シングルセルからのDNAライブラリー調製

SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit

  • 再現性が高く、正確なCNV、SNVおよび染色体異数性を検出
  • シングルセルからのSNV検出で広く用いられているMDA技術より高性能
  • 30分未満のハンズオン時間で効率化された3時間のワークフロー
  • 低いアレルのドロップインとドロップアウト率で、均一な高カバレッジ
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製品コード TaKaRa
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CLN R300669 RB3669 SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit
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  • SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit新発売20%OFFキャンペーン
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24回 ¥134,000
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2018/09/12~
2018/10/31

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CLN R300670 RB3670 SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit
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96回 ¥482,000
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2018/09/12~
2018/10/31

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CLN R300698 RB3698 SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit
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384回 ¥1,580,000
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CLN R400695 RB4695 SMARTer® DNA Single Index Kit - 12S Set A
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96回 ¥54,000
CLN R400664 RB4664 SMARTer® DNA HT Dual Index Kit - 24N
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CLN R400660 RB4660 SMARTer® DNA HT Dual Index Kit - 96N Set A
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CLN R400661 RB4661 SMARTer® DNA HT Dual Index Kit - 96N Set B
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CLN R400662 RB4662 SMARTer® DNA HT Dual Index Kit - 96N Set C
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CLN R400663 RB4663 SMARTer® DNA HT Dual Index Kit - 96N Set D
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CLN R400665 RB4665 SMARTer® DNA Unique Dual Index Kit - 24U Set A
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48回 ¥49,200
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CLN R400666 RB4666 SMARTer® DNA Unique Dual Index Kit - 24U Set B
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CLN R400667 RB4667 SMARTer® DNA Unique Dual Index Kit - 24U Set C
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CLN R400668 RB4668 SMARTer® DNA Unique Dual Index Kit - 24U Set D
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48回 ¥49,200
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※色文字での表示は、キャンペーン価格およびそのキャンペーン期間です。

製品説明

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit(PicoPLEX Gold Kit)は、シングルセルから高品質のイルミナ社NGS用DNAライブラリーを作製するキットである。 本キットは、特許を取得したPicoPLEXテクノロジーをベースにしており、コピー数変異体(CNV)、一塩基変異体(SNV)、Indel、および構造変異体(Structural Variant)の再現性のある検出に最適化されている。PicoPLEX Gold Kitは、SNV検出で広く用いられているMDA(Multiple Displacement Amplification)技術を上回る性能を示している。
PicoPLEX Gold Kitは従来のPicoPLEX Kitを再構成した製品であり、インデックスは含まれていないため、本キットで性能を確認されたインデックスキットを別途購入する必要がある。
PicoPLEX WGA(PicoPLEX)のquasi-random priming技術は、固定または未固定のシングルセルからのCNV検出用全ゲノム増幅(WGA)としては、全世界でゴールドスタンダードである。 PicoPLEX技術は元々異数性およびCNVの再現性の高い検出用に開発されたが、SNVの正確な検出に対処するため、酵素、プライマー、およびプロトコールの最適化を行い、シーケンスカバレッジ、均一性、および正確性が改善された。
PicoPLEX Gold Kitはシンプルな4ステッププロトコールで、固定または非固定のシングルセルから最小のハンズオンタイムで、3時間以内にイルミナ社NGS用ライブラリーを作製できる。
SMARTer DNA Single Index Kit
SMARTer DNA Single Index Kitは、SMARTer ThruPLEX KitおよびSMARTer PicoPLEX Kitで使用するために設計されたイルミナ社シーケンサーでのマルチプレックスシーケンシング用のライブラリーを構築するためのインデックスキットである。本キットには、イルミナ社TruSeq Single Index Kitのインデックス配列を持つインデックスPCRプライマーが含まれており、最大24個のサンプルのマルチプレックス解析が可能なsingle indexを提供する。インデックスPCRプライマーは12本のチューブに予め分注されたセットが2種類提供され、それぞれ最大のsingle indexの組み合わせの2分の1ずつを含んでいる。(製品コード R400695、R400697)。各single indexチューブ(12S Set A、12S Set B)には、最大8回の使用に十分な容量が含まれる。
SMARTer DNA HT Dual Index Kit
SMARTer DNA HT Dual Index Kitは、SMARTer ThruPLEXおよびSMARTer PicoPLEX Kitで使用するために設計された、イルミナ社シーケンサーでのマルチプレックスシーケンシング用のライブラリーを構築するためのインデックスキットである。
本キットには、イルミナ社Nextera XT Index Kit v2のインデックス配列を持つインデックスPCRプライマーが含まれており、最大384個のサンプルのマルチプレックス解析が可能なdual indexを提供する。インデックスPCRプライマーは、異なるインデックスプレートに分注された製品をご用意しており、それぞれ最大のdual indexの組み合わせの4分の1ずつを含んでいる(製品コード R400660~R400663)。またSMARTer DNA HT Dual Index Kit - 24N(製品コード R400664)は異なるdual indexコンビネーションを含む24本のチューブのセットである。各dual indexチューブ(24N)には、最大2回の使用に十分な容量が含まれる。dual indexプレート(96N Set A~D)の各ウェルには、1回の使用に十分な量が含まれる。
SMARTer DNA Unique Dual Index Kit
SMARTer DNA Unique Dual Index Kitは、SMARTer ThruPLEXおよびSMARTer PicoPLEX Kitで使用するために設計され、イルミナ社シーケンサーでのマルチプレックスシーケンシング用のライブラリーを構築するためのインデックスキットである。これらのキットには“IDT for Illumina UD”ユニークデュアルインデックス配列を持つインデックスPCRプライマーが含まれており、最大96個のサンプルのマルチプレックス解析が可能なdual indexを提供する。インデックスPCRプライマーは24本のチューブに予め分注されたセットを4種類ご用意しており、それぞれ最大のdual indexの組み合わせの4分の1ずつを含んでいる。(製品コード R400665~R400668)。各dual indexチューブ(24U Set A~D)には、最大2回の使用に十分な容量が含まれる。
SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq テクノロジー
図1.SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq テクノロジー

