SMART-Seq® Total RNA High Input (RiboGone™ Mammalian)

total RNA 100 ng~1 μgからイルミナ社NGS用ライブラリーを迅速に調製
  • 99%以上の精度でトランスクリプトをカバーするライブラリーの調製が可能
  • 5時間で方向性情報を保持したRNA-Seqライブラリーを調製
  • ヒト、マウス、ラットの100 ng~1 μgのtotal RNAに対応
  • RIN値3~10のtotal RNAから高品質で再現性の高いデータを取得可能
  • Unique Dual Index Kit(別売り)と組み合わせることにより、最大384サンプルのマルチプレックス解析に対応可能
注: SMART-Seq Total RNA High Input (RiboGone Mammalian)は、SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian(製品コード 634873~634878)のリニューアル製品です。基本性能、プロトコールに変更はありませんが、インデックスが別売りとなっていますので、必ず別途ご購入ください。(Unique Dual Index Kit参照) 新製品と既存製品の対応表はこちら(TB USA社のサイト)
製品コード メーカー
略称
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書、CoA
データシート
ベクター情報
参考資料 カート
Takara Code
635046

CLN

Clontech
SMART-Seq® Total RNA High Input (RiboGone™ Mammalian)
ライセンス
24回 ¥264,000
30%OFFモニターキャンペーン実施中!
説明書・データシート・ベクター情報
Z5046N
635047

CLN

Clontech
SMART-Seq® Total RNA High Input (RiboGone™ Mammalian)
ライセンス
96回 ¥880,000
説明書・データシート・ベクター情報
Z5047N
635045

CLN

Clontech
SMART-Seq® Total RNA High Input (RiboGone™ Mammalian)
ライセンス
96回×4 ¥3,190,000
説明書・データシート・ベクター情報
Z5045N
634756

CLN

Clontech
Unique Dual Index Kit (1-24)
24回 ¥38,000
説明書・データシート・ベクター情報
Z4756N
634752

CLN

Clontech
Unique Dual Index Kit (1-96)
96回 ¥96,000
説明書・データシート・ベクター情報
Z4752N
634753

CLN

Clontech
Unique Dual Index Kit (97-192)
96回 ¥96,000
説明書・データシート・ベクター情報
Z4753N
634754

CLN

Clontech
Unique Dual Index Kit (193-288)
96回 ¥96,000
説明書・データシート・ベクター情報
Z4754N
634755

CLN

Clontech
Unique Dual Index Kit (289-384)
96回 ¥96,000
説明書・データシート・ベクター情報
Z4755N
本キットにはIndexが含まれていません。Unique Dual Index Kit(製品コード 634752/634753/634754/634755/634756)を別途ご購入ください。
シーケンスを行う際には、サンプルにControl DNA(PhiX)を加えて解析することをおすすめします。
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製品説明

SMART-Seq Total RNA High Input (RiboGone Mammalian) は、100 ng~1 μgのヒト、マウス、ラットのtotal RNAからインデックスを付加したイルミナ社次世代シーケンサー対応のライブラリーを調製するキットです。
RiboGone技術とSMART技術を組み合わせた一連の操作により、約5時間でリボソームRNA(rRNA)除去とstrand-specific RNA-Seqライブラリーの調製を行うことができます。
RiboGone技術により、ライブラリー調製前にtotal RNAの90%近くを占めているrRNAを効果的に除去することで、シーケンスコストを下げ、マッピングの精度(mapping statistics)を上げることができます。連続したSMART技術によって、方向性情報を維持しながら、逆転写反応、PCR増幅と同時にインデックス配列を付加することができ、コーディングRNAとノンコーディングRNAの両方の分析が可能なライブラリーを調製できます。
別売りのUnique Dual Index Kit(製品コード 634752~634756)と組み合わせることにより、最大384サンプルのマルチプレックス解析に対応可能です。

以下のデータはSMART-Seq Total RNA High Input (RiboGone Mammalian)と同じ原理・性能のSMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian(製品コード 634873~634878)で得たものを示しています。
SMART-Seq Total RNA High Input (RiboGone Mammalian)を用いたライブラリー調製の概要
図1. SMART-Seq Total RNA High Input (RiboGone Mammalian)を用いたライブラリー調製の概要
A:RiboGone技術によりtotal RNAからrRNAを除去
B:SMART技術により両末端に付加配列を持つ1st-strand cDNAを合成
C:PCRにより5'-、3'-両末端にIlluminaインデックス配列を持つRNA-Seqライブラリーを調製


表1.RIN値が異なるRNAから調製したライブラリーの評価
RIN値が異なるRNAから調製したライブラリーの評価
化学的にRIN 3またはRIN 7まで剪断したマウス肝臓RNAから本キットを用いてライブラリーを調製し、マッピングを行った。RNAの品質にかかわらず、高品質なライブラリー調製が可能であることが示された。


テクニカルレプリケート間の再現性
図2.テクニカルレプリケート間の再現性
100 ngのHuman Universal Reference RNA(HURR;Agilent)2サンプルよりRNA-Seqライブラリーを調製し、各ライブラリーのFPKMs(Fragments Per Kilobase Of Exon Per Million Fragments Mapped)の相関性を調べた。
両者間で高い相関を示し、テクニカルレプリケート間での再現性があることがわかった。


