S1 Nuclease

A1　MBは末端がGCだと削り残しやすく、S1は逆に削り込み（nibbling）を起こしやすいといわれています。DNAの末端によって使い分けるとよいでしょう（末端がGCrichならS1を使う。ただし削り込まないよう反応時間に注意。それ以外ならMBを使う）。
ただ、どちらの酵素も反応後T4 DNA Polymeraseで処理した方が、DNAの末端が平滑になる確率は高くなります。