率の優れたTaKaRa LA Taq （LA PCR Buffer II）を使用するだけで増幅の向上がみられることがあるので、是非一度使用することをお勧めする。
| Template | ： | 二次構造をとりやすいcDNA (EcoR Iで切断したpBluescript IIに挿入したもの) |
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| 増幅サイズ | ： | 約2.7 kb | ||
| Primer | ： | Custom long primer (30～32 mer) (各10 pmol/50 μlPCR) 配列はApplication (GC richなフラグメントの増幅例) の実験と同じ。 |
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| dNTP Mixture | ： | dGTPの代わりに7-deaza-dGTP使用 | ||
| PCR条件 | ： |
94℃、1 min ↓
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図1 二次構造をとりやすいフラグメントの増幅の比較 1％ L 03 Agarose gel (製品コード 5003)
8 μl泳動
| Lane 1：Taq Lane 2：TaKaRa Ex Taq Lane 3：TaKaRa LA Taq （LA PCR Buffer II） |
を用いて増幅 |
