バクテリアや真核生物のゲノム配列構築

ゲノム配列解析

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特長

  • ロングリードシーケンサーSequelⅡを用いた高精度なゲノム配列構築が可能
  • 微生物から高等生物まで豊富な実績
  • 有用遺伝子の探索や比較解析などのバイオインフォマティクスも充実

概要

ゲノムDNAを御提供いただき、ロングリードシーケンサーSequelⅡを用いてシーケンスデータを取得し、アセンブリにより非モデル生物のゲノム配列を構築します。構築されたゲノム配列は、参照ゲノム配列として活用、有用遺伝子の探索、遺伝子クラスターの解明、変異解析など様々な解析にご利用ください。

■チラシをご覧ください。
ゲノム配列解析サービス
相乗りシーケンス(NGS)解析

サービス内容

SequelⅡを用いたロングリードシーケンス解析により高精度なコンティグ配列を取得します。
2種類のシーケンスモードにより、解析の目的に合わせての選択が可能です。

【シーケンスモードと取得データ量の目安】
  • HiFi Read
    微生物のゲノム配列構築の他、ゲノムサイズ数百Mb以下のリピート配列が少ない非モデル生物の解析にご利用ください。約15~20kbのライブラリーのインサート領域を複数passシーケンスして得られるQV20以上の精度の高いリードでの解析が可能です。

  • CLR Read
    ゲノムサイズが数百Mb以上の非モデル生物のゲノム配列構築にご利用下さい。30 kbライブラリーを使用したより長いリードでの解析が可能です。

    CLR Read

    シーケンスモード取得データ量/cellゲノムサイズに対する
    推奨冗長度
    アセンブル
    ソフトウェア
    納品配列
    HiFi Read
    (CCS : Circular
    Consensus Sequencing)
    約1 Gb
    相乗りシーケンス
    約50倍Flyeコンティグ配列
    約20 Gb
    CLR Read
    (continuous long reads)
    約100 Gb約80倍HGAP4コンティグ配列
    ・シーケンスデータ量はゲノム品質、サンプルによって変わるため、データ量の保証は行っておりません。

    【オプションサービス】
    • ゲノムDNA抽出
    • 遺伝子予測解析
      CDS領域、non-coding領域、tRNA領域の予測、アノテーション情報取得などを行います。
    • ゲノム比較(ペアワイズ解析、多検体ゲノム比較解析)
      リファレンス配列等との配列比較を実施します。

価格・納期

相乗りシーケンスプラン
シーケンスモードライブラリー受け入れサンプルデータ量価格(税別)納期
HiFi Read約15~20 kb
ライブラリー
ゲノムDNA 30 μg以上
(濃度:100 ng/μl以上)
1 Gbase/検体¥165,000/検体約8週間
その他のプランは、ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ(BAM形式、fastq形式 fastqファイルはHiFi Readの場合の納品物です。
  • アセンブル結果(コンティグ配列、統計情報)

ご注文方法

  • 依頼書作成とFAX連絡
    • 高速シーケンス(NGS)解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
    • 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    • サンプル送付の前に、記入済み依頼書をFAXでご送付ください。
  • サンプル送付
    • 解析サンプルならびに依頼書を下記サンプル送付先へご送付ください。
    • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、DNAサンプルの場合は保冷剤梱包の冷蔵便(4℃)で、菌体などのサンプルの場合は凍結状態を維持するために充分量のドライアイスを同梱し冷凍便で、平日午前着指定でご送付ください。
      また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。
  • 高速シーケンス(NGS)解析依頼書(Excel)
  • 解析生物に関する情報提供用紙(Excel) ※細菌、真菌、ウイルス、原虫及び寄生虫を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「解析生物に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。弊社ではバイオセーフティーレベル3以上の生物および安全性が確認できない検体については受け入れできません。ご了承ください。

受入サンプル

  • 生体サンプル等
     サンプル量搬送温度
    菌体ペレット(細菌)40 mg/本を2本分程度冷凍
    菌体ペレット(真菌)200 mg/本を2本分程度
    組織・細胞お問い合わせください
    1.5 mlマイクロチューブに入れて送付ください。

  • ゲノムDNA
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
     サンプル量濃度純度
    OD260/OD280OD260/OD230
    HiFi Read30 μg以上100 ng/μl以上1.6 以上
    CLR Read20 μg以上70 ng/μl以上
    • DNAはReduced EDTA TE buffer(10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0)もしくは滅菌水に溶解してください。
    • DNA抽出はフェノール/クロロフォルム法または長鎖DNA抽出用キットを使用してください。抽出後は凍結せず冷蔵(4℃)で、できるだけ早くサンプルをご送付ください。上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
    • 電気泳動(1%Gel)にて10~20 kb以上に明確なバンドが検出され、低分子の混入及び分解がないことをご確認ください。
    • 上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご留意事項

  • 供与核酸の品質によっては、再提供をお願いすることがあります。
  • ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
    詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
  • お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

タカラバイオはイルミナ社認定のサービスプロバイダーです。
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パシフィックバイオサイエンス社認定

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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