シングルセルからのDNAライブラリー調製

PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit

  • 再現性が高く、正確なCNV、SNVおよび染色体異数性を検出
  • シングルセルからのSNV検出で広く用いられているMDA技術より高性能
  • 30分未満のハンズオン時間で効率化された3時間のワークフロー
  • 低いアレルのドロップインとドロップアウト率で、均一な高カバレッジ

初めてお使いになる方には、お試し価格でご提供いたします。
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メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別)
キャンペーン価格
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データシート
ベクター情報
参考
資料
CLN R300669 RB3669 PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
  • ライセンス
24回 ¥134,000
¥107,200
2019/11/25~
2020/03/31

説明書・データシート・ベクター情報
CLN R300670 RB3670 PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
  • ライセンス
96回 ¥482,000
¥385,600
2019/11/25~
2020/03/31

説明書・データシート・ベクター情報
CLN R300698 RB3698 PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
  • ライセンス
384回 ¥1,580,000
¥1,264,000
2019/11/25~
2020/03/31

説明書・データシート・ベクター情報

※色文字での表示は、キャンペーン価格およびそのキャンペーン期間です。

※ 製品名の「SMARTer」はなくなりましたが、製品コード、価格、仕様等については変更ありません。

製品説明

PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit(PicoPLEX Gold Kit)は、シングルセルから高品質のイルミナ社NGS用DNAライブラリーを作製するキットである。 本キットは、特許を取得したPicoPLEXテクノロジーをベースにしており、コピー数変異体(CNV)、一塩基変異体(SNV)、Indel、および構造変異体(Structural Variant)の再現性のある検出に最適化されている。PicoPLEX Gold Kitは、SNV検出で広く用いられているMDA(Multiple Displacement Amplification)技術を上回る性能を示している。
PicoPLEX Gold Kitは従来のPicoPLEX Kitを再構成した製品であり、インデックスは含まれていないため、DNA Index Kitを別途購入する必要がある。
PicoPLEX WGA(PicoPLEX)のquasi-random priming技術は、固定または未固定のシングルセルからのCNV検出用全ゲノム増幅(WGA)としては、全世界でゴールドスタンダードである。 PicoPLEX技術は元々異数性およびCNVの再現性の高い検出用に開発されたが、SNVの正確な検出に対処するため、酵素、プライマー、およびプロトコールの最適化を行い、シーケンスカバレッジ、均一性、および正確性が改善された。
PicoPLEX Gold Kitはシンプルな4ステッププロトコールで、固定または非固定のシングルセルから最小のハンズオンタイムで、3時間以内にイルミナ社NGS用ライブラリーを作製できる。
SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq テクノロジー
図1.PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq テクノロジー

シングルセルから4つのステップで反応が完了する。
Step 1の細胞溶解で得られたgDNAを用いてquasi-random primerによりプレ増幅を行う(Step 2)。その後、指数関数的にライブラリー増幅を行う(Step 4)。


PicoPLEX Goldの主な特長: 包括的なカバレッジ、高い均一性と再現性 (MDA技術との比較)
図2.PicoPLEX Goldの主な特長: 包括的なカバレッジ、高い均一性と再現性 (MDA技術との比較)

Panel A:様々なdepthでカバーされた塩基数を示した。(~35 M read pair、PE 2×150 bp)。PicoPLEX Goldのカバレッジは、より低いdepthではMDA技術と同等で、より高いdepthでは高かった。
Panel B:gDNA (NA12878) およびシングルセルサンプル (GM12878)からのPicoPLEX GoldとMDA技術によるカバレッジパターン(75 kb window, chr2)の比較。MDA技術では、ゲノムに大きなギャップを残す傾向があるのに対し、PicoPLEX Goldはより均一なカバレッジを示している。
Panel C:100 kb binの total read数比較によるカバレッジの再現性。2種類のシングルセルライブラリーからの各ウィンドウ(100 kb bin)のtotal read数の再現性は、MDA技術(右)や他社の技術(データ未表示)と比較してPicoPLEX Goldは非常に高かった。


PicoPLEX Goldによる高品質のSNV検出
図3.PicoPLEX Goldによる高品質のSNV検出

Panel A:1細胞 (1c)、5細胞 (5c) またはNA12878 gDNA 15 pg (gDNA)を用いてMDA技術、PicoPLEX Gold (PP Gold)、およびPicoPLEX WGA (PP WGA)によるSNV(Single nucleotide variant)検出率の比較を行った。1細胞および5細胞は~35 M read pair、gDNAは~40 M read pairでシーケンスを行った。PicoPLEX Gold(青)の高い正確性とカバレッジは、MDA技術(グレー)とPicoPLEX WGA(紫)に比べて、より多くのSNVを検出した(2~9倍)。
Panel B:PicoPLEX Gold(青)のB-Allele頻度は0.5を中心に対称に分布され、アレルをバランス良く検出できた。PicoPLEX GoldはMDA技術(グレー)と比較してより優れたアレルバランスを示した。
Panel C:PicoPLEX Goldの偏りのない増幅は、最も低いAllele Drop-out率(偽陰性)率を示した。
Panel D:PicoPLEX Glod(青)で使用されているポリメラーゼは高い正確性を持つため、Allele drop-in rateがMDA技術(グレー)に匹敵し、PicoPLEX WGA(紫)よりも大幅に低かった。

内容

PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
・Cell Extraction Buffer (Red)
・Cell Extraction Enzyme (Red)
・PreAmp Buffer (White)
・PreAmp Enzyme (White)
・Amplification Buffer(Blue)
・Amplification Enzyme (Blue)
・Nuclease-Free Water (Clear)

保存

-20℃

本製品以外に必要な試薬、機器(主なもの)

・サーマルサイクラー
・微量高速遠心機
・PCRチューブまたは 96-well PCRプレートとシール
・ピペットチップ
・80% (v/v) エタノール
・PBS
・single donor reference DNA (positive control)
・Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter, Cat No.A63880)

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