NucleoBond^® RNA Soil

NucleoBond RNA Soilは、土壌や堆積物からRNAを精製するためのキットである。
さらに、DNA Set for NucleoBond RNA Soilと組み合わせることにより、同一サンプルからDNAの精製もでき、ゲノムDNAと転写産物を合わせて解析するメタゲノム研究にも利用可能である。
ほとんどの土壌サンプルはDNA量と比較してRNA量は少量であるため、解析に必要となるRNA量を得るためには、多くのサンプル量からの核酸抽出が必要となる。本キットの標準プロトコールでは、250～500 mgの土壌サンプルを入れたMN Bead Tubes Type Aを4本使用し（合計1～2 g）、そこからRNAを精製する。このサンプル量から通常1～10 μgのRNAが精製可能である。4本のチューブを処理する代わりに、全量を15 mlチューブに移して破砕しても良い。その場合、4倍量のBuffer E1，PCI（必要な場合はBuffer OPT）を加える。土壌中の生物は、Lysis Buffer E1とPhenol：Chloroform：Isoamylalcohol存在下、ビーズによって破砕され溶解される。
Buffer OPTは粘土質や鉱物土壌への核酸の吸着を抑える効果を持つため、河川堆積物や粘土などの鉱物質が多いサンプルからの核酸精製に有効である。しかし、Buffer OPTを使用するとフミン酸の混入が増えるため、森林土壌などの有機物や腐植物が多いサンプルには使わない方が良い。
サンプル溶解後、不溶物を遠心により沈殿させ、全ての上清を1本の15 mlチューブへ移し、Binding Buffer E2を加える。平衡化したFilter付NucleoBond RNA Columnにこの溶液を添加し、核酸を結合させる。Filterとカラムを洗浄後、RNAはBuffer ERNAで、DNAはDNA Set for NucleoBond RNA Soilに含まれるBuffer EDNAで溶出できる。各核酸溶出液にイソプロパノールを加えた後、NucleoSpin Finisher Columnに添加し、Buffer E5で洗浄後、RNase-free H₂Oで溶出することで高純度の核酸が精製できる。

（注）本製品の使用には撹拌式細胞破砕装置（Vortex-Genie 2 (サイエンティフィックインダストリーズ社)＋MN Bead Tube Holder（製品コード 740469）でも代用可能）が必要です。

原理	陰イオン交換クロマトグラフィー法
形状	自然落下型カラム
サンプル量	＜ 2 g 土壌
精製サイズ	≧100 bases
RNA回収量	1～10 μg
A260/280	1.7～2.1
A260/230	1.8～2.5
RIN	＞8.5
溶出液量	100 μl
精製時間	60分
結合容量	600 μg

粘土、海岸土、森林土壌からのサンプルからNucleoBond RNA SoilおよびQ社キットによりRNAを精製した。精製は標準プロトコールに従い行った。Aに各サンプルからのRNA収量を、Bに溶出RNAの1％アガロース電気泳動（TAEバッファー）の結果を示す。アガロース電気泳動では溶出液100 μlのうち15 μlを使用して行った。すべてのサンプルでNucleoBond RNA Soilの収量が高かった。（マッハライ・ナーゲル社比較データ）

粘土、海岸土、森林土壌からのサンプルからNucleoBond RNA SoilおよびQ社キットにより、DNAを同時調製するプロトコールに従って核酸精製した。Aに各サンプルからのDNA収量を、Bに溶出DNAの1％アガロース電気泳動（TAEバッファー）の結果を示す。アガロース電気泳動では溶出液100 μlのうち15 μlを使用して行った。NucleoBond RNA SoilとDNA Set for NucleoBond RNA Soilの組み合わせで、RNAの混入のないDNAが高収量で得られることが分かった。（マッハライ・ナーゲル社比較データ）

NucleoBond RNA Soil
・Lysis Buffer E1
・Buffer OPT
・Equilibration Buffer EQU
・Binding Buffer E2
・Wash Buffer E3
・Wash Buffer E4
・RNA Elution Buffer ERNA
・Wash Buffer E5 (Concentrate)
・RNase-free H₂O
・MN Bead Tubes Type A
・NucleoBond RNA Columns
・Plastic Washer
・NucleoSpin Finisher Columns

DNA Set for NucleoBond RNA Soil
・DNA Elution Buffer EDNA
・Wash Buffer E5 (Concentrate)
・RNase-free H₂O
・NucleoSpin Finisher Columns

室温
【注意】Buffer E1にはSodium dodecyl sulfate (SDS)が含まれているため、20℃以下では沈殿が生じる時がある。沈殿が生じていた場合は30～40℃で数分間の保温により沈殿を溶解後、良く混合し使用する。

試薬

• Phenol：Chloroform：Isoamylalcohol (25：24：1 v/v)
• 96～100％エタノール
• イソプロパノール

器具

• 15 ml, 50 ml 遠心チューブ
• 微量高速遠心機
• 遠心機（15 ml, 50 ml チューブ用、4,500×g）
• サンプル破砕装置：
  　　Vortex-Genie 2 (サイエンティフィックインダストリーズ社)＋MN Bead Tube Holder（製品コード 740469）など

MN Bead Tube Holder（製品コード 740469）
この製品の使用方法はこちらをご覧ください。

NucleoBondはマッハライ・ナーゲル社の登録商標です。