PCR酵素の使用文献紹介

■病原体研究での使用例

• SARS-CoV-2機能解析法の研究において、ウイルスcDNA断片の増幅にPrimeSTAR Max DNA Polymeraseを使用
  Liu,G., et al.（2023）. An optimized circular polymerase extension reaction-based method for functional analysis of SARS-CoV-2. Virol J. 7;20（1）.
• SARS-CoV-2のオミクロン株の研究において、SARS-CoV-2関連配列の増幅にPrimeSTAR GXL DNA Polymeraseを使用
  Chen, D., et al.,（2023）. Spike and nsp6 are key determinants of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 attenuation. Nature, 615.143-150.
• マダニの病原性Rickettsia属菌感染率の研究において、ompB, sca4, gltA, 16S ribosomal DNA（rrs）, およびompA遺伝子増幅にPrimeSTAR GXL Premix Fast, Dye plusを使用
  Qi, Y., et al.,（2022）. High prevalence of Rickettsia spp. in ticks from wild hedgehogs rather than domestic bovine in Jiangsu province, Eastern China. Front Cell Infect Microbiol. 12. 954785.

■がん研究での使用例

• EZH2を治療標的としたがん研究において、truncated EZH2のクローニングにPrimeSTAR Max DNA Polymeraseを使用
  Mei,H., et al.（2023）. Discovery of IHMT-337 as a potent irreversible EZH2 inhibitor targeting CDK4 transcription for malignancies. Signal Transduct Target Ther. 2023; 8: 18.
• p63アイソフォームTA-p63の研究において、ゲノムDNAから目的領域の増幅（0.5-2.4 kbp）にPrimeSTAR Max DNA Polymeraseを使用
  Katoh, I., et al.（2023）. ΔNp63 silencing, DNA methylation shifts, and epithelial-mesenchymal transition resulted from TAp63 genome editing in squamous cell carcinoma. Neoplasia, 45: 100938.

■遺伝性疾患・エピゲノム研究での使用例

• エピゲノムプロファイリングの研究において、シークエンス解析を行うためのライブラリー調製にPrimeSTAR Max DNA Polymeraseを使用
  Llorens-Bobadilla,E., et al.（2023）. Solid-phase capture and profiling of open chromatin by spatial ATAC. Nat Biotechnol, 41（8）, 1085-1088.
• 遺伝性疾患の治療アプローチの研究において、ATM断片のクローニングにPrimeSTAR GXL DNA Polymeraseを使用
  Kim, J., et al.,（2023）. A framework for individualized splice-switching oligonucleotide therapy. Nature, 619.828-836.
• 遺伝子量補償 Dosage compensation（DC）の調節因子に関する研究において、SOA遺伝子のクローニングにPrimeSTAR GXL DNA Polymeraseを使用
  Kalita et al., （2023）. The sex-specific factor SOA controls dosage compensation in Anopheles mosquitoes. Nature, 623（7985）.

■CRISPR・Cas9構造研究での使用例

• CRISPR–Csm複合体を用いた真核生物のRNA標的化ツールに関する研究において、培養細胞ゲノムDNAからCKB遺伝子座の増幅にPrimeSTAR GXL DNA Polymeraseを使用
  Colognori, D., et al.（2023）. Precise transcript targeting by CRISPR-Csm complexes. Nat. Biotechnol. 41.1256-1264.
• Cas9に近縁のIsrBの構造解析研究において、TAM（target-adjacent motif）のクローニングにPrimeSTAR Max DNA Polymeraseを使用
  Hirano,S., et al.（2022）. Structure of the OMEGA nickase IsrB in complex with ωRNA and target DNA. Nature, （610）, 575-581.

■Long-read sequencing（PacBio）での使用例

• 長鎖PCR条件の探索研究において、FLG exon 3（12,753 bp）の増幅にPrimeSTAR GXL DNA Polymeraseを使用
  Mareso, C., et al.（2023）. Optimization of long-range PCR protocol to prepare filaggrin exon 3 libraries for PacBio long-read sequencing. Mol Biol Rep. 50（4）.

