Mung Bean Nuclease
Q1 Mung Bean Nuclease（MB）を働かせたDNAがスメアしている。削り込んでいるのではないか？
A1 MBでは削り込みはほとんど起こりません。10～50 U/μg DNA、25℃、15 minで反応させてください。30 U、37℃、10 min以上では非特異的分解が起こる可能性があります。
また、DNAをMBで処理する前にExo IIIを使った場合、DNAにニックがあるとExo IIIがそこから働きます。ニックのないintactなDNAかどうか確認してください。
また、DNAをMBで処理する前にExo IIIを使った場合、DNAにニックがあるとExo IIIがそこから働きます。ニックのないintactなDNAかどうか確認してください。
Q2 MBとS1の使い分けは？
A2 MBはGCを残しやすく、S1は削り込み（nibbling）を起こしやすいといわれています。どちらもT4 DNA Polymeraseで末端を修復した方が平滑になる確率は高くなります。
Q3 MBをDeletion KitのMB Buffer中で使うとDNAがスメアした。
A3 キットのMB Bufferは、Exo III Buffer（pH8.0）と混ぜて使うよう設計してあるため、pHが5より低くなっています。そのため単独で使うと一本鎖DNAに対する特異性が低下し、dsDNAも分解されやすくなるのです。MBはpH5.0以上で使って下さい。
Q4 振とうおよび吸着により失活するか？
A4 しません。S1についても同じです。
