SMART-Seq mRNA HT/SMART-Seq mRNA HT LP

■ インタビュー

山﨑先生のご研究内容についてお教えください。

私は、がん組織を構成する多様な細胞がどのように協力し合い、がんを維持しているのか、そのメカニズムに興味を持っています。特に、“がんの芽”とも呼ばれ、がんの発生や転移、再発にも重要と言われるtumor-initiating cellsを基軸に研究を進めています。極少数の細胞を扱うため、微量のRNAを用いたRNA-SeqにSMART-Seqを使用しています。また、RNAを精製することなく1～100細胞からダイレクトにcDNA合成する方法でも使用しています。

タカラバイオのSMART-Seq HTをお知りになったきっかけをお教えください。

過去にHuman Cell Atlasで世界中から細胞を集めてRNAシーケンスを行ったベンチマークの論文があり、それに使用されていたのがSMART-Seq v4（製品コード 634888他）でした。再現性の良いデータが得られると聞き、10年前からSMART-Seq v4を使っています。その後、価格が安く、プロトコールが非常に簡単なSMART-Seq HTが発売されたと聞き使っています。

SMART-Seq HTを使用される中で、ご苦労された点や工夫された部分がありましたでしょうか。

苦労した経験はありません。非常に使いやすいです。SMART-Seq v4は操作が煩雑でしたが、SMART-Seq HTはその点が大幅に改善され、実験が効率化されとても楽になりました。
【SMART-seq HTキットの実験フロー】

【SMART-seq v4キットの実験フロー（参考）】

SMART-Seq HTを使用したRNA-Seq解析の結果はいかがだったでしょうか。

常にマッピング効率がよく、得られる遺伝子数も満足のいくレベルであり、再現性の良いきれいなデータが取れます。SMART-Seq v4と比べても遜色のないデータです。

まだSMART-Seq HTを使われたことがない方に、お勧め点などコメントをお願いいたします。

とにかく操作が簡単なキットです。価格もリーズナブルで、他のキットを買う必要がない^＊ところも魅力的です。

■ 実施例

膵がんxenograftを使用し、100細胞をソーティングしたのち、SMART-Seq HTキットを用いてRNA精製をせずダイレクトにcDNA合成を行った。
結果：100細胞からでも、エクソンに満遍なくマッピングされ、安定した結果を得た。

■ お知らせ

山﨑先生にお試しいただいたSMART-Seq HT Kitは、後継品としてSMART-Seq mRNA HT（製品コード 634795他）を発売しています。基本性能やプロトコールはそのままに、価格を安くリニューアルした製品ですので、新規購入の方は後継品SMART-Seq mRNA HTのご購入をおすすめします。

＊ リニューアルしたSMART-Seq mRNA HT LPは、インデックスが別売りです。Unique Dual Index Kits（製品コード 634756他）を、あわせてご購入下さい。