イルミナ社NGSプラットフォームのためのライブラリー作製キット
- 新SMART法によるイルミナ社シーケンサー用ChIP-Seqライブラリー作製キット
- ライゲーション反応を行なわずにライブラリー作製が可能
- 100 pgという微量DNAからでも対応可能（細胞数では10,000～1,000,000細胞）
- Double strand DNAだけでなくSingle strand DNAでもOK
- 操作時間は約４時間と他社同等キットの半分程度
- ChIP Elute Kit（製品コード 634887）によるDNA精製・濃縮はたった1時間で完了。“そのまま”DNA SMART ChIP-Seqに利用可能
製品説明
DNA SMART ChIP-Seq Kitは、イルミナ社次世代シーケンサー用のChIP-Seq解析用ライブラリーを作製するキットである。ライゲーション反応を行うことなくDNA断片末端にアダプターを付加するので、操作時間が約4時間と他社同等キットの半分程度である。一般的にクロマチン免疫沈降（ChIP）で得られるDNAは微量で、特に低発現の転写因子に対する抗体を使用した時は、ChIP-Seq用のライブラリー作製は困難な場合が多い。
クロンテック社のSMART法の新技術により、100 pg（～10 ng）という微量DNAからでもライブラリー作製が可能となった。また、Double strand DNAだけでなくSingle strand DNAも対応可能である。
ラインナップは以下の3製品である。
ChIP Elute Kit（製品コード 634887）は、ChIP反応液からDNAの溶出とタンパク質の分解・除去、その後の精製・濃縮を迅速かつ簡便な方法で行うためのキットである。 ChIP反応後のサンプルにDNA Elute ResinとProteinase KによるDNAの溶出とタンパク質の分解・除去を行い、ssDNA Binding Columnsを用いて精製・濃縮するだけで、“そのまま”qPCRおよびDNA SMART ChIP-Seq Kitによるライブラリーの作製が可能である。
従来法では一晩かかっていた反応がわずか1時間で完了する。
クロンテック社のSMART法の新技術により、100 pg（～10 ng）という微量DNAからでもライブラリー作製が可能となった。また、Double strand DNAだけでなくSingle strand DNAも対応可能である。
ラインナップは以下の3製品である。
- DNA SMART ChIP-Seq Kit – 12
1種類の上流プライマーと12種類の下流プライマーを含み、12種類のインデックス付のライブラリーが作製可能である。 - DNA SMART ChIP-Seq Kit - 48 A
4種類の上流プライマーと12種類の下流プライマーを含み、48種類のインデックス付のライブラリーが作製可能である。 - DNA SMART ChIP-Seq Kit - 48 B
別の4種類の上流プライマーと12種類の下流プライマーを含み、48種類のインデックス付のライブラリーが作製可能である。
ChIP Elute Kit（製品コード 634887）は、ChIP反応液からDNAの溶出とタンパク質の分解・除去、その後の精製・濃縮を迅速かつ簡便な方法で行うためのキットである。 ChIP反応後のサンプルにDNA Elute ResinとProteinase KによるDNAの溶出とタンパク質の分解・除去を行い、ssDNA Binding Columnsを用いて精製・濃縮するだけで、“そのまま”qPCRおよびDNA SMART ChIP-Seq Kitによるライブラリーの作製が可能である。
従来法では一晩かかっていた反応がわずか1時間で完了する。
図1．DNA SMART ChIP-Seq Kitの実験フローチャート
操作は1チューブで、サイズセレクション・精製を含めて約4時間でライブラリー作製ができる。
表1．微量断片化DNAからのChIPライブラリー作製
断片化DNAの使用量にかかわらず、’unique reads without duplicates’で高い値を示し、peak数も同等の値を示した。
表2．細胞ゲノムDNAからのChIP DNAのシーケンス解析
様々な数の細胞から抽出したゲノムDNAをChIP処理し、得られた断片化DNA全量を使用し直接ChIPシーケンスライブラリーを作製した。細胞数にかかわらず、安定したデータが得られた。
表3．ChIP Elute Kitおよび従来法で調製したサンプルのシーケンス解析結果
| Elution /cross-linking reversal method | ChIP Elute | Traditional | ChIP Elute | Traditional |
| Input amount | 1 ng |
0.25 ng |
||
| Library yield (nM) | 21.4 |
16.4 |
37.3 |
28.1 |
| Mapped to genome (％) | 89.7 |
90.2 |
86.4 |
87.3 |
| Mapped uniquely to genome (％) | 71.6 |
73.2 |
70.2 |
71.1 |
| Useful reads (uniquely mapped, non-duplicates; ％) | 66.0 |
67.2 |
58.1 |
59.0 |
| Non-redundant rate | 0.92 |
0.96 |
0.83 |
