Kilo-Sequence用 Deletion Kit

A1

1. DNAにニックが入っている可能性があります。もう一度DNAを精製し直してください。できればCsCl超遠心したものを使うようお勧めします。また制限酵素で分解する際にニックが入ることがあるので、Star活性に注意してください。
2. Mung Bean Nuclease処理が強すぎる可能性があります。反応時間を短くするか、反応温度を25℃に下げて行ってください。
3. 3'末端突出型制限酵素にExonuclease III で認識される種類を使用していませんか。
   （詳しくはExonuclease III の項目をご参照ください。）

A2　特定の制限酵素でデレーションが起きにくいということは特にありませんが、Star活性やニック活性の出やすい制限酵素（例えばSac I 等）はなるべく使わない方がよいでしょう。また、Exo IIIの消化は、経時的には進みますが、GC含量の高い領域では進みにくいことがあります。反応が進みすぎる場合や、スメアー状に進む場合は、反応温度を37℃から25～30℃に下げることにより改善されることがあります。