試薬の調製 | Buffer E1に沈殿がないことを確認する。もし沈殿がある場合には、30~40℃で保温して沈殿を溶解させる。 フェノール:クロロホルム:イソアミルアルコール(容量比25:24:1)溶液を室温に戻し、良く混合しておく。 Buffer E5*1が添付の英文説明書に従って調製されていることを確認する。 |
|
1. | サンプルの準備 |
NucleoSpin Bead Tube Type Aの1 mlの目盛り線まで、土壌サンプルを加える。通常、サンプル量は250~500 mgとなる。 |
2. | 溶解バッファーの添加 |
NucleoSpin Bead Tube Type Aに800 μlのBuffer E1を加える。 (オプション:さらにBuffer OPT 100 μlを加える。Buffer OPTの添加により無機質の多い土壌ではRNA回収量の増加が期待できるが、有機物の多い土壌では阻害物の混入が多くなる)。 さらに100 μlのフェノール:クロロホルム:イソアミルアルコール溶液(添加前によく混合しておく)を加えて、2秒間vortexで混合する。 |
3. | サンプルの溶解 |
Bead TubeをVortex mixer上のMN Bead Tube Holderにセットし、室温で5分間最高速度で振盪する*2。 |
4. | ライセートの清澄化 | 最高速で(20,000×gが最適)、2分間遠心する。 上清を新しい1.5 mlチューブ(各自で用意)に移す。 抽出液のおおよその液量を計測する。 |
5. | Bufferの添加 | 抽出液の容量に対して、1/8の液量のBuffer E2を加える。Vortexで5秒間混合する。 室温で2分間静置後、最高速度で(20,000×gが最適)、2分間遠心する。 |
6. | カラムの平衡化 | NucleoBond RNA Mini Columnを、Buffer EQU 1.5 mlで平衡化する。 液を自然落下させてカラムを空にする。 |
7. | カラムへの吸着 | 5.の上清をカラムに入れる。 液を自然落下させてカラムを空にする。このろ液にはフェノール、クロロホルムが含まれるので、適切に処理する。 |
8. | フィルターの洗浄 | 1回目の洗浄 Buffer E3 250 μlでカラムを洗浄する。 |
9. | カラムの洗浄 | 2回目の洗浄 Buffer E4 2 mlでカラムを洗浄する。 |
10. | RNAの溶出 | Buffer ERNA 1 mlでRNAを溶出する。 溶出液を2 ml遠心チューブ(各自で用意)に集める*3。 |
11. | 核酸の沈殿 | イソプロパノール 700 μl(各自で用意)を加えて、vortexで5秒間混合する。 |
12. | 核酸の結合 | 11.の溶液600 μlをNucleoSpin RNA Column(青色リング)に加え、11,000×g、15秒間遠心する。ろ液を捨て、カラムを元のチューブに戻す。このステップを11の溶液がなくなるまで繰り返す。 |
13. | スピンカラムの洗浄 | Buffer E5 500 μlをNucleoSpin RNA Columnの中央に加える。
11,000×g、15秒間遠心する。
ろ液を捨て、カラムを元のチューブに戻す。このステップをもう1度繰り返す。 |
14. | スピンカラムの乾燥 | NucleoSpin RNA Columnを11,000×g、1分間遠心する。
ろ液を捨て、カラムを新たな1.5 mlチューブ(各自で用意)に戻す。 |
15. | 核酸の溶出 | NucleoSpin RNA ColumnにRNase-free H2O 50~100μl を加え、11,000×g、1分間遠心してRNAを溶出させる。 |
*1 | Buffer E5の調製法 Buffer E5(Concentrate) 6 mlに96~100%エタノール 24 mlを添加する。 |
*2 | 自動破砕機を用いてサンプルを破砕してもよい。この場合、破砕条件は使用する機器に合わせて変更する。詳細は英文説明書を参照する。 |
*3 | DNA Set for NucleoBond RNA Soil Miniを使用することでDNAも別途溶出できる。その場合、カラムを別の1.5 mlのチューブ(各自で用意)に移し、Buffer EDNA 1 mlで溶出させる。その後、精製用カラムNucleoSpin DNA Columnを使用してRNAと同様に精製する。 |