PCR産物のシーケンス解析で真菌を推定(D1/D2領域)

Fungal rDNA (D1/D2) PCR Kit Fast

*合わせてパンフレットもご覧ください
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別)
キャンペーン価格
特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
TKR RR184A RR184A Fungal rDNA (D1/D2) PCR Kit Fast
  • PCR酵素
50回 ¥44,000
¥35,200
2019/11/25~
2020/03/31

説明書・データシート・ベクター情報

※色文字での表示は、キャンペーン価格およびそのキャンペーン期間です。

製品説明

本製品は、真菌類のribosomal DNA(rDNA)領域内のD1/D2領域(約0.6 kb)をPCR増幅することができる試薬、およびPCR増幅産物のシーケンスのためのプライマーから成るキットである。本キットを使用して得られた増幅産物に対して、キットのシーケンスプライマーを用いた塩基配列解析を行い、得られた塩基配列とデータベース上の配列との相同検索により、真菌の分類を行うことができる。PCR酵素には改良型Taq DNA polymeraseを使用しているので、高速PCR条件により、PCR増幅を迅速に行うことができる。また、本酵素は抗体を用いたホットスタートPCR用の酵素なので、サイクル前のミスプライミングやプライマーダイマーに由来する非特異的増幅を防ぐことができる。

注意: 本キットは、真菌の種類によってはPCR増幅できない場合があります。
なお、細菌の場合は、Bacterial 16S rDNA PCR Kit(製品コード RR180A)、または、Bacterial 16S rDNA PCR Kit Fast (800)(製品コード RR182A)をご利用ください。

内容

(25 μl PCR反応、50回)
1TaKaRa Taq HS Fast Detect Premix625 μl
2rDNA D1/D2 Primer Mix*110×125 μl
3dH2O650 μl
4Positive Control(S. cerevisiae DNA)1 ng/μl25 μl
5 Sequencing Primer F (D1/D2)7.5 pmol/μl50 μl
6Sequencing Primer R (D1/D2)7.5 pmol/μl50 μl

*1 rDNA D1/D2 Primer Mixに含まれるプライマーは、Sequencing Primer F (D1/D2)およびSequencing Primer R (D1/D2)と同じ配列である。

保存

-20℃
TaKaRa Taq HS Fast Detect Premixは、過剰に凍結融解を繰り返すと活性が低下する場合がありますのでご注意ください。
融解の際は激しい攪拌を避け、融解後は穏やかにチューブを転倒混和してください。

DNA増幅産物のシーケンス解析

キットに含まれるSequencing Primer F (D1/D2)を使用して、得られた精製増幅産物のシーケンス解析(片鎖解析)を行う。
必要に応じて、Sequencing Primer R (D1/D2)を使用した両鎖解析を行う。両鎖解析の場合、精度の高いシーケンスデータが得られる。
シーケンス解析には、タカラバイオ受託サービス「プレミックスシーケンス解析」のご利用をお勧めします。

<プレミックスシーケンス解析をご依頼いただく場合>
以下の混合物を準備する。
精製増幅産物20~150 ng
Sequencing Primer F (D1/D2) or R (D1/D2)(7.5 pmol/μl)1 μl
滅菌精製水全量を15 μlとする
上記混合物を1つのウェルに分注する。
  • 精製して得られた増幅産物を1反応につき20~150 ngご用意ください。(両鎖解析の場合、1サンプルについて2反応となりますので、最大40~300 ng の精製増幅産物が必要となります。)
  • 1つの反応ウェルについて1つのSequencing Primer(7.5 pmol/μl)1 μlを加え、全量を15 μl/ウェルとなるように調製いただき、ご送付ください。
詳細は「プレミックスシーケンス解析(8連チューブ/ 96ウェルプレート)」をご参照ください。

シーケンスは、ご自身で行われることも可能です。
その場合、キットのシーケンス用プライマーは7.5 pmol/μlとなっていますので、適宜使用量を調整してご使用ください。

塩基配列情報の解析

得られた塩基配列情報をデータベース上の配列と相同性検索を行い、その結果より細菌の種類を推定する。


<参考情報>
BLAST 検索は、BLAST アルゴリズムを実装したプログラムをダウンロードして利用することができる。
 NCBI:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
NCBI BLASTやDDBJのウェブ上で使用することもできる。
 NCBI BLAST:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
 DDBJ:http://blast.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html

また、DNASIS Taxon V3.5(製品コード SK271/SK273)を使用すると、推定に要する時間と手間を大幅に軽減することが可能である。

キット以外に必要な試薬・機器(主なもの)

  1. 遺伝子増幅システム(authorized instruments)
    TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice Touch(製品コード TP350)
    TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice Gradient(製品コード TP600)
  2. PCRチューブ
    0.2 ml Hi-Tube Dome Cap(製品コード NJ200)
    0.2 ml Hi-8-Tube(製品コード NJ300)
    0.2 ml Hi-8-Dome Cap(製品コード NJ301)
    0.2 ml Hi-8-Flat Cap(製品コード NJ302)
    TaKaRa PCR Thermal Cycler Fast(販売終了)には、Flat Cap型のチューブをご使用ください。 Dome Cap型のチューブは使用できません。詳細は、各装置の取扱説明書をご確認ください。
  3. アガロース電気泳動装置
    Mupid-2plus(製品コード M-2P)
    Mupid-exU(製品コード EXU-1)
    Mupid-One(製品コード O1-01)
  4. アガロースゲル
    Agarose L03「TAKARA」(製品コード 5003/5003B)
    PrimeGel Agarose PCR-Sieve(製品コード 5810A)など
  5. DNA染色剤
    SYBR Green I Nucleic Acid Gel Stain(製品コード 5760A/5761A)
    エチジウムブロマイド
    注)SYBR Green Iを使用する場合は専用のフィルターが必要です。
  6. マイクロ遠心機
  7. マイクロピペットおよびチップ(オートクレーブ処理したもの)
  8. DNA調製試薬
    SimplePrep reagent for DNA(製品コード 9180)
    NucleoSpin Plant II(製品コード 740770.10/.50/.250)
    NucleoSpin Tissue(製品コード 740952.10/.50/.250)
    NucleoSpin Soil(製品コード 740952.10/.50/.250)など
  9. PCR産物精製試薬
    NucleoSpin Gel and PCR Clean-up(製品コード 740609.10/.50/.250)など

  遺伝子検出・検査 関連試薬の選択フローをご利用ください

分野別の試薬選択フロー
手法別の試薬選択フロー

「検査(PCR/ELISA)」関連のお役立ち情報専用ページもご参照ください。

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注意事項
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