癌ゲノム変異を検出し、ドライバー遺伝子および関連パスウェイの探索に!

体細胞変異解析

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[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 CDMセンター 遺伝子工学研究/検査 受託受付担当 宛て
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TEL:077-567-9262
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特長

  • レア変異を含む体細胞変異を高精度に検出
  • 検出力の異なる2種類のソフトウェアを用いて解析
  • ドライバー遺伝子および関連パスウェイの探索にも対応

概要

腫瘍組織には、複数の癌細胞クローンや正常細胞が混在しており、ヘテロな細胞集団となっています。そのため、体細胞(癌)変異を検出するには低頻度の変異検出が必要となります。さらには、生殖細胞変異と体細胞変異を区別する必要もあります。従って、体細胞変異を検出するには正常組織シーケンスデータおよびそれより多めの腫瘍組織シーケンスデータを比較し、体細胞特異的な変異を検出することになります。さらに、同一癌疾患の複数検体のデータからドライバー遺伝子候補や変異遺伝子が集中するパスウェイ候補の検出も可能です。

サービス内容

体細胞変異を検出するには正常組織および腫瘍組織の全ゲノムシーケンスまたはエクソームシーケンスデータ(fastqファイルまたはbamファイル)が必要となります。それぞれのシーケンスデータを参照ゲノム配列にマッピングし、それぞれの結果を比較することによって、腫瘍組織特異的な低頻度変異塩基を検出します。

  • ドライバー遺伝子解析(オプション解析)
    体細胞変異解析を実施した複数の検体データから、変異数と変異影響度のデータを考慮して、ドライバー遺伝子候補・変異遺伝子が集中するパスウェイ候補を検出します。

    体細胞変異解析とドライバー遺伝子解析

    ※ 腫瘍組織のシーケンスデータ(fastq)は、正常組織の2倍量以上をお薦めします。

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • 変異候補の抽出結果、マッピング結果等
    ・マッピング結果(bam形式)
    ・体細胞変異結果(変異単位)(xlsx形式)
    de novo変異結果

    ・体細胞変異結果(遺伝子単位)(xlsx形式)
    トリオでの遺伝子型確率

    ・ドライバー遺伝子候補(xlsx形式)(オプション解析) トリオでの遺伝子型確率

    ・パスウェイ候補(xlsx形式)(オプション解析) ※ KEGGパスウェイへのリンク有り トリオでの遺伝子型確率

ご注文方法

  • 依頼書作成とFAX連絡
    • 高速シーケンス解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
    • 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付データ名称は必ず一致させてください。
    • サンプル送付の前に、記入済み依頼書をメールまたはFAXでご送付ください。
  • サンプル送付
    • シーケンスデータならびに依頼書を上記サンプル送付先へご送付ください。
    • シーケンスデータはハードディスク等に保存した状態で破損が無いようにご注意いただき、宅配便で平日午前着指定でご送付ください。

受入サンプル

  • シーケンスデータ
    ヒト全ゲノムシーケンス解析やエクソーム解析で得られたシーケンスデータ(fastqファイル)またはマッピングデータ(bamファイル)

ご留意事項

ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
タカラバイオはKEGGの正規サービスプロバイダーです。
KEGG

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
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