SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian

UMI付き、微量FFPEサンプルからもRNA-Seqが可能
  • ヒト、マウス、ラットの微量(250 pg~10 ng)のtotal RNAからRNA-Seq解析が可能
  • FFPEやLCM由来の分解を受けたRNAやcell-free RNAを含むすべての品質のRNAから信頼性の高い結果を取得
  • UMI(分子バーコード)の採用によりPCR増幅バイアスの影響とシーケンスエラーが軽減され、より正確なNGS解析が可能
  • 約7.5時間でイルミナ社の全プラットフォームに使用可能なライブラリーを作製
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製品コード メーカー
略称
製品名 容量 価格(税別)
キャンペーン価格
特記事項 説明書、CoA
データシート
ベクター情報
参考資料 カート
Takara Code
634485

CLN

Clontech
SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian
NEW NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付 ライセンス
24回 ¥460,000
¥368,000
2020/11/16~
2021/03/31

説明書・データシート・ベクター情報
Z4485N
634486

CLN

Clontech
SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian
NEW NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付 ライセンス
48回 ¥780,000
¥624,000
2020/11/16~
2021/03/31

説明書・データシート・ベクター情報
Z4486N
634487

CLN

Clontech
SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian
NEW NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付 ライセンス
96回 ¥1,050,000
¥840,000
2020/11/16~
2021/03/31

説明書・データシート・ベクター情報
Z4487N
634488

CLN

Clontech
SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian
NEW NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付 ライセンス
192回 ¥1,880,000
¥1,504,000
2020/11/16~
2021/03/31

説明書・データシート・ベクター情報
Z4488N
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製品説明

SMARTer Stranded Total RNA - Seq Kit v3 - Pico Input Mammalianは、250 pg~10 ngのヒト、マウス、ラットtotal RNA、または10~1,000細胞からイルミナ社シーケンサー用ライブラリーを効率よく作製するキットである。高品質のRNAはもちろん、FFPEやLCMサンプルから調製された分解の進んだ低品質RNAも使用することができる(* 低品質RNAの場合は500 pg~10 ng)。
逆転写およびPCR増幅ステップでインデックスとアダプターを組み込むシームレスなワークフローにより、Strand情報を保持したライブラリーが作製できる。total RNA中に含まれるリボソームRNA(rRNA)(および一部ミトコンドリアRNA)は、rRNA特異的プローブを使用した独自技術によって、効率的に除去される。
v3では、個別の分子バーコード(Unique Molecular Identifier : UMI)を付加することにより、PCR増幅バイアスによる影響とシーケンスエラーが軽減され、より正確で信頼性の高いNGS解析が可能である。ライブラリー調製、精製を含む全ての操作が7.5時間で終了し、イルミナ社の全てのプラットフォームでのシーケンスのパフォーマンスが向上している。
本キットには、SMARTer RNA Unique Dual Index Kit - 24U(製品コード 634451)が含まれている。更に、別売のSMARTer RNA Unique Dual Index Kit-96U Set A(製品コード 634452)、Set B(製品コード 634457)と組み合わせて使用することもでき、最大192の異なるインデックスの組み合わせでライブラリー構築が可能である。
なお、10~100 ngのtotal RNAにはSMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - Low Input Mammalian、100 ng~1 μgのtotal RNAにはSMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalianの使用を推奨する。
実験フローチャート
図1. 実験フローチャート


図2. SMARTer Stranded Total RNA - Seq Kit v3 - Pico Input Mammalianを用いて作製された最終ライブラリーの構造
SMARTer RNA Unique Dual Index Kit - 24Uにより付加されたアダプターには、イルミナ社シーケンサーのフローセルへの結合部位(P7、P5)およびイルミナ社 TruSeq HT Index(Index 1 [i5]、Index 2 [i7])の配列を含んでおり、シーケンスプライマーRead 2およびRead 1を認識する領域も含んでいる。Read 1では元のRNAのアンチセンス側の配列が得られ、Read 2では元のRNAのセンス側の配列が得られる(元のRNAの方向は 5’→3’になる)。
Read 2を用いた場合の最初の8塩基はUMIで、その下流にPico v3 SMART UMI Adapter由来の3塩基(XXX)が続く。

内容

SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian Components
Package 1
・SMART UMI-TSO Mix v3
・R-Probes v3
・Control Total RNA (1 μg/μl)
Package 2
・ZapR v3
・SMART Pico Oligos Mix v3
・5X First-Strand Buffer
・SMARTScribe II Reverse Transcriptase
・ZapR Buffer (10X)
・RNase Inhibitor (40 U/μl)
・SeqAmp DNA Polymerase
・SeqAmp CB PCR Buffer (2X)
・PCR2 Primers v3
・Nuclease-Free Water
・Tris Buffer (5 mM)
・10X Lysis Buffer
SMARTer RNA Unique Dual Index Kit - 24U(製品コード 634451)
・U25~U48 - SMARTer RNA Unique Dual Index (各12.5 μM)

保存

SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian Components
 Package 1:-70℃
 Package 2:-20℃

SMARTer RNA Unique Dual Index Kit - 24U(製品コード 634451):-20℃

本製品以外に必要な試薬、機器(主なもの)

下記の製品は本キット中に含まれません。下記の製品はユーザーマニュアルに記載のProtocolで使用できることが確認されています。他製品では代替はできないため、ご注意ください。
・UDI Primer(25以上のサンプルをプールする場合に使用)
 SMARTer RNA Unique Dual Index Kit - 96U Set A(製品コード 634452)
 SMARTer RNA Unique Dual Index Kit - 96U Set B(製品コード 634457)
・シングルチャンネルピペット:10 μl、20 μlおよび200 μl
・8連チャンネルピペット: 20 μl、200 μl
・Pre-PCR amplification用のPCRサーマルサイクラー
・PCR amplification用のPCRサーマルサイクラー
(Final RNA-seq Library Amplificationのステップを100 μlの反応液でPCRを行うため、100 μlの反応液量に対応したPCRサーマルサイクラーを使用する。50 μlの反応液量に対応したサーマルサイクラーの場合は、2本のチューブにわけてPCRを行う。)
・フィルターピペットチップ:10 μl、20 μlおよび200 μl
・0.2 ml tube minicentrifuge
・96-well PCR chiller rack: IsoFreeze PCR Rack(MIDSCI社 Code 5640-T4) or 96 Well Aluminum Block(Light Labs社 Code A-7079)

PCR増幅およびバリデーション
・Agilent High Sensitivity DNA Kit(Agilent社 Code 5067-4626)
・Qubit dsDNA HS kit(Thermo Fisher Scientific社 Code Q32851)
・Nuclease-free thin-wall PCR tube 0.2 ml(USA Scientific社 Code 1402-4700)
・Nuclease-free nonsticky 1.5 ml tubes(USA Scientific社 Code 1415-2600)

Bead精製
・NucleoMag NGS Clean-up and Size Select(製品コード 744970.5/.50/.500)
・0.2 ml チューブ用Magnetic Separation Device(Magnetic Separator - PCR Strip:製品コード 635011)
・80% Ethanol(用時調製)
注意事項
  • 本ページの製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
  • タカラバイオの承認を得ずに製品の再販・譲渡、再販・譲渡のための改変、商用製品の製造に使用することは禁止されています。
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