電気泳動関連

A1　AMES Testの結果から、エチジウムブロマイドと比較して変異原性は低いことが示唆されています。ただし、SYBR Greenは核酸と結合する性質を持つこと、およびDMSO溶液になっているため色素が組織へ浸透する恐れがあることから、取り扱いに際しては必ず手袋を着用ください。

A2　SYBR Green溶液は活性炭に通して、色素を吸着させてから捨ててください。この時に使用した活性炭は危険物として処理してください。（Molecular Cloning 2 ed ., A LaboratoryManual, E9）

A3　エタノール沈殿することで核酸と結合したSYBR Green色素を除去できます。
イソプロパノール沈殿では色素の除去効率が悪くなります。
ブタノール抽出、クロロホルム抽出、フェノール抽出では色素の除去はできません。

A4　SYBR Greenをあらかじめ加えたゲルを用いた場合、電気泳動後に染色する方法に比べ、感度が低下し、シャープなバンドになりません。またDNAの移動度も異なるため、SYBR Greenをあらかじめ加えたゲルを用いて染色する方法はお勧めしません。
また、垂直型ゲルを使用するときは、SYBR Greenをゲルに入れて染色した場合、色素がガラスやプラスチックに吸着してしまい、DNAが検出できませんので、必ず電気泳動後に染色を行ってください。

A5　SYBR Greenの使用方法の「電気泳動後の染色方法」で検出することができます。ただし、SYBR Greenだけで染色する場合より感度は低下します。

A6　二本鎖のDNAを観察するときに、一本鎖になっている部分がオレンジ色に観察される場合があります。

A7　SYBR GreenによりDNAの切断が阻害されることはありませんので色素を除去する必要はありません。

A8　SYBR Green で染色したDNAはライゲーション反応や制限酵素による切断反応等の酵素反応を阻害しません。したがって、サブクローニングの時に色素を除去する必要はありません。
なお、in Gel Ligationおよびin Gel Digestionも可能です。

A9　SYBR Greenで染色したDNAおよびRNAはノーザンブロット法およびサザンブロット法にそのままご使用できます。その際、プレハイブリダイゼーション溶液とハイブリダイゼーション溶液中に0.1～0.3％SDSを加えることをお勧めします。

A10　密度勾配にSYBR Green色素が影響を与える可能性があるのでお勧めできません。

A11　使用できません。

A12　SYBR Green Iでは感度が落ちますので、SYBR Green IIをお勧めします。

A13　ポリアクリルアミドゲルはガラス板上で直接染色することができます。その場合、片方のガラス板を外し、ゲル全体に10,000倍希釈したSYBR Green溶液を広げて、5～15分染色してください。ガラス板全体を希釈液中に浸すと、色素がガラス板に吸着して感度が落ちますので避けてください。