RINが異なるRNA間の相関性テスト
図3.RINが異なるRNA間の相関性テスト
化学的にRIN値3または7まで剪断したマウス肝臓RNA各1 μgからライブラリーを調製し、各ライブラリーのFPKMsの相関性を調べた。
RIN値が異なるサンプル間でも高い相関性を示した。


RNA-seqデータとMAQCデータの相関性
図4.RNA-seqデータとMAQCデータの相関性
SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian(製品コード 634873)を用いて各400 ngのHuman Universal Reference RNA(HURR)、およびHuman Brain Reference RNA(HBRR)からライブラリーを調製し、同じreference RNAを使用したMAQC(MicroArray Quality Control)qPCRデータとの相関性を調べた。
両者間で高い相関性を示した。


RNA-seqデータのダイナミックレンジと直線性
図5.RNA-Seqデータのダイナミックレンジと直線性
Human Brain Reference RNA(HBRR)にERCC Spike-In RNA MIX2を添加してライブラリーを調製した。
ERCC濃度と発現解析結果(FPKM)は高い相関性を示した。

内容

SMART-Seq Total RNA High Input (RiboGone Mammalian)(製品コード 635046/635047/635045)
Box 1
  • Control Mouse Liver Total RNA (1 μg/μl)
  • SMARTer Stranded Oligonucleotide (12 μM)

Box2
  • Total RNA First-Strand Buffer (10X)
  • Total RNA Hyb Buffer (10X)
  • RNase H
  • RNase H Buffer (10X)
  • RNase Inhibitor (40 U/μl)
  • DNase I (5 U/μl)
  • Stranded Elution Buffer
  • PrimeScript Reverse Transcriptase (200 U/μl)
  • Nuclease-Free Water
  • SeqAmp DNA Polymerase
  • SeqAmp PCR Buffer (2X)

保存

Box1:-70℃
Box2:-20℃
(Stranded Elution Buffer:融解後は室温保存)

本製品以外に必要な試薬、機器(主なもの)

下記の製品はユーザーマニュアルに記載のProtocolで使用できることが確認されています。他製品では代替できないため、ご注意ください。

Index Kit
  • Unique Dual Index Kit (1-24)(製品コード 634756)
    UDI No, U001-U024
  • Unique Dual Index Kit (1-96)(製品コード 634752)
    UDI No, U001-U096
  • Unique Dual Index Kit (97-192)(製品コード 634753)
    UDI No, U097-U192
  • Unique Dual Index Kit (193-288)(製品コード 634754)
    UDI No, U193-U288
  • Unique Dual Index Kit (289-384)(製品コード 634755)
    UDI No, U289-U384

サンプル調製
  • 8-tube strips(Thermo Fisher Scientific社 Cat. No. AB0264)あるいはPCRラックや96-well plateに固定されたnuclease-free, PCR-grade tube strips
  • Aluminum single tab foil seal(USA Scientific社, Cat. No. 2938-4100)、または cap strips(Thermo Fisher Scientific社, Cat. No. AB0784/AB0850)

PCR増幅およびバリデーション
  • High Sensitivity DNA Kit(Agilent Technologies社, Cat. No. 5067-4626)
  • Qubit dsDNA HS Assay Kit(Thermo Fisher Scientific社, Cat. No. Q32854)
  • Nuclease-free, PCR-grade, thin-wall PCR strips(0.2 ml PCR 8-tube strip; Thermo Fisher Scientific社, Cat. No. AB0264)、あるいは類似のnuclease-free, PCR-grade, thin-wall PCR tubes, stripsか96-well plates
  • Nuclease-free, low-adhesion 1.5 ml tubes(USA Scientific社, Cat. No. 1415-2600)または、DNA LoBind tubes(Eppendorf社, Cat. No. 022431021)

その他
  • シングルチャンネルピペット:10 μl、20 μlおよび200 μl
  • 8連、あるいは12連チャンネルピペット:20 μl、200 μl
  • フィルターピペットチップ:10 μl、20 μl、および200 μl
  • 1.5 mlチューブ用微量遠心機
  • 0.2 mlチューブまたはstrip用微量遠心機
  • PCRサーマルサイクラー 2台(pre-amplificationステップ用、PCR増幅用)
  • NucleoMag NGS Clean-up and Size Select(5 ml size:製品コード 744970.5;50 ml size:製品コード 744970.50;500 ml size:製品コード 744970.500)
    NucleoMagの代わりにAMPure XP PCR purification kit(Beckman Coulter社 5 ml size:Cat. No. A63880;60 ml size:Cat. No. A63881)も使用可能
  • 80%エタノール(用事調製)
  • Magnetic Separation Device
    • 12~24サンプルの場合:SMARTer-Seq Magnetic Separator - PCR Strip(製品コード 635011)、0.2 mlチューブ用遠心機
    • 24~96サンプルの場合:Magnetic Stand 96(Thermo Fisher Scientific社 Cat. No. AM10027)、96-well plate用低速遠心機
注意事項
  • 本ページの製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
  • タカラバイオの承認を得ずに製品の再販・譲渡、再販・譲渡のための改変、商用製品の製造に使用することは禁止されています。
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