■NGSにおけるAmplicon調製での使用例

• PrimeSTAR GXL DNA Polymeraseを用いてPKD1およびPKD2領域から2.3-10.8 kbのAmpliconを調製。常染色体優性多発性嚢胞腎の原因とされる突然変異をMiseqで解析
  Tan, Adrian Y., et al. （2014）. Molecular diagnosis of autosomal dominant polycystic kidney disease using next-generation sequencing. The Journal of Molecular Diagnostics, 16（2）, 216-228.
• CAGの3塩基繰り返し配列を含む1.5 kb断片をPrimeSTAR GXL DNA Polymeraseで増幅しライブラリ調製に使用。PacBioでlong-read sequencing解析を実施
  Liu, Qian, et al. （2017）. Interrogating the“unsequenceable”genomic trinucleotide repeat disorders by long-read sequencing. Genome medicine, 9（1）, 65.
• Neuronal mtDNA（ミトコンドリアDNA）の特定領域9 kbをPrimeSTAR GXL DNA Polymeraseで増幅、HiSeq 2500でdeep sequencingし、これまでにない高感度でmtDNAの欠失を検出した。
  Nido, Gonzalo S., et al. （2018）. Ultradeep mapping of neuronal mitochondrial deletions in Parkinson’s disease. Neurobiology of aging, 63, 120-127.
• PrimeSTAR GXL DNA PolymeraseとTaKaRa LA Taqを用いてHLA class I領域の全長およびHLA class IIの特定領域を増幅、PacBioで配列決定し、HLA typingを行った。
  Turner, Thomas R., et al. （2017）. Single molecule real‐time DNA sequencing of HLA genes at ultra‐high resolution from 126 International HLA and Immunogenetics Workshop cell lines. HLA.
• Red-Eared Slider Turtle（ミシシッピアカミミガメ）のAromatase遺伝子領域をPrimeSTAR GXL DNA Polymeraseでnested PCR（25 kb → 9 kb、10 kb、10 kbの3断片）。3断片からライブラリ調製し、Miseqで配列解析
  Matsumoto, Yuiko, and David Crews. （2017）. Genetic Polymorphisms in Aromatase （cyp19a1） Are Not Associated with Gonadal Phenotypes in Red-Eared Slider Turtle Hatchlings Developed at a Pivotal Temperature. Sexual Development, 11（3）, 151-160.

■細胞・臨床検体・糞便での使用例

• DNA二本鎖切断を必要としない遺伝子編集研究において、細胞コロニーからのDNAシークエンス解析用PCR増幅にMightyAmp DNA Polymerase Ver.2を使用
  Nakajima et al., Precise and efficient nucleotide substitution near genomic nick via noncanonical homology-directed repair. Genome Res. 2018 Feb; 28(2)
• 遺伝性心筋症の治療法研究において、家畜豚のクローン細胞由来の遺伝子変異検出のための細胞からのダイレクトPCR増幅にMightyAmp DNA Polymerase Ver.2を使用
  Matsunari et al., Pigs with δ-sarcoglycan deficiency exhibit traits of genetic cardiomyopathy. Lab Invest. 2020; 100(6): 887-899.
• 臨床検体中の結核菌検出法の開発に関する研究において、臨床検体より抽出したDNAを鋳型にした結核菌トランスポゾンIS1081のPCR増幅にMightyAmp DNA Polymerase Ver.3を使用
  Ren et al., Development and clinical evaluation of a CRISPR/Cas13a-based diagnostic test to detect Mycobacterium tuberculosis in clinical specimens. Front Microbiol. 2023; 14: 1117085.
• 主食による腸内細菌叢への影響を調べた研究において、糞便サンプル中の16S rRNA遺伝子配列解析用のライブラリー調製にMightyAmp DNA Polymerase Ver.2を使用
  Mano et al., The Effect of White Rice and White Bread as Staple Foods on Gut Microbiota and Host Metabolism. Nutrients. 2018 Sep; 10(9): 1323.

■植物検体・考古学標本での使用例

• リンドウの花の色の濃さを決定づける因子の同定した研究において、リンドウの葉より抽出されたDNAを鋳型にしたmini zinc-fingerタンパクのホモログであるGtMIF1遺伝子のPCR増幅にMightyAmp DNA Polymerase Ver.3を使用
  Tasaki et al., Identification of Candidate Genes Responsible for Flower Colour Intensity in Gentiana triflora. Front Plant Sci. 2022 Jun 22:13:906879.
• 考古学標本のゼラチンの動物種同定研究において、ゼラチンより抽出精製したDNAを鋳型にした様々な生物種（rabbit, fishなど）のミトコンドリア関連遺伝子（COI、ATP8、ATP6など）のPCR増幅にMightyAmp DNA Polymerase Ver.3を使用
  Kuramata et al., Animal species identification utilising DNAs extracted from traditionally manufactured gelatin（Wanikawa）. Heritage Science. 2022 10;183.