バイサルファイト処理を行ったHeLaゲノムDNAを鋳型としたPCR増幅
【方法】
＜反応液組成＞
＜PCR条件＞
【結果】
1 Kbを超えるターゲットを含め、各領域で良好な増幅が確認できた。
| バイサルファイト処理 | MethylEasy Xceed Rapid DNA Bisulphite Modification Kit（終売） |
| ターゲット | CDH1、MLH1、BRCA1 gene 上流のCpG アイランド領域 |
| 増幅サイズ | 153 bp (CDH1)、297 bp (CDH1)、136 bp (MLH1)、292 bp (MLH1)、613 bp (BRCA1)、1,017 bp (BRCA1) |
＜反応液組成＞
| 液量 | 終濃度 | |
| バイサルファイト処理HeLa ゲノムDNA（50 ng/μl） | 2 μl | 100 ng / 50 μl |
| 10×EpiTaq PCR Buffer (Mg2+ free) | 5 μl | 1 × |
| 25 mM MgCl2 | 5 μl | 2.5 mM |
| dNTP Mixture（各2.5 mM） | 6 μl | 0.3 mM |
| Sense Primer（20 μM） | 1 μl | 0.4 μM |
| Antisense Primer（20 μM） | 1 μl | 0.4 μM |
| TaKaRa EpiTaq HS（5 U/μl） | 0.25 μl | 1.25 U／50 μl |
| 滅菌蒸留水 | up to 50 μl |
＜PCR条件＞
| 98℃ | 10 sec. | 40 cycles | |
| 55℃ | 30 sec. | ||
| 72℃ | ［30 sec.／～500 bp、1 min.／500 bp～］ |
【結果】
1 Kbを超えるターゲットを含め、各領域で良好な増幅が確認できた。
| レーン： | 増幅サイズ | |
| 1： | 153 bp | （CDH1） |
| 2： | 297 bp | （CDH1） |
| 3： | 136 bp | （MLH1） |
| 4： | 292 bp | （MLH1） |
| 5： | 613 bp | （BRCA1） |
| 6： | 1,017 bp | （BRCA1） |
| M： | 100 bp DNA Laddar | |
| アガロース | Agarose L03「TAKARA」（製品コード 5003/5003B） |
| ゲル濃度 | 2％ |
| 染色法 | エチジウムブロマイド染色 |
