最新技術を用いた高速・大量シーケンス(NGS)
新規ゲノム・変異解析・ChIP・16S rRNAの網羅的解析に

高速シーケンス(NGS)解析

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[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 バイオメディカルセンター 受託受付担当 宛て
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特長

  • 各種次世代シーケンサーを用いたハイスループットな塩基配列解析
  • 幅広いアプリケーションに対応
  • サンプル処理×情報解析をトータルにサポート
  • 国内設備と安心のセキュリティ体制

概要

次世代シーケンサーであるHiSeq/MiSeq(イルミナ社)、Ion PGMシステム(サーモフィッシャーサイエンティフィック社)およびPacBio RS II(パシフィックバイオサイエンス社)を用いて、高速シーケンス(NGS)解析サービスを提供いたします。
大量のシーケンス解析が可能であるため、新規ゲノムのドラフト解析、変異解析をはじめ、転写産物解析やメタゲノム解析など用途に応じて最適な機種を用いて解析いただけます。

サービス内容

  • HiSeq / MiSeqによる解析
    物理的に断片化したDNAからライブラリーを作製してガラス基盤(フローセル)に結合させ、Sequencing by Synthesis法による4色蛍光検出により塩基配列を一挙に解析します。HiSeqの場合、一度に1フローセルあたり約320 Gbの塩基配列データの取得が可能です。ゲノム配列解析だけでなく、RNA-seq解析に対するプラットフォームが整っています。
  • Ion PGMシステムによる解析
    断片化したDNAからライブラリーを作製してemulsion PCR法により増幅し、マイクロチップ上でシーケンス反応および検出を行います。
    DNAが伸長する際に放出される水素イオン濃度を半導体チップ上で検出し塩基配列に変換します。およそ800 Mbまでの塩基配列データを一度に取得することが可能です。Cancer PanelなどマルチプレックスPCRにより増幅したPCR産物の変異解析などが注目を集めています。
  • PacBio RS IIによる解析
    物理的に断片化した長鎖DNAからライブラリーを作製して、1分子リアルタイム(Single Molecule Real-Time; SMRT)DNAシーケンスを行います。長鎖の解析リード長を誇り、10 kbのシーケンスデータを得ることが可能です(P6/C4試薬)。また、1分子を鋳型にシーケンスを行うため、増幅バイアスを無くすことができます。新規ゲノム配列解析だけでなく、スプライシングバリアントの検出目的としてcDNA配列解析などにも有効です。

<機器の特長>

  HiSeq 2500
(※Rapid Mode)
HiSeq 2500
(SBS v4試薬使用)
PacBio RS II
1リード長
100/150/250 base
100/125 base
約10,000 base
リード数
約2.5億リード
(1レーンあたり)
※ペアエンド解析
約4億リード
(1レーンあたり)
※ペアエンド解析
約7.5万リード
(1セルあたり)
データ量
約25/37.5/62.5 Gb
(1レーンあたり)
※ペアエンド解析
約40/50 Gb
(1レーンあたり)
※ペアエンド解析
約750 Mb
(1セルあたり)
解析手法 Sequencing by Synthesis法 SMRT(Silgle Molecule Real-Time) sequencing法
解析単位 ・1レーンから ・1セルから
アプリケーション例 ・ゲノム変異解析
・mRNA解析
・cDNA配列解析
・ゲノム配列解析
・cDNA配列解析


  Ion PGMシステム MiSeq
Ion 318 chip
1リード長 ~200 base 150/250/300 base
リード数 約400万リード
(1ランあたり)
約3,000万リード
(1ランあたり)
※ペアエンド解析
データ量
(リード長200 baseの場合)
約800 Mb
(1チップあたり)
約4.5~9 Gb
(1ランあたり)
※ペアエンド解析
解析手法 Ion semiconductor sequencing法 Sequencing by Synthesis法
解析単位 ・1チップから ・1ランから
アプリケーション例 ・癌遺伝子などの変異解析
(50遺伝子をターゲットとしたCancer Panelなど)
・微生物の新規ドラフト配列決定
・癌遺伝子などの変異解析
・PCR産物のディープシーケンス


<各種NGS関連アプリケーション>
上記にないNGS関連アプリケーションについてもお気軽にご相談ください。

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合せください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式(塩基配列情報、精度情報)
  • 各種アプリケーションに適したデータ解析結果

ご注文方法

  • 依頼書作成とFAX連絡
    • 高速シーケンス(NGS)解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
    • 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    • サンプル送付の前に、記入済み依頼書をFAXでご送付ください。
  • サンプル送付
    • 解析サンプルならびに依頼書を上記サンプル送付先へご送付ください。
    • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。
      また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
      なお、送付する核酸がRNAの場合には、凍結状態を維持するために充分量のドライアイスを同梱し冷凍便で、送付する核酸がDNAの場合には-20℃の状態の冷凍便でお送りください。

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

受入サンプル

各種アプリケーションによって異なりますので、お問い合わせください。

ご留意事項

  • Ion PGMシステムによるIon semiconductor sequencing法はサンガー法に比べてポリベース領域の解析が困難になりますので、これらの領域ではベースコールミスを起こす場合があります。
  • PacBio RS IIによるSMRT sequencing法は、その他のシーケンス方法に比べて、ベースコールミスを起こす割合が高くなります。
  • 一部の納品物は大容量になりますのでハードディスクで納品対応させていただきます。
  • ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
    詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
  • お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
タカラバイオはパシフィックバイオサイエンス社認定のサービスプロバイダーです。

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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