0.83 |
| No. of peaks identified | 37,610 |
36,924 |
39,525 |
37,134 |
内容
DNA SMART ChIP-Seq Kit
ChIP Elute Kit（製品コード 634887）
SeqAmp DNA Polymerase
SeqAmp PCR Buffer（2X）
DNA SMART Oligonucleotide Mix
DNA Dilution Buffer（5 mM）
DNA SMART Buffer
Shrimp Alkaline Phosphatase（1 U/μl）
Terminal Deoxynucleotidyl Transferase
DNA SMART T-Tailing Mix
DNA SMART Poly（dA）Primer
SMARTScribe Reverse Transcriptase（100 U/μl）
Library Elution Buffer
Control Fragmented Human gDNA（5 ng/μl）
DNA SMART Custom Read2 Seq Primer（100 μM）
Indexing Primer Set HT for Illumina
SeqAmp PCR Buffer（2X）
DNA SMART Oligonucleotide Mix
DNA Dilution Buffer（5 mM）
DNA SMART Buffer
Shrimp Alkaline Phosphatase（1 U/μl）
Terminal Deoxynucleotidyl Transferase
DNA SMART T-Tailing Mix
DNA SMART Poly（dA）Primer
SMARTScribe Reverse Transcriptase（100 U/μl）
Library Elution Buffer
Control Fragmented Human gDNA（5 ng/μl）
DNA SMART Custom Read2 Seq Primer（100 μM）
Indexing Primer Set HT for Illumina
ChIP Elute Kit（製品コード 634887）
・Package 1 (Store at 4℃)
ChIP Elute Resin（2 x 3 ml）
Proteinase K（100 μl）
DNA Dilution Buffer（10 ml）
・Package 2 (Store at room temperature)
ssDNA Binding Columns（50 columns）
Collection Tubes（50 tubes）
ssDNA Binding Buffer（25 ml）
ssDNA Wash Buffer（25 ml）
ChIP Elute Resin（2 x 3 ml）
Proteinase K（100 μl）
DNA Dilution Buffer（10 ml）
・Package 2 (Store at room temperature)
ssDNA Binding Columns（50 columns）
Collection Tubes（50 tubes）
ssDNA Binding Buffer（25 ml）
ssDNA Wash Buffer（25 ml）
保存
DNA SMART ChIP-Seq Kit
・DNA SMART Oligonucleotide Mix： －70℃
・その他： －20℃
ChIP Elute Kit
・Package 1： 4℃
・Package 2： RT
・DNA SMART Oligonucleotide Mix： －70℃
・その他： －20℃
ChIP Elute Kit
・Package 1： 4℃
・Package 2： RT
キット以外で必要な試薬など（主なもの）
PCR反応
・Thermal cycler・Nuclease-free thin-wall PCR tubes
・Nuclease-free nonsticky 1.5 ml tubes（Eppendorf社 Code 022431021; USA Scientific社 Code 1415-2600）
AMPure XP Bead 精製
・Agencourt AMPure XP PCR Purification Kit（5 ml Beckman Coulter社 Code A63880; 60 ml Beckman Coulter社 Code A63881）・80％ ethanol（用時調製）
・Magnetic separation device for 0.2 ml tubes
ChIP-Seq ライブラリーチェック
・Qubit 2.0 Fluorometer（Life Technologies Code Q32866）・Qubit dsDNA HS Assay Kit（Life Technologies Code Q32851, Q32854）
・500 μl thin-walled polypropylene tubes（Qubit 2.0 Fluorometer用）（Life Technologies Code Q32856）
・Agilent High Sensitivity DNA Kit（Agilent社 Code 5067-4626）
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