EpiXplore™ Meth-Seq DNA Enrichment Kit

Methyl-Seq用ライブラリー調製キット
  • 迅速、簡便なプロトコールでメチル化DNAを濃縮
  • イルミナ社次世代シーケンサー用ライブラリーを作製
  • 25 ng～1 μgゲノムDNAからメチル化DNAライブラリー作製
  • 濃縮DNAからのライブラリー調製は約4時間で完了

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製品コード メーカー
略称		 製品名 容量 価格（税別） 特記事項 説明書、CoA
データシート
ベクター情報		 参考資料 カート
Takara Code
635023

CLN

Clontech
 EpiXplore™ Meth-Seq DNA Enrichment Kit
取寄 ライセンス
12回 ￥231,000
 説明書・データシート・ベクター情報 個
Z5023N
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製品説明

EpiXplore Meth-Seq DNA Enrichment Kitは、断片化したゲノムDNAからメチル化DNAと非メチル化DNAを分離、濃縮し、各DNAからイルミナ社NGSライブラリーを作製するキットである。メチル化DNAの濃縮には、EpiXplore Methylated DNA Enrichment Kit（製品コード 631962、631963）でも使用しているHisタグ融合MBD2タンパク質（メチル化CpGに結合するタンパク質）とCapturem Nanoprep Columnsを利用し、2時間以内で終了する。濃縮されたメチル化DNA（または非メチル化DNA）から、DNA SMART技術により、イルミナ社対応シーケンスライブラリーを作製できる。
ライブラリー作製では、DNA SMART技術により、少量のDNAサンプルからでも約4時間で、DNA断片末端にイルミナ特異的アダプターを付加したシーケンスライブラリーを作製できる。
メチル化DNAと非メチル化DNAの分離フローチャート
図1．メチル化DNAと非メチル化DNAの分離フローチャート
断片化ゲノムDNAをHisタグ融合MBD2タンパク質と1時間反応させ、メチル化DNAをMBD2に結合させる。反応液をCapturem Nanoprep Columnへアプライし、Hisタグ融合MBD2タンパク質を結合する。カラム洗浄後、メチル化DNAを高塩濃度バッファーで溶出する。精製後、得られた濃縮DNAからNGS用ライブラリーを作製する。
DNA-SMART ChIP-Seq技術
図2．DNA-SMART ChIP-Seq技術
イルミナ社NGSライブラリー作製のフローチャートを示す。濃縮DNAからNGSライブラリー作製までは、約4時間で終了する。DNA SMART技術により、アダプターライゲーションや精製を行う必要がなく、DNAサンプルのロスの少ない操作でライブラリー作製が行える。
メチル化DNA画分と非メチル化DNA画分からのNGSライブラリーの比較
図3．メチル化DNA画分と非メチル化DNA画分からのNGSライブラリーの比較
シロイヌナズナの3番染色体の特定領域（緑枠）について、メチル化DNA画分と非メチル化DNA画分からのライブラリーで検出されたピークを示す。メチル化領域は赤枠で、非メチル化領域は、青枠で示す。結果は、公開されているバイサルファイトシーケンス結果（GEO accession GSM980986; Stroud et al., 2013）と良く一致している。

内容

  • EpiXplore Meth-Seq DNA Enrichment Components
    　Package 1
    　　xTractor Buffer
    　　Unmethylated DNA Elution Buffer
    　　Capturem Nanoprep Columns
    　Package 2
    　　4X Incubation Buffer
    　　Methylated DNA Elution Buffer
    　Package 3
    　　MBD2 Protein (1 mg/ml)
    　　Unmethylated Control DNA (1 ng/μl)
    　　Methylated Control DNA (1 ng/μl)
    　　Nuclease-Free Water
  • SeqAmp DNA Polymerase
    　　SeqAmp DNA Polymerase
    　　SeqAmp PCR Buffer (2X)
  • DNA SMART ChIP-Seq Components
    　Package 1
    　　DNA SMART Oligonucleotide Mix
    　Package 2
    　　DNA Dilution Buffer (5 mM)
    　　DNA SMART Buffer
    　　Shrimp Alkaline Phosphatase (1 U/μl)
    　　Terminal Deoxynucleotidyl Transferase
    　　DNA SMART Poly(dA) Primer
    　　SMARTScribe Reverse Transcriptase (100 U/μl)
    　　Library Elution Buffer
    　　Control Fragmented Human gDNA (5 ng/μl)
    　　DNA SMART Custom Read2 Seq Primer
  • Indexing Primer Set HT for Illumina - 12

保存

  • EpiXplore Meth-Seq DNA Enrichment Components
    　　Package 1 ：室温
    　　Package 2 ：4℃
    　　Package 3 ：－20℃
  • SeqAmp DNA Polymerase：-20℃
  • DNA SMART ChIP-Seq Components
    　　Package 1 ：-70℃
    　　Package 2 ：-20℃
  • Indexing Primer Set HT for Illumina - 12：-20℃

本製品以外に必要な試薬等

Methylated DNA濃縮
・微量高速遠心機 (1.5 ml と 0.2 mlチューブ用)
・Nuclease-free thin-walled PCR tubes with caps (0.2 ml; USA Scientific社, Cat. No.1402-4700)
・1.5 ml チューブ
・ピペット、フィルター付チップ
・Qubit 2.0 Fluorometer (Life Technologies, Cat. No. Q32866)とHS dsDNA assay kit (Cat. No. Q32851/Q32854)
・500 μl thin-walled polypropylene tubes (Life Technologies, Cat. No. Q32856)

PCR増幅
・サーマルサイクラー
・0.2 ml Nuclease-free thin-walled PCR tubes
・Nuclease-free nonsticky 1.5 ml tubes (Eppendorf社, Cat. No. 022431021; USA Scientific社; Cat. No. 1415-2600)

AMPure XP Bead精製
・Agencourt AMPure XP PCR Purification Kit (Beckman Coulter社, 5 ml用, Part No. A63880; 60 ml用, Part No. A63881)
・80％ ethanol（用時調製）
・Magnetic Separator：1.5 mlチューブ用（作製可能＊）、PCR strip用(Cat. No. 635011)
*https://www.takarabio.com/learning-centers/next-generation-sequencing/faqs-and-tips/rna-seq-tips

DNAライブラリーチェック
・Qubit 2.0 Fluorometer (Life Technologies, Cat. No. Q32866)
・Qubit dsDNA HS Assay Kit (Life Technologies, Cat. Nos. Q32851, Q32854)
・500 μl thin-walled polypropylene tubes(Qubit 2.0 Fluorometer用)(Life Technologies, Cat. No. Q32856)
・Agilent High Sensitivity DNA Kit(Agilent社, Cat No. 5067-4626)
注意事項
  • 本ページの製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
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