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Q1 次世代シーケンサーを用いた解析では、解析対象になる塩基数は解析メニューによってどのくらい違いますか?
A1
全ゲノムメチル化シーケンス解析では全ゲノムのシトシンのメチル化(5mC)が解析対象となります(ヒトの場合、CpG配列は3,000万ヵ所)。
RRBS解析では約400万ヵ所のCpGサイトのシトシンが解析対象になります(ヒトの場合)。
Q2 あまりコストをかけずにおおよそのメチル化領域を知りたいのですが、適したサービスはありますか?
Q3 メチル化解析はFFPEサンプル由来のDNAでも解析可能ですか?
A3
DNAの品質により可否が変わります。断片化が進行しているサンプルでは、解析は難しい場合があります。
Q4 全ゲノムメチル化シーケンス解析で使用するNEBNext Enzymatic Methyl-seq Kitはバイサルファイト処理しないようですが、どのような仕組みでメチル化用ライブラリーが作製されるのですか?
A4
NEBNext Enzymatic Methyl-seq Kitはバイサルファイト処理は行わず、酵素を使用して非メチル化シトシンをウラシルに変換する手法での解析となります。
バイサルファイト法と比較してDNAの断片化が少なくて済むことから、少量のDNAでも安定してデータを取得できるメリットがあります。
Q5 全ゲノムメチル化シーケンス解析でヒト・マウス以外の生物種でも解析可能でしょうか?
A5
全ゲノムメチル化シーケンス解析では、参照配列があれば基本的にどのような生物種でも可能です。
植物でのCHHやCHG配列のメチル化DNA解析も可能です。
Q6 5mC以外のメチル化修飾の解析は可能でしょうか?
A6
PacBio社シーケンサーを利用することで可能となります。
バイサルファイト法などで解析対象になる5mC以外では、Bacteriaのm6Aとm4Cが検出可能です。
シーケンス生データ、SMRT Link software出力データの納品が可能です。
Q7 ターゲット遺伝子のみのメチル化解析は可能でしょうか?
A7
弊社では対応しておりません。網羅的な解析サービスとなっております。