NucleoMag^® DNA Bacteria

NucleoMag DNA Bacteriaは、グラム陽性菌、グラム陰性菌、酵母など、様々な微生物からハイスループットでゲノムDNAを精製するキットである。磁性ビーズを使用したキットであるため自動化装置でも容易に使用することができる。また、このキットはカオトロピックイオンを含まない新規のバッファーを採用している（特許出願中）。
微生物からDNAを抽出するには、菌体を完全溶解に破砕することが重要となる。本キットにはサンプル破砕用の器材は含まれていないため、サンプルの種類に応じて適切な破砕溶解方法を用意する必要がある。細菌試料にはMN Bead Tubes Type B (40～400 µm glass beads)、酵母試料にはMN Bead Tubes Type A (0.6～0.8 mm ceramic beads)、糸状菌試料にはMN Bead Tubes Type D (3 mm steel beads)が適している。試料破砕後は、Binding Buffer IMBとNucleoMag B-Beadsを加えてDNAを磁気ビーズに捕捉し、Wash Buffer IMWと80％エタノールで洗浄する。磁気ビーズを乾燥後、最終的にElution Buffer IME (50～200 μl)で溶出する。
NucleoMagは、手動で使用する磁性ビーズセパレーター（NucleoMag SEPなど）、自動化装置に組込まれた磁性ビーズセパレーターのどちらにも使用可能である。

原理	磁性ビーズ法
形状	高反応性超常磁性ビーズ（ビーズ粒径：1～3 μm）
操作法	手動または自動化装置
サンプル量	グラム陽性細菌、グラム陰性細菌、酵母、糸状菌など ＜40 mg 湿菌体
精製サイズ	300 bp～約50 kb
回収量	サンプルの種類、破砕方法に依存
A260/280	1.6～1.9
溶出液量	50～200 μl
精製時間	30～50分（KingFisher Flexを使用した場合、溶解ステップを含まず）
結合容量	約 0.4 μg/1 μlビーズ

図1. 他社製品との比較
NucleoMag DNA Bacteria、および他社キット（Q社、T社）を用いて、グラム陰性菌、グラム陽性菌、酵母よりDNAを抽出し、qPCRで16S rRNA（細菌）、または18S rRNA(酵母)を定量した。抽出は各社の推奨条件に従った。NucleoMag DNA Bacteria（MN：青）を使用した場合、他社キット（Q、T：グレー）に比べて低いCt値で検出されており、微生物からのDNA収量が多いことが示された。

図2. MN Beads Plate、MN Beads Tubeを用いて抽出したDNAの電気泳動
NucleoMag DNA Bacteriaを用いてグラム陽性菌（B. subtilis、C. Glutamicum）、グラム陰性菌（E. coli）からDNAを抽出した。得られたDNAはアガロース電気泳動で解析した。サンプル破砕にはMN 96 Bead Plate(BP)、またはMN Bead Tube（BT）を用いた。MN Bead Plateを使用した場合も問題なくDNAが精製されていることがわかった。

・ NucleoMag B-Beads
・ Buffer IML
・ Binding Buffer IMB
・ Wash Buffer IMW(Concentrate)
・ Buffer IME
・ Liquid Proteinase K
・ Liquid RNase A

試薬
・ 80％エタノール
・ 96～100％エタノール

消耗品
・ MN Bead Tubes Type A（シングルチューブフォーマット、酵母用）
・ MN Bead Tubes Type B（シングルチューブフォーマット、バクテリア用）
・ MN Bead Tubes Type D（シングルチューブフォーマット、糸状菌用）
・ MN 96 Bead Plate Type B（96 wellファーマット、バクテリア用）
・ MN 96 Bead Plate Type D（96 wellフォーマット、糸状菌用

器具

マグネティックセパレーター
・ NucleoMag SEP（製品コード 744900）
・ NucleoMag SEP Mini（製品コード 744901）
・ NucleoMag SEP Maxi（製品コード 744902）
・ NucleoMag SEP 24（製品コード 744903）など

磁気ビーズの分離用プレート
・ Square-well Block（製品コード 740481/740481.24）など

DNA回収のための溶出用プレート
・ Elution Plate U-bottom（製品コード 740486.24）など

酵素類（オプション）
・ Liquid Proteinase K（製品コード 740396）
・ Liquid RNase A（製品コード 740397）

ハイスループット用消耗品
・ Rack of Tube Strips（製品コード 740477/740477.24）など
・ Elution Plate U-bottom（製品コード 740486.24）など

KingFisherを使用する場合
・ KingFisher 96 Accessory Kit A（製品コード 744950）
・ KingFisher DUO Accessory Kit（製品コード 744952）

・ 手動または自動化装置によるバクテリア、酵母からのDNA抽出
・ 精製DNAはPCR、サザンブロッティング、酵素反応などにそのまま使用可能

NucleoMag、NucleoSpinはマッハライ・ナーゲル社の登録商標です。