TB Green® Premix Ex Taq™ GC (Perfect Real Time)
Smart Cycler® II Systemを用いる場合の操作方法
TB Green Premix Ex Taq GC (Perfect Real Time)(製品コード RR071A/B)
- 下記に示すPCR反応液を調製する。
<1反応あたり>
試薬 | 使用量 | 最終濃度 |
TB Green Premix Ex Taq GC (2×) | 12.5 μl | 1× |
PCR Forward Primer (10 μM) | 0.5 μl | 0.2 μM*1 |
PCR Reverse Primer (10 μM) | 0.5 μl | 0.2 μM*1 |
template (<100 ng) | 2 μl | *2 |
滅菌精製水 | 9.5 μl | |
Total | 25 μl | |
*1 最終primer濃度は0.2 μMで良い結果が得られる場合が多いが、反応性に問題がある時は0.1~1.0 μMの範囲で最適な濃度を検討すると良い。
*2 template溶液中に存在するターゲットのコピー数により異なる。段階希釈して適当な添加量を検討する。DNA template 100 ng以下を用いることが望ましい。また、RT-PCRでcDNA (RT反応液) をtemplateとして添加する場合は、添加量をPCR反応液容量の10%以下とする。
-
PCRチューブをSmart Cycler用遠心機で軽く遠心後、Smart Cyclerにセットし、反応を開始する。
PCR反応は、下記のシャトルPCR標準プロトコールで行うことをお勧めします。まずはこのプロトコールを試し、必要に応じてPCR反応を至適化してください 。PCR条件を至適化する場合は、下記の「PCR反応条件について」を参照してください。
シャトルPCR標準プロトコール
Stage 1:初期変性
Hold:1
95℃ 30秒
Stage 2:PCR反応
40サイクル
95℃ 10秒
60℃ 30秒
Stage 3:Melt Curve
※使用上の注意
本製品に使用しているTaKaRa Ex Taq HSはポリメラーゼ活性を抑制する抗Taq抗体を利用したホットスタートPCR用酵素です。他社の化学修飾タイプのホットスタートPCR酵素で必要なPCR反応前の95℃(5~)15分の活性化ステップは行わないでください。必要以上の熱処理を加えると酵素活性が低下し、増幅効率、定量精度に影響を及ぼす傾向があります。
PCR前に鋳型の初期変性を行う場合でも、通常95℃30秒で充分です。
- 反応終了後、増幅曲線と融解曲線を確認し、定量を行う場合は検量線を作成する。
解析方法は、Smart Cycler Systemの取扱説明書をご参照ください。
PCR条件について
【PCR条件の検討】
○反応特異性を上げるには
アニーリング温度を上げると反応特異性が改善することがある。増幅効率とのバランスを確認しながら、検討してください。
○増幅効率を上げるには
伸長時間を延ばすか、3 step PCRに変更することにより、増幅効率が改善することがある。以下の手順で検討してください。
【初期変性】
初期変性は通常95℃、30秒で十分である。環状プラスミドやゲノムDNAなど変性しにくい鋳型でも、ほとんどの場合、この条件で良好に反応できる。鋳型の状態によっては95℃、1~2分程度に延長することが可能であるが、時間が長すぎると酵素の失活を招く恐れがあるので、2分以上の条件は推奨しない。
TB Green® Premix Ex Taq™ GC (Perfect Real Time)