この画面を閉じる

Q&A

Q&ATopへ

プレート単位塩基配列解析のQ&A

全表示/全非表示

<サンプルに関する疑問>

Q1 サンプルの濃度が薄いのですが、解析できますか?
A1  提供サンプルがPCR産物の場合にはサンプル濃度が解析結果に大きく影響し、サンプルの濃度不足により解析不良となる場合があります。本解析サービスではプレート単位で解析作業を行い、プレート内の平均的な濃度やサイズに合わせて解析作業を行います。よって、プレート内でのサンプル濃度のばらつきが解析結果に大きく影響する場合があります。
Q2 提供サンプル(送付サンプル)は解析終了後にどうなりますか?
A2  提供サンプル(送付サンプル)は解析終了から約3ヵ月保管した後、廃棄させていただきます。サンプルの返却を希望される場合は、解析依頼書の「9.オプション」にご記入いただくことで、納品時に返送が可能です。
Q3 1プレートをF/Rプライマーで解析したい場合にはサンプルプレートを2枚用意する必要がありますか?
A3  サンプルプレートは1枚で結構です。プレート単位の分注は弊社で行います。ウェルごとや列ごとの分注や入れ替えはできません。
Q4 ライゲーションミックス2本から48個ずつピックアップして1枚分の解析をしてほしいのですが可能ですか?
A4  ライゲーションミックス1ライブラリーから1プレートの解析を基本とします。48個ずつのピックアップはできません。

<プライマーに関する疑問>

Q5 プレート内で数種類のプライマーを使用して解析することはできますか?
A5  可能です。鋳型サンプルの並びに対応したプライマー分注済96ウェルプレート(プライマープレート)をご用意ください。プライマープレートは濃度:5 pmol/μl、量:10 μl以上でご用意ください。 この場合は解析料金内で解析いたします。なお、ご提供プライマープレートによる解析の場合、弊社納品基準を満たさない場合もありますのであらかじめご了承ください。
プライマーならびにサンプル鋳型の並べ替えは弊社では対応できません。ご了承ください。
1プレート内で数種類のプライマーを使用して解析する場合にはサンプル名とプライマーの対応表が必要となります。「サンプル名称リスト」雛形ファイルを弊社にてご用意しております。 ご注文方法をご参照いただくか、ご依頼時に依頼書にてお申し付けください。サンプル受領連絡とともに雛形をメールで送付いたします。
Q6 ユニバーサルプライマーを教えてください。また、カスタムプライマーの設計・合成は依頼できますか?
A6  ユニバーサルプライマー一覧をご確認ください。本受託解析では、ユニバーサルプライマーを一般的なベクターマップ上にシーケンスプライマーとして標記しているものとしています。 このようなシーケンスプライマーでユニバーサルプライマー一覧に無いものにつきましてはベクターマップとプライマー配列をご提示ください。弊社でご用意いたします。
ユニバーサルプライマー以外のプライマーはカスタムプライマーと呼んでいます。カスタムプライマーのプライマー設計・合成も承っております。シーケンス解析と合わせてお申し付けください。

表1. プライマー設計・合成価格表
カスタムプライマー合成のみ カスタムプライマー設計・合成
¥3,600/本 ¥6,000/本
プライマー配列をご提供ください。 参照配列などの資料を電子ファイルで提供ください。

※ 30 merを超えるプライマー合成の場合には別途お問合せください。
Q7 一度解析したプレートでプライマーを変更して解析したいのですが?
A7  解析終了後3カ月はサンプルを保管しています。依頼書とプライマーを送付いただければ解析可能です。
Q8 2枚のサンプルプレートを同じプライマープレートで解析したい場合でもサンプルプレートの枚数だけ、プライマープレートを送る必要がありますか?
A8  プライマープレートは1枚で結構です。プレート単位の分注は弊社で行います。ウェルごとや列ごとの入れ替えや分注はできません。

<価格や支払いに関する疑問>

Q9 ライゲーションミックスで送付した場合にはプラスミド精製代金が別途発生しますか?
A9  別途料金は発生いたしません。
Q10 代金の支払方法を教えてください。
A10  解析終了後、依頼書にご記入いただいた販売店(代理店)から請求させていただきます。
Q11 サンプル送付にかかる費用を解析料金に含んで請求してほしいのですが。
A11  依頼書の空白または別紙でご指示の上、着払いで送付してください。解析料金に乗せて実費をご請求いたします。
Q12 アセンブルの価格を教えてください。
A12 F/Rをつなげるような簡単なものでしたら¥30,000/注文です。ご要望内容によってはさらに追加料金がかかります。アセンブル結果はテキストデータやFASTAデータでお返しいたします。

<輸送に関する疑問>

Q13 「遺伝子組換え生物等の使用等の規則による生物の多様性の確保に関する法律」に基づいたサンプル送付方法を教えてください。
A13  第33条第2号の規定に基づき予め情報を提供していただく必要があります。具体的には4つのことを行ってください。
1. 依頼書「6. サンプル情報」の*を全て埋めてください(クローニングベクター名称、解析対象学名とクラス、解析対象遺伝子)。
2. 遺伝子組換え体の情報提供と送付方法に関してをご確認の上遺伝子組換え体情報提供用紙をご記入ください。
3. サンプル送付前に1.2.の用紙をFAXまたはメールでご提供ください。
4. サンプル送付の際にはダンボールなどの外装に「割れ物・取り扱い注意」の表示をしてください。

