RNA-Seq解析 Q&A
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＜解析手法に関する疑問＞
Q1 mRNA対象とtotal RNA対象の違いは何ですか？
A1
＜mRNA対象＞
mRNA対象は、SMART-Seq mRNA + Nextera XT DNA Library Prep Kitを使用して、non-strandedライブラリー作製を行うRNA-Seq解析メニューです。
total RNAよりpolyA RNAを対象に、Oligo dT Primerを用いてcDNA増幅を行います。
polyA RNAを持たないnon-coding RNAは解析対象に含まれません。
＜total RNA対象＞
total RNAからSMART-Seq Stranded Kitを用いてStrandedライブラリーを作製します。ヒト、マウス、ラットが対象です。
total RNAよりRandom Primerを用いてcDNA増幅を行い、rRNA除去を行い、ライブラリーを作製します。polyAを持たないnon-coding RNAも解析対象に含まれます。
FFPE由来などの分解が進んだRNAの解析も可能です。
＜mRNA対象＞
mRNA対象は、SMART-Seq mRNA + Nextera XT DNA Library Prep Kitを使用して、non-strandedライブラリー作製を行うRNA-Seq解析メニューです。
total RNAよりpolyA RNAを対象に、Oligo dT Primerを用いてcDNA増幅を行います。
polyA RNAを持たないnon-coding RNAは解析対象に含まれません。
＜total RNA対象＞
total RNAからSMART-Seq Stranded Kitを用いてStrandedライブラリーを作製します。ヒト、マウス、ラットが対象です。
total RNAよりRandom Primerを用いてcDNA増幅を行い、rRNA除去を行い、ライブラリーを作製します。polyAを持たないnon-coding RNAも解析対象に含まれます。
FFPE由来などの分解が進んだRNAの解析も可能です。
＜解析対象に関する疑問＞
Q2 遺伝子情報の無い生物種や、データベースに登録の無い新規転写産物も探索したいです。可能ですか？
Q3 lncRNAやアンチセンスRNAの解析は可能ですか？
A3
可能です。ヒト、マウス、ラットが対象のSMART-Seq Stranded Kitを用いた方法がございます。
Q4 菌体のRNA-Seqを依頼することは可能ですか？特別な作業が発生しますか？
A4
菌体のRNA-Seqも可能です。BacteriaのrRNA除去処理を実施し、ライブラリーを作製します。
菌体からのRNA抽出からご依頼の場合は、事前に「解析生物に関する情報提供用紙」をご提出ください。受入れ可否を確認いたします。詳細はこちら
菌体からのRNA抽出からご依頼の場合は、事前に「解析生物に関する情報提供用紙」をご提出ください。受入れ可否を確認いたします。詳細はこちら
＜データに関する疑問＞
Q5 各遺伝子の発現を調べたい場合、シーケンスデータ量は1検体あたりどの程度取得したらよいですか？
A5
mRNAを対象とした解析の場合、4,000万リード／検体を取得することで低発現の遺伝子も検出できます。（ヒトなど哺乳類の場合）
total RNAを対象とした解析は、mRNAだけでなくlncRNAなども検出されますので、多めの8,000万リード／検体の取得が目安になります。
total RNAを対象とした解析は、mRNAだけでなくlncRNAなども検出されますので、多めの8,000万リード／検体の取得が目安になります。
Q6 発現量のFPKM値とTPM値の違いを教えてください。
A6
FPKMはfragments per kilobase of exon per million reads mappedの略であり、100万マッピングフラグメント当たりの、エクソン1 kbのリード数となります。
TPMはtranscripts per millionの略であり、遺伝子長がすべて同じとした際の100万マッピングフラグメント当たりのフラグメント数となります。
最近ではTPMがより実際の遺伝子発現との一致が高いとされており、正規化の方法としてよく利用されています。
TPMはtranscripts per millionの略であり、遺伝子長がすべて同じとした際の100万マッピングフラグメント当たりのフラグメント数となります。
最近ではTPMがより実際の遺伝子発現との一致が高いとされており、正規化の方法としてよく利用されています。
Q7 他社で取得したシーケンスデータについて、遺伝子発現量解析をタカラバイオに依頼したいです。どのような情報を提供したらいいですか？
A7
解析にはゲノム配列（FASTA形式）および遺伝子アノテーションファイル（GTF形式）が必要です。
特に指定がない場合は、GENCODEおよびEnsemblから取得したデータを使用します。
データ取得サイトを指定したい場合やデータのファイル形式が異なる場合などは別途ご相談ください。
特に指定がない場合は、GENCODEおよびEnsemblから取得したデータを使用します。
データ取得サイトを指定したい場合やデータのファイル形式が異なる場合などは別途ご相談ください。
Q8 論文などに使用できるヒートマップ図などを作成してもらえますか？
A8
論文用の図の作成サービスは行っておりません。
＜検体に関する疑問＞
Q9 RNA抽出の推奨キットを教えてください。
A9
検体の形状により、使用するキットが異なります。弊社ではNucleoSpin
RNA抽出キットなども販売しております。
Q10 急ぎRNA検体を送りたいです。こちらで検体の品質は確認しなくていいですか？
A10
弊社にてRNAの品質検定を実施しますが、可能な限り事前に品質検定を実施してください。分解などの問題がある場合は再送などをご相談いたします。
Q11 提供予定のRNAが正確な定量が困難なほど微量なのですが、受入可能ですか？
A11
はい、可能です。
価格や納期についてはお問い合わせください。
価格や納期についてはお問い合わせください。
Q12 FFPE検体由来のRNAは解析可能ですか？
A12
はい、可能です。
ライブラリー作製試薬はSMART-Seq Stranded Kitを使用します。
ただし、RNAの分解が強く進行しているとライブラリー作製不良となる可能性がございます。
ライブラリー作製試薬はSMART-Seq Stranded Kitを使用します。
ただし、RNAの分解が強く進行しているとライブラリー作製不良となる可能性がございます。
