16S rRNA解析（細菌叢解析）

• 12種類の人工16S rRNA遺伝子配列を同時分析することで絶対定量が可能に（凍結糞便、唾液、土壌検体のみ）
• 従来の16S rRNA菌叢解析の相対定量に絶対定量をプラス
• 腸内細菌叢の解析では核酸抽出からも対応可能

■チラシをご覧ください。

細菌叢解析用の人工16S rRNA遺伝子配列カクテル（16S DNA Quantitative Standard for Microbiome）と核酸抽出物を鋳型として、16S rRNA領域特異的プライマー（V3-V4領域）を用いてPCR増幅を行います。増幅後には、再度、PCRにて次世代シーケンス解析用アダプター配列の付加を行いライブラリーが作製されます。イルミナ社次世代シーケンサーでシーケンスを行い、得られた配列データから、各検体に含まれる人工16S rRNA遺伝子配列由来の配列数をカウントし、理論コピー数との比較によって検量線を作成します。さらに、作成された検量線を用いて、検体に含まれる菌の絶対定量値を算出します。これにより、対象検体中に、どのような微生物がどの程度存在しているのかを絶対定量値で確認することが可能です。

解析の流れ


【納品データ例】

• ＜絶対定量結果＞
  人工16S rRNA遺伝子配列の検量線結果を用いて絶対定量結果（16S rRNAコピー数）を納品します。
  


• ＜系統分類結果＞
  PhylumからSpeciesレベルまで、各検体の菌組成をまとめた結果（tsv形式、html形式）を納品します。
  
  • 組成比グラフ（html形式）
  
  • 組成比ヒートマップ (html形式)
  
• ＜α多様性解析結果＞
  • 検体中の菌種の多様性を表すグラフ（html形式）
  


• ＜β多様性解析結果＞
  検体間の菌叢の違い、類似度をPCoA（Prinecipal Coordinates Analysis：主座標分析）およびクラスター解析結果で確認いただけます。
  • PCoA解析 3D plotデータ (html形式)
  

【オプション情報解析】
菌叢統計比較解析
菌種組成、多様性、細菌叢構造について統計検定による群間比較を実施します。

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

• 作業報告書
• シーケンスデータ一式
• 系統分類結果等

・検体送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
・依頼書記載の検体名称と、実際の送付検体に記載の名称は必ず一致させてください。
※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。

• 16S rRNA解析（細菌叢解析）／ショットガンメタゲノム解析　発注依頼書（Excel）
  グループ情報の記載例はこちらを参照ください。
• 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
  ※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
  「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。
• 解析生物に関する情報提供用紙（Excel）
  ※細菌、真菌、ウイルス、原虫および寄生虫を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「解析生物に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。弊社ではバイオセーフティーレベル3以上の生物および安全性が確認できない検体については受け入れできません。ご了承ください。

• 検体送付
  ・解析検体ならびに依頼書を下記検体送付先へご送付ください。
  ・検体は乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
  ・送付検体がDNAの場合には－20℃の状態の冷凍便でお送りください。採便キットで送付いただく場合は、保冷剤同梱の上、冷蔵便（4℃）にてお送りください。

以下の点にご注意の上、解析検体を調製してください。

1. DNAは液量20 μl以上でご送付ください。記載濃度は目安です。検体濃度が記載濃度以上であっても、提供検体中に含まれるバクテリア由来DNA量によっては、十分量のPCR産物が得られない場合がございます。また基準を満たしていない場合でも、PCR産物が得られる場合もございます。
2. 土壌・糞便は保存液など不要です。検体状態によっては重量測定不可の場合がございます。
3. ヒト臨床検体からのDNA抽出の場合は、事前に検体の感染性について情報提供用紙をご提出いただき、施設受入の可否をご連絡いたします。
4. DNA抽出に使用した検体の重量情報および溶出液量情報、重量や面積にあたる単位を提供ください。コピー数推定に使用します。