Methyl-Seq用ライブラリー調製キット
- 迅速、簡便なプロトコールでメチル化DNAを濃縮
- イルミナ社次世代シーケンサー用ライブラリーを作製
- 25 ng～1 μgゲノムDNAからメチル化DNAライブラリー作製
- 濃縮DNAからのライブラリー調製は約4時間で完了
製品説明
EpiXplore Meth-Seq DNA Enrichment Kitは、断片化したゲノムDNAからメチル化DNAと非メチル化DNAを分離、濃縮し、各DNAからイルミナ社NGSライブラリーを作製するキットである。メチル化DNAの濃縮には、EpiXplore Methylated DNA Enrichment Kit（製品コード 631962、631963）でも使用しているHisタグ融合MBD2タンパク質（メチル化CpGに結合するタンパク質）とCapturem Nanoprep Columnsを利用し、2時間以内で終了する。濃縮されたメチル化DNA（または非メチル化DNA）から、DNA SMART技術により、イルミナ社対応シーケンスライブラリーを作製できる。
ライブラリー作製では、DNA SMART技術により、少量のDNAサンプルからでも約4時間で、DNA断片末端にイルミナ特異的アダプターを付加したシーケンスライブラリーを作製できる。
ライブラリー作製では、DNA SMART技術により、少量のDNAサンプルからでも約4時間で、DNA断片末端にイルミナ特異的アダプターを付加したシーケンスライブラリーを作製できる。
図1．メチル化DNAと非メチル化DNAの分離フローチャート
断片化ゲノムDNAをHisタグ融合MBD2タンパク質と1時間反応させ、メチル化DNAをMBD2に結合させる。反応液をCapturem Nanoprep Columnへアプライし、Hisタグ融合MBD2タンパク質を結合する。カラム洗浄後、メチル化DNAを高塩濃度バッファーで溶出する。精製後、得られた濃縮DNAからNGS用ライブラリーを作製する。
断片化ゲノムDNAをHisタグ融合MBD2タンパク質と1時間反応させ、メチル化DNAをMBD2に結合させる。反応液をCapturem Nanoprep Columnへアプライし、Hisタグ融合MBD2タンパク質を結合する。カラム洗浄後、メチル化DNAを高塩濃度バッファーで溶出する。精製後、得られた濃縮DNAからNGS用ライブラリーを作製する。
図2．DNA-SMART ChIP-Seq技術
イルミナ社NGSライブラリー作製のフローチャートを示す。濃縮DNAからNGSライブラリー作製までは、約4時間で終了する。DNA SMART技術により、アダプターライゲーションや精製を行う必要がなく、DNAサンプルのロスの少ない操作でライブラリー作製が行える。
イルミナ社NGSライブラリー作製のフローチャートを示す。濃縮DNAからNGSライブラリー作製までは、約4時間で終了する。DNA SMART技術により、アダプターライゲーションや精製を行う必要がなく、DNAサンプルのロスの少ない操作でライブラリー作製が行える。
図3．メチル化DNA画分と非メチル化DNA画分からのNGSライブラリーの比較
シロイヌナズナの3番染色体の特定領域（緑枠）について、メチル化DNA画分と非メチル化DNA画分からのライブラリーで検出されたピークを示す。メチル化領域は赤枠で、非メチル化領域は、青枠で示す。結果は、公開されているバイサルファイトシーケンス結果（GEO accession GSM980986; Stroud et al., 2013）と良く一致している。
内容
- EpiXplore Meth-Seq DNA Enrichment Components
Package 1
xTractor Buffer
Unmethylated DNA Elution Buffer
Capturem Nanoprep Columns
Package 2
4X Incubation Buffer
Methylated DNA Elution Buffer
Package 3
MBD2 Protein (1 mg/ml)
Unmethylated Control DNA (1 ng/μl)
Methylated Control DNA (1 ng/μl)
Nuclease-Free Water - SeqAmp DNA Polymerase
SeqAmp DNA Polymerase
SeqAmp PCR Buffer (2X) - DNA SMART ChIP-Seq Components
Package 1
DNA SMART Oligonucleotide Mix
Package 2
DNA Dilution Buffer (5 mM)
DNA SMART Buffer
Shrimp Alkaline Phosphatase (1 U/μl)
Terminal Deoxynucleotidyl Transferase
DNA SMART Poly(dA) Primer
SMARTScribe Reverse Transcriptase (100 U/μl)
Library Elution Buffer
Control Fragmented Human gDNA (5 ng/μl)
DNA SMART Custom Read2 Seq Primer - Indexing Primer Set HT for Illumina - 12
保存
- EpiXplore Meth-Seq DNA Enrichment Components
Package 1 ：室温
Package 2 ：4℃
Package 3 ：－20℃ - SeqAmp DNA Polymerase：-20℃
