ThruPLEX® Tag-Seq HV

低頻度変異解析用UMI付きライブラリー調製キット
  • サンプルを濃縮せずに使用できるシンプルな1チューブワークフロー
  • インプット量によらず、再現性が高く、均一なカバレッジ
  • 1～200 ng（インプット量：30 μl）のFFPE由来DNAおよびcfDNAを使用可能
  • GC含量の高い領域もバイアスの少ないパフォーマンス
  • 分子バーコード（UMI）搭載：
    － 高感度で信頼性の高い低頻度変異の検出
    － シーケンス及び増幅エラーの低減
  • DNA断片化酵素を含む”完璧”なPLUS Kitもラインナップ
製品コード メーカー
略称		 製品名 容量 価格（税別） 特記事項 説明書、CoA
データシート
ベクター情報		 参考資料 カート
Takara Code
R400743

CLN

Clontech
 ThruPLEX® Tag-Seq HV
取寄 ライセンス
96回 ￥732,000
 説明書・データシート・ベクター情報 個
RB4743
R400734

CLN

Clontech
 ThruPLEX® Tag-Seq FLEX
取寄 ライセンス
24回 終売
 終売日：2025/08
代替品：R400735
 説明書・データシート・ベクター情報 個
RB4734
R400735

CLN

Clontech
 ThruPLEX® Tag-Seq FLEX
取寄 ライセンス
96回 ￥587,000
 説明書・データシート・ベクター情報 個
RB4735
R400738

CLN

Clontech
 ThruPLEX® HV UDI SetA
96回 ￥199,000
 説明書・データシート・ベクター情報 個
RB4738
R400785

CLN

Clontech
 ThruPLEX® Tag-Seq HV PLUS Kit
取寄 ライセンス
96回 ￥1,118,000
 説明書・データシート・ベクター情報 個
RB4785
カートにいれる

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※ ThruPLEX HVシリーズのプロトコールとQC手順を更新し、インプット量が変更になりました。これに伴い、製品のコンポーネント名を変更いたしましたが、試薬の組成および製品コードに変更はありません。

＜変更点＞
  1. より微量なDNAインプット量に対応
    5～200 ng　→　1～200 ng

  2. ライブラリー調製試薬（製品コード R400734/R400735）の製品名の変更とNuclease-Free Waterの増量
    名称：ThruPLEX Tag-Seq HV Core Components　→　ThruPLEX Tag-Seq FLEX
    Nuclease-Free Water：1,000 µl　→　1,100 µl

  3. R400785に含まれる断片化酵素の名称変更と、10X PDF1、Nuclease-Free Waterの増量
    名称：ThruPLEX HV PLUS Enzymatic Fragmentation Module 　→　ThruPLEX FLEX Enzymatic Fragmentation Module
    10X PDF1：80 µl　→　96 µl（24回）、320 µl　→　384 µl（96回）
    Nuclease-Free Water：750 µl　→　1,000 µl

製品説明

ThruPLEX Tag-Seq HVケミストリーは、最大30 μlのインプット量から、高い多様性と均一なGCカバレッジを備えたDNAライブラリーを作製するために最適化されています。
ライブラリー調製には、1～200 ngの断片化された二本鎖DNAを用いることが可能です。3ステップのワークフローは約2時間で、同一チューブまたは同一ウェルで行われ、操作途中の精製ステップやサンプルの移し替えは不要のため、取り扱いミスや貴重なサンプルの損失を防ぐことができます。ライブラリーの多様性が高いため、ThruPLEX Tag-Seq HVライブラリーは、ターゲット濃縮キットと組み合わせることができ、高品質のシーケンス結果を提供できます。
ThruPLEX Tag-Seq HVは個別の分子バーコード（UMI）を付加することにより、増幅およびシーケンスエラーの修正が可能であり、低頻度の変異を検出する際に有用です。本システムに含まれるUMIは均一な使用頻度になるように選択され、シーケンス結果において最も良い結果を提供できます。
ThruPLEX Tag-Seq HVのUMIは、一般公開されているツールを用いて解析できるよう設計されています。
Linuxなどのコマンド環境での解析方法のご紹介はこちら（Takara Bio USA社サイト）

ThruPLEX Tag-Seq HVとThruPLEX HV UDI（ユニークデュアルインデックス）を使用することにより、最大96個のライブラリーを混合できるように設計されています。精製および定量化されたライブラリーは、イルミナ社NGSに対応しています。本キットはターゲット濃縮キットと組み合わせることにより、カバレッジの高いシーケンス結果を提供できます。血漿由来のセルフリーDNAやFFPEサンプルからの損傷DNAなどの断片化されたDNAでの使用に最適です。

ThruPLEX Tag-Seq HV PLUS Kitは、ThruPLEX Tag-Seq HVにThruPLEX FLEX Enzymatic Fragmentation Moduleが含まれた製品です。
ThruPLEX Tag-Seq HVのエンドリペアのステップと並行して、ThruPLEX FLEX Enzymatic Fragmentation Moduleに含まれる酵素により、サンプルDNAのサイズ調製可能な断片化を行うことが可能です。この製品により、機械的断片化や別の酵素による断片化を行っていた時間を省略することができます。