サンプルはチャックつきの袋などに入れて送付ください。1.2の本書をサンプルに同梱してください。
環境サンプル等で生物種の特定が難しい場合、学名は空欄で構いません。御施設での本サンプルを用いた組換え体取り扱い作業申請が有りましたら、その申請書のコピーを同封ください。御施設でのバイオセーフティレベルがわかるページのみで結構です。
受入不可や弊社の受入体制が整わない場合には折り返しご連絡いたします。なお、病原性を有する可能性のあるサンプルはお受けできませんのでご注意ください。
Q14 どんなプレートやチューブで送っても良いですか?8連チューブを並べて96ウェルでも良いですか?
A14  96ウェルプレートは市販のものであればメーカー指定などはございません。底が平たい96ウェルプレートでは溶液が壁面に偏り、正確にサンプルを取ることができない恐れがありますので、容量を多く送付いただくかV底やU底のもので送付してください。
8連チューブではなく、96ウェルプレートで送付ください。

<データに関する疑問>

Q15 波形データの閲覧ソフトを教えてください。
A15  波形データを閲覧するには波形閲覧ソフトが必要となります。
インターネットから無償でダウンロードできるものをご案内いたします。
~ Sequencher ~
このソフトは波形閲覧とアセンブルを両方できる機能を備えています。
SequencherのDemo版が無償でインターネットからダウンロード可能です。ただしDemo版ですので印刷や保存ができません。
Sequencher Demo版ダウンロード先
SEQUENCHER V5.3(製品コード 92619260)は弊社でご購入いただけます。

~ Sequence Scanner ソフトウェア ver1.0 ~
このソフトは波形の生データとベースコールデータの閲覧ができます。無償でダウンロード可能です。
Sequence Scanner ソフトウェア ver1.0 ダウンロード先
Q16 ワンパスシーケンスでどのくらい読めますか?もっと長く読みたい場合はどうしたらよいですか?
A16  約600 bp程度解析できます。立ち上がりの30 bp程度は精度が低いですが、600 bpの最後まで精度よく解析できます。
オプションのロングリードシーケンスのお申し込みで800 bp~1,000 bp程度の解析が可能です。この場合には800 bp以上は精度が徐々に低下します。読み取り長はサンプルの状態や種類、配列(GCリッチ、ATリッチ、高次構造、polyなど)によっては短くなったり、精度が保てないこともあります。 納品結果例をご確認ください。

<WEB納品に関する疑問>

Q17 WEB納品ってなんですか?
A17  インターネットを介して解析データをダウンロードしていただく納品方法です。 WEB納品には弊社WEB会員になっていただく必要があります。依頼時にWEB会員ID(ユーザーID)をお知らせいただくと、納品時にダウンロードアドレスが登録のメールアドレスへ送信されます。ダウンロードアドレスから入っていただき、WEB会員ID(ユーザーID)とパスワードで納品物をダウンロードしていただけます。
WEB納品に関してこちらをご覧ください。
Q18 WEB会員IDとユーザーIDは違いますか?
A18  同じです。
Q19 パスワードを忘れてしまいました。
A19  WEB会員新規登録・変更画面の「すでにWEB会員にご登録いただいている方へ」下部の「ID、パスワードをお忘れの方はこちらへ」をクリックし、メールアドレスをご記入ください。ご記入いただいたメールアドレスへ会員IDとパスワードをお知らせいたします。
Q20 複数人にダウンロードアドレスを送ってほしいのですが。
A20  依頼時の依頼書に送付先のメールアドレスを全てご記入ください。ご依頼の度にご記入いただく必要があります。なお、WEB会員登録されているメールアドレスは必ずご記入ください。

<その他の疑問>

Q21 シーケンス解析したことを論文に記載したいのですが、どのように記載したら良いですか?
A21  一例として下記のような表記があります。
The sequencing of the 「サンプルなどの名前」 was performed by TAKARA BIO INC.(Kusatsu, Japan).

また、使用機器・試薬は、下記を使用しています。
・使用シーケンサー
   Applied Biosystems 3730xl DNA Analyzer
・シーケンス反応
   BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit
・シーケンス精製
   BigDye XTerminator 精製キット

Q22 受託サービス「プレミックスシーケンス解析(8連チューブ/96ウェルプレート)」との違いを教えてください。
A22  金額、納期、お客様のサンプル調製手間、納品物などに違いがあります。
サービス項目 価格
(税別)
解析単位 納期 サンプル調製 納品物 オプション 再解析 解析長
プレミックスシーケンス解析
(8連チューブ)
¥8,000 8連チューブ 2営業日
(受領日を1日目)
精製済サンプルと
プライマーを規定量混ぜる
AB1とTXT 約800 bp
プレミックスシーケンス解析
(96ウェルプレート)
¥38,400 96ウェルプレート 3営業日
(受領日を1日目)
精製済サンプルと
プライマーを規定量混ぜる
AB1とTXT 約600 bp
プレート単位塩基配列解析 ¥57,600 96ウェルプレート 約1週間 多様なサンプルから
対応可能
SCF,AB1,FASTA,TRIM_FASTA,
MULTI_FASTA,TXT,TRIM_TXT,
EPQC(PCR産物のみ),
Phdcount.csv,BLAST(希望者)
約800 bp

「塩基配列解析受託サービス比較」をご確認ください。
Q23 依頼書はサンプルの枚数だけ必要ですか?
A23  プレート名称など、並列で記載いただければ依頼書は1枚で結構です。

この画面を閉じる