- DNA SMART ChIP-Seq Components
Package 1 ：-70℃
Package 2 ：-20℃ - Indexing Primer Set HT for Illumina - 12：-20℃
本製品以外に必要な試薬等
Methylated DNA濃縮
・微量高速遠心機 (1.5 ml と 0.2 mlチューブ用)
・Nuclease-free thin-walled PCR tubes with caps (0.2 ml; USA Scientific社, Cat. No.1402-4700)
・1.5 ml チューブ
・ピペット、フィルター付チップ
・Qubit 2.0 Fluorometer (Life Technologies, Cat. No. Q32866)とHS dsDNA assay kit (Cat. No. Q32851/Q32854)
・500 μl thin-walled polypropylene tubes (Life Technologies, Cat. No. Q32856)
PCR増幅
・サーマルサイクラー
・0.2 ml Nuclease-free thin-walled PCR tubes
・Nuclease-free nonsticky 1.5 ml tubes (Eppendorf社, Cat. No. 022431021; USA Scientific社; Cat. No. 1415-2600)
AMPure XP Bead精製
・Agencourt AMPure XP PCR Purification Kit (Beckman Coulter社, 5 ml用, Part No. A63880; 60 ml用, Part No. A63881)
・80％ ethanol（用時調製）
・Magnetic Separator：1.5 mlチューブ用（作製可能＊）、PCR strip用(Cat. No. 635011)
DNAライブラリーチェック
・Qubit 2.0 Fluorometer (Life Technologies, Cat. No. Q32866)
・Qubit dsDNA HS Assay Kit (Life Technologies, Cat. Nos. Q32851, Q32854)
・500 μl thin-walled polypropylene tubes(Qubit 2.0 Fluorometer用)(Life Technologies, Cat. No. Q32856)
・Agilent High Sensitivity DNA Kit(Agilent社, Cat No. 5067-4626)
・微量高速遠心機 (1.5 ml と 0.2 mlチューブ用)
・Nuclease-free thin-walled PCR tubes with caps (0.2 ml; USA Scientific社, Cat. No.1402-4700)
・1.5 ml チューブ
・ピペット、フィルター付チップ
・Qubit 2.0 Fluorometer (Life Technologies, Cat. No. Q32866)とHS dsDNA assay kit (Cat. No. Q32851/Q32854)
・500 μl thin-walled polypropylene tubes (Life Technologies, Cat. No. Q32856)
PCR増幅
・サーマルサイクラー
・0.2 ml Nuclease-free thin-walled PCR tubes
・Nuclease-free nonsticky 1.5 ml tubes (Eppendorf社, Cat. No. 022431021; USA Scientific社; Cat. No. 1415-2600)
AMPure XP Bead精製
・Agencourt AMPure XP PCR Purification Kit (Beckman Coulter社, 5 ml用, Part No. A63880; 60 ml用, Part No. A63881)
・80％ ethanol（用時調製）
・Magnetic Separator：1.5 mlチューブ用（作製可能＊）、PCR strip用(Cat. No. 635011)
| * | https://www.takarabio.com/learning-centers/next-generation-sequencing/faqs-and-tips/rna-seq-tips |
DNAライブラリーチェック
・Qubit 2.0 Fluorometer (Life Technologies, Cat. No. Q32866)
・Qubit dsDNA HS Assay Kit (Life Technologies, Cat. Nos. Q32851, Q32854)
・500 μl thin-walled polypropylene tubes(Qubit 2.0 Fluorometer用)(Life Technologies, Cat. No. Q32856)
・Agilent High Sensitivity DNA Kit(Agilent社, Cat No. 5067-4626)
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- 注意事項
- 本ページの製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
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