T4 DNA Ligase
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Q1 平滑末端と突出末端におけるライゲーション効率の差は？
A1 末端塩基配列にもよりますが（使用上の注意参照）、突出末端の方が100倍以上ライゲーションしやすくなります。
Q2 分子内ライゲーションより分子間ライゲーションが起こりやすくなるDNA濃度は？
A2 DNAの大きさにもよりますが、DNA濃度は薄ければ薄いほど分子内ライゲーションが起こりやすくなります。
理論上、計算式：51.1/（DNA濃度：g/l）÷（分子量：dalton）0.5の値が1より小さいと分子間ライゲーションの方が、2より大きいと分子内ライゲーションの方が起こりやすくなります5)。
例）
理論上、計算式：51.1/（DNA濃度：g/l）÷（分子量：dalton）0.5の値が1より小さいと分子間ライゲーションの方が、2より大きいと分子内ライゲーションの方が起こりやすくなります5)。
例）
| λDNA （48,502 bp) |
→ | 1 μg/100 μlより濃いと分子間ライゲーションの方が起こりやすい。 1 μg/200 μlより薄いと分子内ライゲーションの方が起こりやすい。 |
| プラスミドベクター （約3,000 bp） |
→ | 1 μg/25 μlより濃いと分子間ライゲーションの方が起こりやすい。 1 μg/50 μlより薄いと分子内ライゲーションの方が起こりやすい。 |
Q3 10％ポリエチレングリコール存在下、トランスフォーメーションをしてもよいのか？
A3 コンピテントセル100 μlあたりライゲーション溶液（10％PEGを含む）は10 μlまでなら大丈夫ですが、できればエタノール沈殿を行いバッファー交換する方が望ましいでしょう。
Q4 DNAを環状にしたいが塩濃度（NaCl、KCl等）はどのくらいがよいか？
A4 環状にしたい（セルフライゲーション）場合は一価の塩を含まないバッファーで行ってください。PEGと高塩濃度で促進されるのは分子間ライゲーションであり、分子内ライゲーションは塩濃度を含まないバッファーで行う方がよい結果が得られます。
Q5 力価表示が、文献値や他社の表示と異なっているが？
A5 タカラバイオのT4 DNA Ligaseは、λ-DNA Hind III分解物のライゲーション効率により力価を定義しているため、ATP-PPi交換反応で測定した力価表示（Weiss Unit）とは異なっています。
1 Weiss Unitは、タカラバイオのT4 DNA Ligaseの約125 Uに相当します。
1 Weiss Unitは、タカラバイオのT4 DNA Ligaseの約125 Uに相当します。
