PCR産物のシーケンス解析で細菌を推定(16S rDNA領域の全長約1.5 kb)

Bacterial 16S rDNA PCR Kit

*合わせてパンフレットもご覧ください
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別)
キャンペーン価格
特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
TKR RR180A RR180A Bacterial 16S rDNA PCR Kit
  • PCR酵素
  • カスタム製造について
50回 ¥44,000
¥35,200
2019/11/25~
2020/03/31

説明書・データシート・ベクター情報

※色文字での表示は、キャンペーン価格およびそのキャンペーン期間です。

製品説明

本製品は、細菌の16S rDNA領域内の特定領域(約1.5 kb)をPCR増幅するための試薬、およびPCRにより得られた増幅産物のシーケンスのためのプライマーからなるキットである。PCR酵素にはTaKaRa Ex Taq HSを使用しているので、サイクル前のミスプライミングやプライマーダイマーに由来する非特異的増幅を防ぐことができる。本キットを使用して得られた増幅産物に対して、キットのシーケンスプライマーを用いた塩基配列解析を行い、得られた塩基配列とデータベース上の配列との相同検索により、細菌の分類を行う。

注意:本キットは、細菌の種類によっては適合しない場合があります。
なお、真菌の場合は、Fungal rDNA (ITS1) PCR Kit Fast(製品コード RR183A)、または、Fungal rDNA (D1/ D2) PCR Kit Fast(製品コード RR184A)をご利用ください。
備考:第十七改正日本薬局方 参考情報「遺伝子解析による微生物の迅速同定法」に収載されたプライマーを利用したキットBacterial 16S rDNA PCR Kit Fast (800)(製品コード RR182A)も用意しています。

内容

(25 μl PCR反応、50反応分)
1.Premix Ex Taq HS (2×conc.) *1625 μl
2.16S rDNA Primer Mix (bacterial)*2 (10×)125 μl
3.dH2O650 μl
4.Positive Control (E. coli DNA) (1 ng/μl)25 μl
5.Sequencing Primer F1 (bacterial) *2 (7.5 pmol/μl)50 μl
6.Sequencing Primer F2 (bacterial) (7.5 pmol/μl)50 μl
7.Sequencing Primer R1 (bacterial) *2 (7.5 pmol/μl)50 μl
8.Sequencing Primer R2 (bacterial)(7.5 pmol/μl)50 μl

*1 TaKaRa Ex Taq HS、反応Buffer、dNTP mixtureを含む2倍濃度のPCR反応試薬である。

*2 16S rDNA Primer Mix (bacterial) に含まれるプライマーは、Sequencing Primer F1(bacterial) およびSequencing Primer R1 (bacterial) と同じ配列である。

保存

-20℃
Premix Ex Taq HSは、過剰に凍結融解を繰り返すと活性が低下する場合があるのでご注意ください。
融解の際は激しい攪拌は避け、融解後は穏やかにチューブを転倒混和してください。

DNA増幅産物のシーケンス解析

得られた精製増幅産物をシーケンス解析する。
シーケンス用のプライマーは4種類用意しているが、取扱説明書「内容」で示している位置関係から、適宜プライマーを選択して使用する。

<シーケンスプライマーの選択>

◎片鎖解析の場合
  • Sequencing Primer F1 とSequencing Primer R1の2種類のプライマーで増幅産物全体のシーケンスデータを得ることはできるが、中央部分の精度がやや低下する。
  • 上記2 種類にSequencing Primer F2 あるいはSequencing Primer R2のどちらかを加えた3種類のプライマーを使用すると、より精度の高い結果が得られる。
◎両鎖解析の場合
Sequencing Primer F1、Sequencing Primer F2、Sequencing Primer R1、Sequencing Primer R2の4種類のプライマーを使用する。精度の高いシーケンスデータが得られる。

シーケンス解析には、タカラバイオ受託サービス「プレミックスシーケンス解析」のご利用をお勧めします。

<プレミックスシーケンス解析にご依頼いただく場合>

Sequencing Primerごとに以下の混合物を準備する。
精製増幅産物20~150 ng
Sequencing Primer (7.5 pmol/μl)1 μl
滅菌精製水全量を15 μl とする
上記混合物を1 つのウェルに分注する。
  • 精製して得られた増幅産物を1反応につき20~150 ngご用意ください。(1 サンプルについて最大4反応となりますので、最大80~600 ngの精製増幅産物が必要となります。)
  • 1つの反応ウェルについて1 つのSequencing Primer (7.5 pmol/μl) 1 μl を加え、全量を15 μl/ウェルとなるように調製いただき、ご送付ください。
詳細は弊社ウェブサイトをご参照ください。
プレミックスシーケンス解析
シーケンスは、ご自身で行われることも可能です。
その場合、キットのシーケンス用プライマーは7.5 pmol/μlとなっているので、適宜使用量を調整して使用してください。

塩基配列情報の解析

得られた塩基配列情報をデータベース上の配列と相同性検索を行い、その結果より細菌の種類を類推する。

<参考情報>
BLAST検索は、BLASTアルゴリズムを実装したプログラムをダウンロードして利用することができる。
 NCBI:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
NCBI BLASTやDDBJのウェブ上で使用することもできる。
 NCBI BLAST:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
 DDBJ:http://blast.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html

キット以外に必要な試薬・機器(主なもの)

  1. 遺伝子増幅システム(authorized instruments)
    TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice Touch(製品コード TP350)
    TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice Gradient(製品コード TP600)
  2. PCRチューブ
    0.2 ml Hi-Tube Dome Cap(製品コード NJ200)
    0.2 ml Hi-8-Tube(製品コード NJ300)
    0.2 ml Hi-8-Dome Cap(製品コード NJ301)
    0.2 ml Hi-8-Flat Cap(製品コード NJ302)
  3. アガロース電気泳動装置
    Mupid-2plus(製品コード M-2P)
    Mupid-exU(製品コード EXU-1)
    Mupid-One(製品コード O1-01)
  4. アガロースゲル
    Agarose L03「TAKARA」(製品コード 5003/5003B)
    PrimeGel Agarose PCR-Sieve(製品コード 5810A)など
  5. DNA染色剤
    SYBR Green I Nucleic Acid Gel Stain(製品コード 5760A/5761A)、またはエチジウムブロマイド
    注)SYBR Green I を使用する場合は専用のフィルターが必要です。
  6. マイクロ遠心機
  7. マイクロピペットおよびチップ(オートクレーブ処理したもの)
  8. DNA調製試薬
    SimplePrep reagent for DNA(製品コード 9180)
    NucleoSpin Tissue(製品コード 740952.10/.50/.250)など
  9. PCR産物精製試薬
    NucleoSpin Gel and PCR Clean-up(製品コード 740609.10/.50/.250)など

  遺伝子検出・検査 関連試薬の選択フローをご利用ください

分野別の試薬選択フロー
手法別の試薬選択フロー

「検査(PCR/ELISA)」関連のお役立ち情報専用ページもご参照ください。

この製品を見た人は、こんな製品も見ています。

注意事項
  • 弊社の取扱い製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
  • タカラバイオの承認を得ずに製品の再販・譲渡、再販・譲渡のための改変、商用製品の製造に使用することは禁止されています。
  • タカラバイオ製品に関連するライセンス・パテントについては、ライセンスマークをクリックして内容をご確認ください。
    また、他メーカーの製品に関するライセンス・パテントについては、各メーカーのウェブサイトまたはメーカー発行のカタログ等でご確認ください。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。

▲このページのトップへ