Bacterial 16S rDNA PCR Kit Fast (800)

日本薬局方収載プライマーによるPCR産物のシーケンス解析で細菌を推定(16S rDNA領域の約0.8 kb)
製品コード メーカー
略称
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書、CoA
データシート
ベクター情報
参考資料 カート
Takara Code
RR182A

TKR

タカラバイオ(株)
Bacterial 16S rDNA PCR Kit Fast (800)
50回 ¥44,000
説明書・データシート・ベクター情報
RR182A
カートにいれる

WEB会員ログインが必要です

製品説明

本キットは、細菌類の16S ribosomal DNA(rDNA)領域内の特定領域(約0.8 kb)を増幅することができる試薬、およびPCR増幅産物のシーケンスのためのプライマーから成るキットである。本キットを使用して得られた増幅産物に対して、キットのシーケンスプライマーを用いた塩基配列解析を行い、得られた塩基配列とデータベース上の配列との相同検索により、細菌の分類を行うことができる。PCR酵素には改良型Taq DNA polymeraseを使用してるので、高速PCR条件により、PCR増幅を迅速に行うことができる。また、本酵素は抗体を用いたホットスタートPCR用の酵素なので、サイクル前のミスプライミングやプライマーダイマーに由来する非特異的増幅を防ぐことができる。

本キットのプライマーを用いる解析方法は、第十七改正日本薬局方 参考情報「遺伝子解析による微生物の迅速同定法」に収載されている。
注意: 本キットは、細菌の種類によってはPCR増幅できない場合がある。
なお、真菌の場合は、Fungal rDNA (ITS1) PCR Kit Fast(製品コード RR183A)、または、Fungal rDNA (D1/D2) PCR Kit Fast(製品コード RR184A)をご利用ください。

内容

(25 μl PCR反応、50回)
1TaKaRa Taq HS Fast Detect Premix625 μl
216S rDNA Primer Mix (800)*110×125 μl
3dH2O650 μl
4Positive Control(E. coli DNA)1 ng/μl25 μl
5Sequencing Primer 10F7.5 pmol/μl50 μl
6Sequencing Primer 800R7.5 pmol/μl50 μl

*1 16S rDNA Primer Mix (800) に含まれるプライマーは、Sequencing Primer 10FおよびSequencing Primer 800Rと同じ配列です。

保存

-20℃
TaKaRa Taq HS Fast Detect PremixにはPCR酵素が含まれているため、過剰に凍結融解を繰り返すと活性が低下する場合がありますのでご注意ください。
融解の際は激しい攪拌を避け、融解後は穏やかにチューブを転倒混和してください。

DNA増幅産物のシーケンス解析

キットに含まれるSequencing Primer 10Fを使用して、得られた精製増幅産物のシーケンス解析(片鎖解析)を行う。
必要に応じて、Sequencing Primer 800Rを使用した両鎖解析を行う。両鎖解析の場合、精度の高いシーケンスデータが得られる。
シーケンス解析には、タカラバイオ受託サービス「プレミックスシーケンス解析」のご利用をお勧めします。

<プレミックスシーケンス解析をご依頼いただく場合>
以下の混合物を準備する。
精製増幅産物20~150 ng
Sequencing Primer 10F or 800R (7.5 pmol/μl)1 μl
滅菌精製水全量を15 μlとする
上記混合物を1つのウェルに分注する。
  • 精製して得られた増幅産物を1反応につき20~150 ngご用意ください。(両鎖解析の場合1サンプルについて2反応となりますので、最大40~300 ng の精製増幅産物が必要となります。)
  • 1つの反応ウェルについて1つのSequencing Primer(7.5 pmol/μl)1 μlを加え、全量を15 μl/ウェルとなるように調製いただき、ご送付ください。
詳細は「プレミックスシーケンス解析(8連チューブ/ 96ウェルプレート)」をご参照ください。

シーケンスは、ご自身で行われることも可能です。
その場合、キットのシーケンス用プライマーは7.5 pmol/μlとなっていますので、適宜使用量を調整してご使用ください。

塩基配列情報の解析

得られた塩基配列情報をデータベース上の配列と相同性検索を行い、その結果より細菌の種類を類推する。
<参考情報>
BLAST 検索は、BLAST アルゴリズムを実装したプログラムをダウンロードして利用することができる。
 NCBI:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
NCBI BLASTやDDBJのウェブ上で使用することもできる。
 NCBI BLAST:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
 DDBJ:http://blast.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html

キット以外に必要な試薬・機器(主なもの)

  1. 遺伝子増幅システム(authorized instruments)
    TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice Touch(製品コード TP350)
    TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice Gradient(製品コード TP600)
  2. PCRチューブ
    0.2 ml Hi-Tube Dome Cap(製品コード NJ200)
    0.2 ml Hi-Tube Flat Cap Recovery(製品コード NJ203)
    0.2 ml Hi-8-Tube(製品コード NJ300)
    0.2 ml Hi-8-Dome Cap(製品コード NJ301)
    0.2 ml Hi-8-Flat Cap(製品コード NJ302)
    TaKaRa PCR Thermal Cycler Fast(販売終了)には、Flat Cap型のチューブをご使用ください。 Dome Cap型のチューブは使用できません。詳細は、各装置の取扱説明書をご確認ください。
  3. アガロース電気泳動装置
    Mupid-2plus(製品コード M-2P)
    Mupid-exU(製品コード EXU-1)
    Mupid-One(製品コード O1-01)
  4. アガロースゲル Agarose L03「TAKARA」(製品コード 5003/5003B)
    PrimeGel Agarose PCR-Sieve(製品コード 5810A)など
  5. DNA染色剤
    SYBR Green I Nucleic Acid Gel Stain(製品コード 5760A/5761A)
    エチジウムブロマイドなど
    注)SYBR Green Iを使用する場合は専用のフィルターが必要です。
  6. マイクロ遠心機
  7. マイクロピペットおよびチップ(オートクレーブ処理したもの)
  8. DNA調製試薬
    SimplePrep reagent for DNA(製品コード 9180)
    NucleoSpin Tissue(製品コード 740952.10/.50/.250)など
  9. PCR産物精製試薬
    NucleoSpin Gel and PCR Clean-up(製品コード 740609.10/.50/.250)など

遺伝子検出・検査 関連試薬の選択フローをご利用ください

分野別の試薬選択フロー
手法別の試薬選択フロー

「遺伝子検査(食品・水質・家畜他)」関連のお役立ち情報専用ページもご参照ください。
注意事項
  • 本ページの製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
  • タカラバイオの承認を得ずに製品の再販・譲渡、再販・譲渡のための改変、商用製品の製造に使用することは禁止されています。
  • タカラバイオ製品に関連するライセンス・パテントについては、ライセンスマークをクリックして内容をご確認ください。
    また、他メーカーの製品に関するライセンス・パテントについては、各メーカーのウェブサイトまたはメーカー発行のカタログ等でご確認ください。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。