次世代シーケンサーによる菌叢解析

16S rRNA PCRサンプルの解析(細菌叢解析)

■お問い合わせ窓口(AX)

TEL:077-565-6999


[サンプル送付先] タカラバイオ株式会社 CDMセンター 遺伝子工学研究/検査 受託受付担当 宛て
〒525-0058 滋賀県草津市野路東七丁目4番38号
TEL:077-567-9262
ご注意:伝票の品名に受託名をご記載ください。

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特長

  • 多数のサンプルを一度にかつ大量に解析可能
  • 菌叢構造のグラフ化により視覚的な判断が容易
  • 菌叢比較解析やメタゲノム機能予測解析にも対応
  • 腸内細菌叢の解析では核酸抽出からも対応可能

概要

16S rRNA領域を増幅したPCR産物等を対象に、次世代シーケンサーを用いて大量に配列解析を行います。得られた配列を用いて16S rRNAデータベースに対する相同性検索および系統分類解析を実施いたします。対象とするサンプル中に、どのような微生物がどれくらい存在しているかを明らかにすることが可能です。

サービス内容

  • 核酸抽出
    ヒトやマウス糞便からの核酸抽出を行います。
    ※環境微生物や特殊な検体からの核酸抽出には対応できない場合があります。

  • 16S rRNA領域特異的ライブラリー作製
    高速シーケンス解析用アダプター配列を付加した16S rRNA領域特異的プライマー(V3-V4領域)を用いてPCR増幅、精製を行い、次世代シーケンサーに供するライブラリーを作製します。

  • 16S rRNA PCR産物の解析
    高速シーケンス解析用アダプター配列を付加しPCR産物を用いて、次世代シーケンサーによる配列取得を行います。
    ライブラリーは、PCRプライマーに数塩基のタグ配列を付加することにより、複数検体を混合して一度に解析することが可能です。(お客様でライブラリーを作製される場合、アダプター配列およびタグ配列については、事前にお問い合わせください。)

  • 菌叢解析(情報解析)
    得られた配列を用いて16S rRNAデータベースに対する相同性検索および系統分類解析を実施し、相同性検索と系統分類解析結果の一覧、系統分類解析結果に基づき菌種組成を集計したグラフを納品いたします。 オプション解析として、検体間の菌叢の違いを容易に解釈できる菌叢比較解析もご用意しております。

    解析の流れ(例)
    解析の流れ


    【オプション情報解析】
    • 菌叢比較解析
      検体間の菌叢の違いをPCoA(Prinecipal Coordinates Analysis:主座標分析)
      およびクラスター解析により分析
      ⇒ 多数の検体を解析した場合でも、検体間の比較が容易に オプション情報解析(菌叢比較解析)



    • メタゲノム機能予測解析
      16S rRNA PCRサンプルの解析にて得られたデータからメタゲノム機能組成を予測します。KEGG Orthologyに基づく機能分類を行い、検体ごとの機能組成データを納品いたします。
      メタゲノム機能予測解析
      KEGG Orthologyに基づく各階層の機能組成表



    • 機能比較解析
      検体間の機能組成の違いをPCoA (Prinecipal Coordinates Analysis:主座標分析)により解析。事前に検体の群情報(e.g. case or control)をご提供いただくことで群単位での比較が可能です。
      機能比較解析
      検体間の機能組成比較
■チラシをご覧ください。

細菌叢・メタゲノム解析サービス
アレイ解析

価格・納期

サービス項目 参考価格 参考納期
基本メニュー(PCR増幅~菌叢解析まで) ¥200,000/一式 1~4検体一式 約2.5ヵ月
¥40,000/検体 5~30検体
・31検体以上は別途お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 相同性検索結果等

ご注文方法

オンライン注文とFAX注文の2種類からお選びください。
  • オンライン注文:
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ

    ご注文方法の概略については、こちらをご参照ください。
    「オンラインのご注文方法について」

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  • FAX注文:


サンプル送付
  • 解析サンプルならびに依頼書(オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物)を上記サンプル送付先へご送付ください。
  • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。 また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。 なお、送付する核酸がRNAの場合には、凍結状態を維持するために充分量のドライアイスを同梱し冷凍便で、送付する核酸がDNAの場合には-20℃の状態の冷凍便でお送りください。

受入サンプル

ご依頼いただく工程により異なります。
  • 糞便検体(ヒト、マウス)
    ※必要器具や説明書をご用意しています。検査前に送付させていただきます。

  • DNA又は精製済PCR産物
以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
 サンプル量濃度純度
OD260/OD280OD260/OD230
DNA500 ng以上50 ng/μl以上1.6以上
PCR産物(ライブラリー)50 ng以上5 nmol/L以上
滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer(10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0)に溶解してください。
PCR増幅は、指定の配列を付加したプライマーをご利用ください。

ご留意事項

MiSeqを用いる場合のプライマー配列は、下記の文献に準拠したものが対応可能です。その他のプライマー配列を用いた解析についてはお問い合わせ下さい。
  Ultra-high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platforms.
  Caporaso, JG, et al., ISME J. 2012 Aug;6(8):1621-1624.
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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