SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing

Illumina社NGSプラットフォームおよびIon TorrentのためのcDNA調製キット(超微量)
  • イルミナ社次世代シーケンサーやIon TorrentによるNGS解析用のcDNA調製キット
  • LNA技術とSMART-Seq2法により検出遺伝子数が大幅増
  • 1細胞またはtotal RNA 10 pgの超微量サンプルからcDNA調製が可能
  • 操作はシンプルで簡単な1チューブプロトコール
  • cDNA合成に加え、イルミナ社NGS装置用のライブラリー調製キットとIndexを含む“完璧”なPLUS Kitもラインナップ ⇒詳細はこちら

cDNA合成、ライブラリー調製、Indexを含むPLUS Kit
SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing
SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing
製品コード メーカー
略称
製品名 容量 価格(税別)
キャンペーン価格
特記事項 説明書、CoA
データシート
ベクター情報
参考資料 カート
Takara Code
634888

CLN

Clontech
SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付
12回 ¥267,800
¥214,240
2020/05/25~
2020/09/30

説明書・データシート・ベクター情報
Z4888N
634889

CLN

Clontech
SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付
24回 ¥494,400
¥395,520
2020/05/25~
2020/09/30

説明書・データシート・ベクター情報
Z4889N
634890

CLN

Clontech
SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付
48回 ¥803,400
¥642,720
2020/05/25~
2020/09/30

説明書・データシート・ベクター情報
Z4890N
634891

CLN

Clontech
SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付
96回 ¥1,236,000
¥988,800
2020/05/25~
2020/09/30

在庫に限りのある製品の為、数量と納期はご相談下さい。
説明書・データシート・ベクター情報
Z4891N
634892

CLN

Clontech
SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付
192回 ¥2,060,000
¥1,648,000
2020/05/25~
2020/09/30

在庫に限りのある製品の為、数量と納期はご相談下さい。
説明書・データシート・ベクター情報
Z4892N
634893

CLN

Clontech
SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付
480回 ¥4,923,400
¥3,938,720
2020/05/25~
2020/09/30

在庫に限りのある製品の為、数量と納期はご相談下さい。
説明書・データシート・ベクター情報
Z4893N
634894

CLN

Clontech
SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付
960回 ¥5,500,000
¥4,400,000
2020/05/25~
2020/09/30

在庫に限りのある製品の為、数量と納期はご相談下さい。
説明書・データシート・ベクター情報
Z4894N
635013

CLN

Clontech
10X Lysis Buffer
NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付
1.85 ml ¥7,000
¥5,600
2020/05/25~
2020/09/30

説明書・データシート・ベクター情報
Z5013N
R400752

CLN

Clontech
SMART-Seq® v4 PLUS Kit
NGS関連 -RNAシーケンス編- ライセンス
48回 ¥888,000
¥710,400
2020/05/25~
2020/09/30

説明書・データシート・ベクター情報
RB4752
R400753

CLN

Clontech
SMART-Seq® v4 PLUS Kit
NGS関連 -RNAシーケンス編- ライセンス
96回 ¥1,386,000
¥1,108,800
2020/05/25~
2020/09/30

説明書・データシート・ベクター情報
RB4753
R400744

CLN

Clontech
Unique Dual Index Kit – 48U
NGS関連 -DNAシーケンス編-
48回 ¥95,000
¥76,000
2020/05/25~
2020/09/30

説明書・データシート・ベクター情報
RB4744
R400745

CLN

Clontech
Unique Dual Index Kit – 96U
NGS関連 -DNAシーケンス編-
96回 ¥127,000
¥101,600
2020/05/25~
2020/09/30

説明書・データシート・ベクター情報
RB4745
※色文字での表示は、キャンペーン価格およびそのキャンペーン期間です。
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製品説明

SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencingは、1細胞、あるいは微量のtotal RNAからRNA-Seqライブラリー作製用のcDNAを最も高感度に調製できる、第四世代のSMARTer Ultra Low Kitである。本製品は、従来のSMART(Switching Mechanism At 5’End of RNA Template)技術にLNA(Locked Nucleic Acid)技術とSMART-Seq2法*1を取り入れて進化させた最新のSMART技術を用いている。最新SMART技術とsingle-cell mRNA-seqに対する多くの経験により、本製品はSMART-Seq2法や従来のSMARTer Ultra Lowキットに比べて、より多くの遺伝子配列の同定が可能となっている。わずか1~1,000個の細胞、あるいは10 pg~10 ngのtotal RNAから直接cDNA合成を行い、高感度に全長cDNAの調製を行うことができる。さらにGC含量が高い配列も含めて高い遺伝子カバー率、高い再現性が得られる。本キットで作製したcDNAは、イルミナ社シーケンサー、Ion Torrentシーケンサーのいずれにも適用可能である。ライブラリー作製には、SMART-Seq v4 PLUS Kitに含まれるSMART-Seq Library Prep Kit、イルミナ社のNextera XT DNA Library Prep kit、あるいはIon Xpress Plus Fragment Library Kit(Thermo Fisher Scientific社)が利用できる。

SMART-Seq v4 PLUS Kitは、10 pg~10ng total RNAまたは1~1,000細胞からRNA-Seqに適した高品質のイルミナ社シーケンサー用のライブラリーを調製するために設計された完全なキットである。 SMART-Seq v4 PLUS Kitには、SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencingと、完全長cDNAの断片化を行うためのSMART-Seq Library Prep Kitおよびインデックスを付加するためのUnique Dual Index Kitが含まれている。Unique Dual Indexを使用することにより最大96サンプルのマルチプレックス解析が可能になる。

また、NGS用ライブラリー自動作製装置Apollo Library Prep System(製品コード 640078)と専用キットSMART-Seq v4 Reagent Kit for the Apollo System(製品コード 640170)を使用すれば、作業時間を削減でき、1日で最大96サンプルの精製cDNAを調製することができる。

*1 SMART-Seq2法はラドウィックがん研究所で開発された技術で、SMART法にLNA(Locked Nucleic Acid)を導入して特異性を向上させることにより、高感度な遺伝子発現解析を行う方法である。
Picelli et al. (2013) Nature Methods 10,1096–1098.


表1 SMART-Seq v4 Kitの感度とマッピング精度(mappability) 横にスクロールできます
Input RNA量 10 pg マウス脳 total RNA
使用キット SMARTer v3 SMART-Seq v4
Number of reads (millions) 4.0(paired)
Number of transcripts(FPKM >0.1) 11,647 10,885 14,731 14,813
Percentage of reads  
Mapped to rRNA 0.8% 0.4% 6.5% 6.1%
Mapped to mithochondria 6.0% 5.4% 3.4% 3.4%
Mapped to genome 96% 97% 96% 95%
Mapped to exons 73% 73% 76% 76%
Mapped to introns 21% 21% 19% 20%
Mapped to intergeneric regions 6.0% 6.2% 4.7% 4.7%
SMART-Seq v4 Kit、またはSMARTer Ultra Low v3 Kitを用いて各10 pgのマウス脳total RNAよりライブラリーを作製した。cDNA増幅のためのPCRは、SMART-Seq v4 Kitでは17サイクル、SMARTer Ultra Low v3 Kitでは18サイクルで実施した。Nextera XT DNA Library Prep Kitを用いてRNA-Seqライブラリーを作製し、Illumina社 MiSeqでシーケンスを行った。
SMARTer v3に比べてSMART-Seq v4の方が、約30%多く遺伝子を検出できた。
低input量における再現性
図1.低input量における再現性
SMART-Seq v4 KitまたはSMARTer Ultra Low v3 Kitを用いて各10 pgのマウス脳total RNAより2連のライブラリーを作製し、各ライブラリーのFPKMs(Fragments Per Kilobase Of Exon Per Million Fragments Mapped)の相関性を比較した。
全プロットの比較(右図)では、どちらも高い相関性(Pearson R between 0.911、0.972)を示した。しかしながら、FPKM<100(左図)を比較すると、SMARTer Ultra Low v3(Pearson R = 0.376;図A)に比べてSMART-Seq v4 Kit(Pearson R=0.739;図B)は明らかに高い値を示した。

SMART-Seq v4 PLUS KitとNextera XTとの比較
図2.SMART-Seq v4 PLUS KitとNextera XTとの比較
Panel A.SMART-Seq v4 Kitを使用して10 pgのマウス脳total RNAから3連でcDNAを作成した。次に、SMART-Seq v4 PLUS Kitに含まれるSMART-Seq Library Prep KitまたはNextera XT Kitを使用して、Illumina社シーケンサー用のライブラリーを調製した。ライブラリーを4M paired-endリードにノーマライズし、NextSeq500でシーケンスを行った。
Panel B.SMART-Seq v4 PLUS KitはNextera XTより高収量のライブラリーが得られた。
Panel C.SMART-Seq v4 PLUS Kitは、Nextera XTと比較してより多くの遺伝子が同定できた。
Panel D.マップされたリードの割合は、2つのライブラリー調製キット間で類似していた。
Panel E.SMART-Seq v4 PLUS KitまたはNextera XTキットで調製された3連のcDNA(A―C)から得られたTPM値からピアソンとスピアマンの相関値を計算した。