注意）ThruPLEX HV UDIは、ThruPLEX DNA-Seq、ThruPLEX Tag-Seq、ThruPLEX Plasma-Seq Kitなど、従来のバージョンのThruPLEX Kitとは互換性がありません。ThruPLEX「HV」キットとのみ互換性があります。
すべてのインデックスは、ベースコール用の2または4チャンネルケミストリーを使用するイルミナシーケンサーシステム（例：MiSeq、NovaSeq、MiniSeq、NextSeq、およびHiSeqプラットフォーム）で機能することが検証されています。1チャンネルケミストリーを使用するシステム（例：iSeq）では検証されていません。
ThruPLEX Tag-Seq HV の1チューブライブラリー作製のワークフロー
図1．ThruPLEX Tag-Seq HV の1チューブライブラリー作製のワークフロー

ThruPLEX Tag-Seq HVのワークフローは、同一チューブ（または同一ウェル）で行われる3つの簡単なステップで構成されており、操作途中での精製ステップやサンプルの移し替えの必要がない。本キットは、高いインプット容量（30 μl）、最大200 ngまでのサンプルの使用が可能なため、サンプルの濃縮が不要で、多様性の高いライブラリーの作製が可能である。

144個の個別UMIが含まれるThruPLEX Tag-Seq HV
図2．144個の個別UMIが含まれるThruPLEX Tag-Seq HV

PCRとシーケンスエラーに起因する偽陽性のコールを減らすことができ、バリアントコールのあいまいさを排除することができる。

ThruPLEX Tag-Seq HV UMI設計ストラテジー
図3．ThruPLEX Tag-Seq HV UMI設計ストラテジー

Panel A．イルミナプラットフォームで高品質なシーケンスが確保できるUMIを選択
Panel B．50 ng（紫色）と5 ng（緑色）のDNAインプット量で、UMI使用頻度が均一に得られるように濃度を最適化


表1．UMIアルゴリズムを使用して同定されたバリアント
横にスクロールできます
GeneAmino
acid
change		Expected allele
frequency 0％		Expected allele
frequency 1％		Expected allele
frequency 5％
EGFRG719S0.0％0.0％1.4％1.5％6.2％5.9％
EGFRL858R0.0％0.0％1.0％1.6％5.5％6.1％
EGFRL861Q0.0％0.0％0.7％1.6％2.2％2.2％
KRASG12D0.0％0.0％1.3％0.5％4.1％3.7％
NRASQ61K0.0％0.0％2.9％1.9％6.3％4.8％
PIK3CAE545K0.0％0.0％0.4％1.0％4.2％6.3％
10 ngのQuan-Plex Patient-like ctDNA Reference Standard（AccuRef Diagnostics社、Cat. No. ARF-1003CT）と本キットを使用してライブラリーを作製後、xGen Pan Cancer Panel（IDT社）を使用してターゲット遺伝子を濃縮した。NextSeq500でシーケンス後、total 3,000万リードになるようにダウンサンプリングし、Bowtie2を使用してhg19にアライメントした。UMIの解析はfgbio toolを使用し、バリアントはVarDictを使用してコールされ、SnpEffによりアノテーションされた。各アレル頻度（0、1、5％）のサンプルのオンターゲット率は各々79％（データ示さず）であり、UMIによるターゲットのカバレッジは506-583（データ示さず）の範囲であった。アレル頻度1％、5％のサンプルでは予想された頻度の変異が検出され、0％のサンプルでは変異は検出されず、Quan-Plex Patient-like ctDNA Reference Standardで検証済み置換バリアントのみが検出された。

内容

ThruPLEX Tag-Seq HV（製品コード R400743）
  • ThruPLEX Tag-Seq FLEX（製品コード R400735）
    Control Fragmented Human gDNA (5 ng/μl)
    PBT1
    PET1
    SBT1
    SET1
    ABT1
    AET1
    Nuclease-Free Water
  • ThruPLEX HV UDI Set A（製品コード R400738）

ThruPLEX DNA-Tag HV PLUS Kit（製品コード R400785）
  • ThruPLEX Tag-Seq FLEX（製品コード R400735）
  • ThruPLEX HV UDI Set A（製品コード R400738）
  • ThruPLEX FLEX Enzymatic Fragmentation Module Set A
    PEF1
    PBF1
    10×PDF1
    Control Human gDNA (5 ng/μl)
    Nuclease-Free Water

保存

－20℃

本製品以外に必要な試薬、機器（主なもの）

  • サーマルサイクラー
  • 微量高速遠心機
  • PCRチューブまたは 96-well PCRプレートとシール
  • 1.5 ml低吸着遠心チューブ
  • ピペットチップ
  • 80％ (v/v) エタノール
  • PBS
  • NucleoMag NGS Clean-up and Size Select（製品コード 744970.5／.50／.500）またはAgencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter社, Cat. No. A63880)
  • 0.2 mlチューブ用マグネットスタンド

Technical Notes

Improvements to the ThruPLEX® HV kits
ThruPLEX® HV PLUS kitsと他社同タイプキットとの比較
Highly accurate detection of low-frequency variants using molecular tags
ThruPLEX® Tag-Seq HVのUMIから得たデータ解析方法（英語）
ThruPLEX® HV：FFPEサンプルから再現性の高いデータ、cfDNAから低頻度変異の確実な検出を可能に（英語）
ThruPLEX® HV：FFPEサンプルおよびcfDNAを簡便かつ正確に実施可能なソリューション（英語）
Rheonix NGS OnePrep™ SolutionによるThruPLEX® Tag-Seq HVライブラリー作製の自動化（英語）
マイナーアレル頻度（MAF）検出のためのシーケンスデプス（英語）

関連製品・受託

ThruPLEX® DNA-Seq HV

注意事項
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