方向性の情報をもつNGS用ライブラリー作製が可能 (total RNA量 10~100 ng)

SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit

  • SMART法を用いた次世代シーケンス用Strand-Specificライブラリーの作製
  • わずか100 pg~100 ngのRNAからライブラリーを作製
  • イルミナ社シーケンサーに対応したindex配列を採用
  • 4時間以内にRNA-seqライブラリーを作製
  • GCリッチ、ATリッチサンプルに強いNGSに適したPCR酵素を含む
    polyA精製したRNAまたはrRNA除去をしたtotal RNA
RNA-Seq解析関連製品
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別)
キャンペーン価格
特記事項 説明書
データシート
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参考
資料
CLN 634836 Z4836N SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit
  • RNAシーケンス解析
  • ライセンス
12回 ¥206,000
¥164,800
2017/11/27~
2018/02/28

説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634837 Z4837N SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit
  • ライセンス
24回 ¥391,400
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634838 Z4838N SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit
  • ライセンス
48回 ¥669,500
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634839 Z4839N SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit
  • ライセンス
96回 ¥1,112,400
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634862 Z4862N SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit HT
  • ライセンス
96回 ¥1,112,400
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634861 Z4861N SMARTer® Stranded Total RNA Sample Prep Kit - Low Input Mammalian
  • ライセンス
24回 ¥618,000
説明書・データシート・ベクター情報

※色文字での表示は、キャンペーン価格およびそのキャンペーン期間です。

製品説明

SMARTer Stranded RNA-Seq Kitはイルミナ社シーケンサー用RNA-seqライブラリー作製キットである。本キットはわずか100 pg~100 ngのRNAを用いてライブラリーの作製が可能であり、作製されたライブラリーはmRNA鎖情報を99%以上の正確性で保持しているため、Strand-Specific RNA-seqに使用できる。本キットは逆転写反応にランダムプライマーを利用するため、真核生物および原核生物由来のRNAに対応可能である。RNAは、poly (A) RNAまたはrRNA除去済total RNAを使用する。本キットはSMARTテクノロジーの改良により、コード領域RNA及び非コード領域RNA由来の転写産物を網羅したライブラリーを作製できる。また、未反応のindexやadaptorは作業工程において除去される。本キットにより、イルミナ社シーケンサー用のRNA-seqライブラリーを4時間以内に作製することができる。
SMARTer Stranded RNA-Seq Kit HTは、8種類のForward Primerと12種類のReverse Primerを含んでおり、最大96インデックスが設定できるハイスループット解析向けのキットである。
SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - Low Input Mammalianは、ribosomal RNA除去試薬RiboGone – Mammalianを含むキットで、ribosomal RNAの除去からライブラリー調製まで、シームレスに行える。
また、これらキットはNGSに適したPCR酵素SeqAmp DNA Polymeraseを含んでいる。

図1.SMARTer Stranded RNA-Seq KitはRNA 100 ngまたは100 pgを用いた繰返し実験において再現性の高いデータが得られた。



図2.RNA量に1,000倍差のあるサンプル間の比較においても、高い再現性と同様の感度が示された。
ヒト脳poly(A) RNA 100 ngおよび100 pgから作製したcDNAライブラリーの発現解析結果(FPKM)を示す。



図3.12種類のインデックスを用いたcDNAライブラリーのイルミナ社 HiSeqシーケンサーによる解析
ゲノムDNAの各strandから転写されたリードは正確に区別されるため、転写産物の発現定量や正確なアノテーションが可能である。RNA-Seq リードの99%は特定のDNA鎖へ正確にマッピングされた。


表1.RNA量 100 pgを用いたテスト

正確に転写されたDNA鎖を特定することができ、また約15,000種類の遺伝子を検出することが可能であった。



図4.ERCC解析での高い再現性
事前に取得した複数のERCCデータセットの相対的転写産物量に本キットにより得られたFPKMをマップした。92個のERCCセットがスロープ=0.934、R2=0.9725でマップされた。



図5.作製cDNAライブラリーの生成量および純度
ヒトpoly(A) RNA 100 ng~100 pgから作製されたcDNAライブラリーの生成量、純度をアジレント2100バイオアナライザーを用いて分析した。cDNAの増幅に使用したサイクル数も示す。cDNAライブラリーはSeqAmp DNA Polymerase(本キットに含まれる)により増幅した。

内容

SMARTer Stranded RNA-Seq Kit(製品コード 634836~634839)は以下の3種類のセット品である。
  • SMARTer Stranded RNA-Seq Kit
    Box 1:
    SMARTer Stranded Oligonucleotide
    Control Mouse Liver Total RNA

    Box 2:
    SMART Stranded N6 Primer
    5X First-Strand Buffer (RNase-Free)
    dNTP Mix(dATP, dCTP, dGTP, dTTP, 各10 mM)
    Dithiothreitol(DTT)
    SMARTScribe Reverse Transcriptase
    Nuclease-Free Water
    RNase Inhibitor
    Stranded Elution Buffer
  • Illumina Indexing Primer Set(各12.5 μM)
    Universal Forward PCR Primer
    Reverse PCR Primer Index 1
    Reverse PCR Primer Index 2
    Reverse PCR Primer Index 3
    Reverse PCR Primer Index 4
    Reverse PCR Primer Index 5
    Reverse PCR Primer Index 6
    Reverse PCR Primer Index 7
    Reverse PCR Primer Index 8
    Reverse PCR Primer Index 9
    Reverse PCR Primer Index 10
    Reverse PCR Primer Index 11
    Reverse PCR Primer Index 12
  • SeqAmp DNA Polymerase
    SeqAmp DNA Polymerase
    SeqAmp PCR Buffer(2X)

保存

SMARTer Stranded Oligonucleotide、Control Mouse Liver Total RNA: -70℃
Stranded Elution Buffer :-20℃、溶解後は室温で保存可能
その他の試薬: -20℃

本製品以外に必要な試薬、機器(主なもの)

下記の製品は本キット中に含まれません。下記の製品はユーザーマニュアルに記載のProtocolで使用できることが確認されています。他製品では代替はできないため、ご注意ください。

・シングルチャンネルピペット: 10 μl、20 μlおよび200 μl
・フィルターピペットチップ: 10 μl、20 μlおよび200 μl

PCR 増幅
・PCR サーマルサイクラー
・High Sensitivity DNA Kit (Agilent社 Code. 5067-4626)
・Nuclease-free thin-wall PCR tube(0.2 ml ; USA Scientific社 Code. 1402-4700)
・Nuclease-free nonsticky 1.5-ml tube(USA Scientific社 Code. 1415-2600)

SPRI Bead精製
・Agencourt AMPure PCR Purification Kit(5 ml; Beckman Coulter社 Code. A63880、60 ml ; Beckman Coulter社 Code. A63881)
・MagnaBot II Magnetic Separation Device(プロメガ社 Code. V8351)
・80% Ethanol

リボソームRNAの除去:
本製品を用いたcDNA合成の前に、リボソームRNAを除去することを強くお勧めします。
リボゾームRNAの除去にはRiboGone-Mammalianをお使いください。

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注意事項
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