内容

SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing(製品コード 634888~634894)

Package 1
  Control Total RNA
Package 2
  SMART-Seq v4 Oligonucleotide (48 μM)
  PCR Primer II A (12 μM)
  5X Ultra Low First-Strand Buffer
  SMARTScribe Reverse Transcriptase (100 U/μl)
  3’SMART-Seq CDS Primer II A (12 μM)
  RNase Inhibitor (40 U/μl)
  Nuclease-Free Water
  10X Lysis Buffer
  Afa I (10 U/μl)
  10X AfaI Buffer(製品コード 635013)
  Elution Buffer (10 mM Tris-Cl, pH 8.5)
  0.1% BSA
SeqAmp DNA Polymerase(製品コード 638504、638509)
  SeqAmp DNA Polymerase
  SeqAmp PCR Buffer(2X)

SMART-Seq v4 PLUS Kit (製品コード R400752/R400753)

  • SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing(製品コード 634890/634891)
  • SMART-Seq Library Prep Kit
    FE Dilution Buffer
    Lib Prep Buffer
    Lib Prep Enzyme
    Exn Enhancer
    Adapters
    Amplification Buffer
    PrimeSTAR HS DNA Polymerase (5 U/μl)
    Nuclease-Free Water
  • Unique Dual Index Kit
    48回用(製品コード R400750)
    Unique Dual Index Kit - 48U (製品コード400744)
    96回用(製品コード R400751)
    Unique Dual Index Kit - 96U (製品コード400745)

保存

SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing (製品コード 634888~634894)
Control Total RNA:-70℃
その他のコンポーネント:-20℃
(10X Lysis Buffer: 融解後は4℃保存、Elution Buffer:融解後は室温保存)

SMART-Seq Library Prep Kit, Unique Dual Index Kit:-20℃

本製品以外に必要な試薬、機器(主なもの)

下記の製品は本キット中に含まれません。下記の製品はユーザーマニュアルに記載のProtocolで使用できることが確認されています。他製品では代替はできないため、ご注意ください。

PCR増幅およびバリデーション:
・First-Strand cDNA 合成専用のPCRサーマルサイクラー
・Double-Strand cDNA 増幅専用のPCRサーマルサイクラー
・High Sensitivity DNA Kit(Agilent社 Code 5067-4626)
・Nuclease-free thin-wall PCR tube(0.2 ml;USA Scientific社 Code 1402-4700)
・Nuclease-free low adhesion 1.5 ml tube(USA Scientific社 Code 1415-2600)またはLoBind tube(Eppendorf社 Code.022431021)

SPRI Bead精製:
・Agencourt AMPure PCR Purification Kit(5 ml Beckman Coulter社 Code A63880 ; 60 ml Beckman Coulter社 Code A63881)-増幅cDNAの精製に使用する
・Small volume用Magnetic stand
・100% Ethanol

シーケンスライブラリー作製:
使用シーケンスシステムにより必要なものを選択する。
・SMART-Seq v4 PLUS Kit(製品コード R400752/R400753)
・Ion Xpress Plus Fragment Library Kit(Thermo Fisher Scientific社 Code 4471269)
・Nextera XT DNA Library Prep Kit(Illumina社 Code FC-131-1024, FC-131-1096)

その他
・シングルチャンネルピペット: 10 μl、20 μlおよび200 μl
・8連チャンネルピペット: 20 μl、200 μl
・フィルターピペットチップ: 2 μl、20 μlおよび200 μl
・1.5 ml tube用minicentrifuge
・0.2 ml tubeまたはstrip用minicentrifuge
注意事項
  • 弊社の取扱い製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
  • タカラバイオの承認を得ずに製品の再販・譲渡、再販・譲渡のための改変、商用製品の製造に使用することは禁止されています。
  • タカラバイオ製品に関連するライセンス・パテントについては、ライセンスマークをクリックして内容をご確認ください。
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