高性能なシングルセルからの全ゲノム増幅
- 再現性の高い全ゲノム増幅
- 低いアレルドロップアウト率
- 3時間以内の超簡単ワークフロー
- 正確性の高いSNV、CNV解析
製品説明
PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3（PicoPLEX WGA v3）は、シングルセルからDNAを増幅して再現性の高いライブラリーを作製することが可能である。細胞溶解、プレ増幅に続いて、バックグラウンドの低いPCR増幅を行い、3時間以内にマイクログラムレベルの産物が得られる。
従来のPicoPLEX WGA Kitで可能であった再現性の高いコピー数多型（CNV）解析に加えて、本キットでは、正確性の高い増幅用酵素を使用することにより増幅エラーを最小限に抑え、一塩基変異体（SNV）の検出が可能である。
使用できるインプットの種類；
従来のPicoPLEX WGA Kitで可能であった再現性の高いコピー数多型（CNV）解析に加えて、本キットでは、正確性の高い増幅用酵素を使用することにより増幅エラーを最小限に抑え、一塩基変異体（SNV）の検出が可能である。
使用できるインプットの種類；
- 哺乳類細胞（1～10細胞）
- 精製DNA（15～60 pg DNA）
- ソートされた染色体
- インタクトまたは断片化された一本鎖または二本鎖DNA
| Depth of SNV position ≧10 Allele frequency ≧20％ |
PicoPLEX WGA v3 1 cell |
PicoPLEX WGA v3 5 cells |
A社 1 cell |
A社 5 cells |
B社 1 cell |
B社 5 cells |
|||||||
| Bulk | Rep1 | Rep2 | Rep1 | Rep2 | Rep1 | Rep2 | Rep1 | Rep2 | Rep1 | Rep2 | Rep1 | Rep2 | |
| Number of SNVs called | 74 | 57 | 67 | 69 | 67 | 34 | 57 | 62 | 67 | Failed | Failed | 40 | Failed |
| Number of false positives | 3 | 1 | 0 | 1 | 5 | 1 | 0 | 7 | Failed | Failed | 0 | Failed | |
| Average false positives | 0.02％ | 0.005％ | 0.03％ | 0.035％ | Failed | 0 | Failed | ||||||
| Call rate | 78％ | 92％ | 95％ | 92％ | 47％ | 78％ | 85％ | 92％ | Failed | Failed | 55％ | Failed | |
| Average call rate | 85％ | 93％ | 62％ | 88％ | Failed | 55％ | Failed | ||||||
| Missed | 17 | 7 | 5 | 7 | 40 | 17 | 12 | 7 | Failed | Failed | 34 | Failed | |
| Average locus dropouts | 16.2％ | 8.1％ | 38.5％ | 12.8％ | Failed | 45.9％ | Failed | ||||||
| Number of heterozygous SNVs called | 45 | 45 | 38 | 45 | 45 | 36 | 31 | 38 | 41 | Failed | Failed | 32 | Failed |
| Average allele dropouts | 7.8％ | 0.0％ | 25.6％ | 12.2％ | Failed | 71.1％ | Failed | ||||||
PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3を使用して、さまざまな細胞株（GM22601、GM05067、GM12878）のシングルセルからゲノムを増幅した。精製した増幅産物 1 ngをIllumina Nextera XT Kitのインプットサンプルとして使用し、2×75 bpの読み取り長でIllumina MiSeqでシーケンスを行った。Fastqファイルは、アダプター配列を除去するためにトリミングされ、human genome assembly GRCh37にアライメントされた。常染色体のみが報告された。アライメントは1Mリードにノーマライズされ、1 MBのbinあたりのリード数はbedtools 2.25.0を使用して計算された。bin数のlog2比（サンプル/リファレンス）は、Integrative Genomics Viewer（IGV）を使用してプロットされた。PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3は染色体の部分的異数性も高解像度で解析できることが示された。
PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3、A社、およびB社（MDA）キットを使用して、GM12878のシングルセルサンプルから2連で増幅産物を調製した。Illumina Nextera XT Kit のインプットサンプルとして増幅産物1 ngを使用し、ライブラリーを作製後、2×75 bpの読み取り長でIllumina MiSeqでシーケンスを行った。Human genome assembly GRCh37へのリードアライメントと100万リード（50万リードペア）へのノーマライズ後、1 Mbのbinあたりのリード数をbedtools 2.25.0を使用して計算した。2つのシングルセルライブラリーからの各ウィンドウの合計読み取り値をプロットし、ピアソン相関とスピアマン相関を計算して各グラフに示した。
Panel A．外れ値を含むサンプル
注）比較した各社キットのバイアスが異なり、相関ポイントが除外されていないため、グラフのスケールは異なる。
Panel B．外れ値を除外したサンプル
PicoPLEX WGA v3は、A社およびB社キットと比較して高い再現性と堅牢なカバレッジを示した。
内容
- Cell Extraction Buffer
- Extraction Enzyme Dilution Buffer
- Cell Extraction Enzyme
- Pre-Amplification Buffer
- Pre-Amplification Enzyme
- Amplification Buffer
- Amplification Enzyme
- Nuclease-Free Water
保存
－20℃
用途
- NGS、oligonucleotide aCGH、BAC aCGH、またはqPCRによるコピー数多型（CNV）解析
- 変異検出のためのターゲット濃縮またはアンプリコン濃縮
- SNPジェノタイピング
本製品以外に必要な試薬、機器（主なもの）
- サーマルサイクラー
- 微量高速遠心機
- PCRチューブまたは 96-well PCRプレートとシール
- ピペットチップ
- PBS (1×PBS free of Mg2＋、Ca2＋) 細胞洗浄用
- 80％ (v/v) エタノール
- Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter社, Cat No.A63880)
- Magnetics beads separator：SMARTer-Seq Magnetic Separator-PCR strip (製品コード 635011)など
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- 注意事項
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