シングルセルから4つのステップで反応が完了する。
Step 1の細胞溶解で得られたgDNAを用いてquasi-random primerによりプレ増幅を行う(Step 2)。その後、指数関数的にライブラリー増幅を行う(Step 4)。


PicoPLEX Goldの主な特長: 包括的なカバレッジ、高い均一性と再現性 (MDA技術との比較)
図2.PicoPLEX Goldの主な特長: 包括的なカバレッジ、高い均一性と再現性 (MDA技術との比較)

Panel A:様々なdepthでカバーされた塩基数を示した。(~35 M read pair、PE 2×150 bp)。PicoPLEX Goldのカバレッジは、より低いdepthではMDA技術と同等で、より高いdepthでは高かった。
Panel B:gDNA (NA12878) およびシングルセルサンプル (GM12878)からのPicoPLEX GoldとMDA技術によるカバレッジパターン(75 kb window, chr2)の比較。MDA技術では、ゲノムに大きなギャップを残す傾向があるのに対し、PicoPLEX Goldはより均一なカバレッジを示している。
Panel C:100 kb binの total read数比較によるカバレッジの再現性。2種類のシングルセルライブラリーからの各ウィンドウ(100 kb bin)のtotal read数の再現性は、MDA技術(右)や他社の技術(データ未表示)と比較してPicoPLEX Goldは非常に高かった。


PicoPLEX Goldによる高品質のSNV検出
図3.PicoPLEX Goldによる高品質のSNV検出

Panel A:1細胞 (1c)、5細胞 (5c) またはNA12878 gDNA 15 pg (gDNA)を用いてMDA技術、PicoPLEX Gold (PP Gold)、およびPicoPLEX WGA (PP WGA)によるSNV(Single nucleotide variant)検出率の比較を行った。1細胞および5細胞は~35 M read pair、gDNAは~40 M read pairでシーケンスを行った。PicoPLEX Gold(青)の高い正確性とカバレッジは、MDA技術(グレー)とPicoPLEX WGA(紫)に比べて、より多くのSNVを検出した(2~9倍)。
Panel B:PicoPLEX Gold(青)のB-Allele頻度は0.5を中心に対称に分布され、アレルをバランス良く検出できた。PicoPLEX GoldはMDA技術(グレー)と比較してより優れたアレルバランスを示した。
Panel C:PicoPLEX Goldの偏りのない増幅は、最も低いAllele Drop-out率(偽陰性)率を示した。
Panel D:PicoPLEX Glod(青)で使用されているポリメラーゼは高い正確性を持つため、Allele drop-in rateがMDA技術(グレー)に匹敵し、PicoPLEX WGA(紫)よりも大幅に低かった。

内容

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
・Cell Extraction Buffer (Red)
・Cell Extraction Enzyme (Red)
・PreAmp Buffer (White)
・PreAmp Enzyme (White)
・Amplification Buffer(Blue)
・Amplification Enzyme (Blue)
・Nuclease-Free Water (Clear)

SMARTer DNA HT Dual Index Kit - 24N:
N1-N24 SMARTer DNA HT Dual Index (5 μM)

SMARTer DNA HT Dual Index Kit - 96N Set A~Set D:
1 Dual Index plate (96N Set A~Set D) (5 μM)

SMARTer DNA Unique Dual Index Kit – 24U Set A:
U1 –U24 SMARTer DNA Unique Dual Index (5 μM)

SMARTer DNA Unique Dual Index Kit – 24U Set B:
U25 –U48 SMARTer DNA Unique Dual Index (5 μM)

SMARTer DNA Unique Dual Index Kit – 24U Set C:
U49 –U72 SMARTer DNA Unique Dual Index (5 μM)

SMARTer DNA Unique Dual Index Kit – 24U Set D:
U73 –U96 SMARTer DNA Unique Dual Index (5 μM)

保存

-20℃

本製品以外に必要な試薬、機器(主なもの)

・サーマルサイクラー
・微量高速遠心機
・PCRチューブまたは 96-well PCRプレートとシール
・ピペットチップ
・80% (v/v) エタノール
・PBS
・single donor reference DNA (positive control)
・Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter, Cat No.A63880)

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