SMART-Seq Single Cell Kitは、シングルセルや核からのRNA-Seqに適した高感度で再現性の高いcDNA調製キットである。RNAを抽出することなく、シングルセルから直接、高品質な全長のcDNAを調製することができる。調製したcDNAはllluminaプラットフォーム用のライブラリー調製キットに使用できる。本キットは、SMART-Seqテクノロジーを改良してシングルセル解析専用に設計されており、SMART-Seq2などの既存の方法、およびタカラバイオの従来のキット(SMART-Seq v4)に比べて、はるかに優れたシングルセルRNA-Seqライブラリーの作製が可能となる。本キットは、2 pgのtotal RNA、およびRNA含有量が低いことが知られている末梢血単核細胞(PBMC)などのシングルセルで性能を確認済みである。
SMART-Seq Single Cell PLUS Kitは、シングルセルからRNA-Seqに適した高品質のイルミナ社シーケンサー用のライブラリーを調製するために設計された完全なキットである。 SMART-Seq Single Cell PLUS Kitには、SMART-Seq Single Cell Kitと、完全長cDNAの断片化を行うためのSMART-Seq Library Prep Kitおよびインデックスを付加するためのUnique Dual Index Kitが含まれている。Unique Dual Indexを使用することにより最大96サンプルのマルチプレックス解析が可能になる。
パネルB:SMART-Seq Single Cell Kitでは、SMART-Seq2に比べて多くの遺伝子が検出された。
図2.SMART-Seq v4との比較
パネルA:リンパ芽球様細胞株GM22601の12個のシングルセルからSMART-Seq Single Cell Kit (SSsc)、またはSMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing(SSv4;製品コード 634888など)を用いてcDNAを調製した(各19サイクルで増幅)。cDNAの収量は、SMART-Seq Single Cell Kitの方が大幅に多い結果となった。
パネルB:シングルドナーから採取したPBMC約50個のシングルセルからSMART-Seq Single Cell Kit、またはSMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for SequencingでcDNAを調製し、RNA-Seqライブラリーを作製してシーケンス解析を行った。解析に使用したリード数に関係なく、SMART-Seq Single Cell KitではSMART-Seq v4の1.6倍以上の遺伝子が検出された。
SMART-Seqテクノロジーをシングルセル解析用に改良したSMART-Seq Single Cell Kitの優れた感度が示された。
図3.SMART-Seq Single Cell PLUS KitとNextera XTとの比較
Panel A:SMART-Seq Single Cell Kitを使用して10 pgのマウス脳total RNAから3連でcDNAを作成した。 次に、SMART-Seq Single Cell PLUS Kitに含まれるSMART-Seq Library Prep KitまたはNextera XT Kitを使用して、Illumina社シーケンサー用のライブラリーを調製した。 ライブラリーを4M paired-end リードにノーマライズし、NextSeq500でシーケンスを行った。
Panel B:SMART-Seq Single Cell PLUS KitはNextera XTより高収量のライブラリーが得られた。
Panel C:SMART-Seq Single Cell PLUS Kitは、Nextera XTと比較してより多くの遺伝子が同定できた。
内容
SMART-Seq Single Cell Kit (製品コード 634470/634471/634472)
Package 1
Control Total RNA(1 μg/μl)
Package 2
10×Lysis Buffer
RNase Inhibitor (40 U/μl)
Nuclease-Free Water
SMART-Seq sc TSO
3'SMART-Seq CDS Primer II A
SMARTScribe II Reverse Transcriptase
SMART-Seq sc First Strand Buffer (5X)
SeqAmp DNA Polymerase
SeqAmp CB PCR Buffer (2X)
PCR Primer
Elution Buffer (10 mM Tris-Cl, pH 8.5)