バクテリアや真核生物の新規ゲノム配列取得

ゲノム配列解析

■お問い合わせ窓口(A)

TEL:077-565-6999


[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 CDMセンター 遺伝子工学研究/検査 受託受付担当 宛て
〒525-0058 滋賀県草津市野路東七丁目4番38号
TEL:077-567-9262
ご注意:伝票の品名に受託名をご記載ください。 お問い合わせフォームは こちら

特長

  • 次世代シーケンサーを利用した迅速なドラフト塩基配列解析
  • 有用遺伝子の探索や比較解析などのバイオインフォマティクスも充実
  • 微生物から高等生物まで豊富な実績
  • Linked-readライブラリー(Chromiumシステム)を用いた解析にも対応

概要

お客様の目的に応じて各種ゲノム解析手法を組み合わせて受託内容を提案します。有用遺伝子の探索、遺伝子クラスターの解明、代謝パスウェイ解析、変異解析など様々な用途にご利用ください。充実したバイオインフォマティクス解析、扱いやすいソフトウェアもご用意しております。
■チラシをご覧ください。
ゲノム配列解析サービス

サービス内容

  • ゲノムドラフト解析
    HiSeq/MiSeqシーケンサーを用いてペアエンド解析(PE)を行い塩基配列の取得を行います。得られたデータをアセンブルしコンティグ配列を取得します。低コストで多検体の解析が可能です。
  • ゲノムドラフト解析(高精度)微生物
    PacBio RS IIシーケンサーによる塩基配列取得を実施します。平均10 kb以上の長いリードを活かしたアセンブルを行い、高精度のコンティグ配列を取得します。
  • ゲノムドラフト解析(高精度)真核生物
    HiSeq/MiSeqシーケンサーを用いてメイトペア解析(MP)を行い、スキャフォールド配列を取得します。得られた配列に対して、PacBio RS IIにより得られたリードでギャップクローズを行うことにより、繰り返し領域、高GC領域を連結することが可能です。
  • ゲノムドラフト解析(高精度・Linked-readライブラリー使用)真核生物
    Linked-readライブラリー(Chromiumシステム)をHiSeqシーケンサー(150 base両末端解析推奨)でシーケンスし、アセンブラーにSupernovaを用いてフェージングされたスキャフォールド配列を取得します。
      使用機器 アセンブルソフトウェア 納品配列
    ゲノムドラフト解析 HiSeq / MiSeq EDENA / Velvet コンティグ配列
    ゲノムドラフト解析(高精度)
    微生物
    PacBio RS II HGAP3 コンティグ配列
    ゲノムドラフト解析(高精度)
    (真核生物50 Mb以上)
    HiSeq
    PacBio RS II
    PB Jelly2 スキャフォールド配列
    ゲノムドラフト解析(高精度)
    (真核生物100 Mb~3 Gb程度)
    HiSeq Supernova コンティグ配列/
    スキャフォールド配列

  • <解析の流れ>
    ゲノムドラフト解析の流れ ・20 Kbライブラリー ・PEライブラリー
    ・MPライブラリー
    ・LRライブラリー
    ・P6/C4酵素 ・HiSeq
      100~150 PE
    ・MiSeq 150 PE
    ・HGAP3 ・ALLPATHS-LG
    ・Supernova

  • 酵母S288C株を対象とした各次世代シーケンサープラットフォームの比較

【オプションサービス】
  • ゲノム配列フィニッシング解析
  • 遺伝子予測解析
    CDS領域の予測、アノテーション情報取得などを行うことが可能です。結果については、ゲノム解析ソフトウェア IMC Genomics(製品コード IMCGF02など)に対応したGenBank形式で納品いたします。 さらに、近縁生物種との比較ゲノム解析、代謝パスウェイ解析などを行うことが可能です。結果についてはエクセル形式などで納品いたします。

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ
  • アセンブル結果(コンティグ配列、統計情報)

ご注文方法

  • 依頼書作成とFAX連絡
    • 高速シーケンス(NGS)解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
    • 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    • サンプル送付の前に、記入済み依頼書をFAXでご送付ください。
  • サンプル送付
    • 解析サンプルならびに依頼書を上記サンプル送付先へご送付ください。
    • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、4℃の冷蔵便で平日午前着指定でご送付ください。
      また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

受入サンプル

ゲノムDNA
以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

サンプル量 濃度 純度
OD260/OD280 OD260/OD230
HiSeq/MiSeq

ペアエンド解析
3 kb/10 kb メイトペア解析

2 μg以上
15 μg以上
40 ng/μl以上
100 ng/μl以上
1.6 以上
PacBio RS II

20 kb フラグメント解析
フラグメント解析(微量)

20 μg以上
5 μg以上
70 ng/μl以上
40 ng/μl以上
HiSeq

Chromiumシステム
ペアエンド解析

500 ng以上 10 ng/μl以上
  • DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
  • 電気泳動(1%ゲル)にて10~20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入及び分解がないことをご確認ください。
  • 上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

DNA抽出はフェノール/クロロフォルムを用いた抽出または長鎖DNA抽出用キットを使用してください。
抽出後は凍結せずにできるだけ早くサンプルをご送付ください。

ご留意事項

供与核酸の品質によっては、再提供をお願いすることがあります。
動植物など高等生物の解析をご希望の場合は、別途お問い合わせください。
ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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