シングルセルからのDNAライブラリー調製
- 再現性が高く、正確なCNV、SNVおよび染色体異数性を検出
- シングルセルからのSNV検出で広く用いられているMDA技術より高性能
- 30分未満のハンズオン時間で効率化された3時間のワークフロー
- 低いアレルのドロップインとドロップアウト率で、均一な高カバレッジ
製品説明
- PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
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PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit（PicoPLEX Gold Kit）は、シングルセルから高品質のイルミナ社NGS用DNAライブラリーを作製するキットである。 本キットは、特許を取得したPicoPLEXテクノロジーをベースにしており、コピー数変異体（CNV）、一塩基変異体（SNV）、Indel、および構造変異体（Structural Variant）の再現性のある検出に最適化されている。PicoPLEX Gold Kitは、SNV検出で広く用いられているMDA(Multiple Displacement Amplification）技術を上回る性能を示している。
PicoPLEX Gold Kitは従来のPicoPLEX Kitを再構成した製品であり、インデックスは含まれていないため、DNA Index Kitを別途購入する必要がある。
PicoPLEX WGA（PicoPLEX）のquasi-random priming技術は、固定または未固定のシングルセルからのCNV検出用全ゲノム増幅（WGA）としては、全世界でゴールドスタンダードである。 PicoPLEX技術は元々異数性およびCNVの再現性の高い検出用に開発されたが、SNVの正確な検出に対処するため、酵素、プライマー、およびプロトコールの最適化を行い、シーケンスカバレッジ、均一性、および正確性が改善された。
PicoPLEX Gold Kitはシンプルな4ステッププロトコールで、固定または非固定のシングルセルから最小のハンズオンタイムで、3時間以内にイルミナ社NGS用ライブラリーを作製できる。
シングルセルから4つのステップで反応が完了する。
Step 1の細胞溶解で得られたgDNAを用いてquasi-random primerによりプレ増幅を行う(Step 2)。その後、指数関数的にライブラリー増幅を行う（Step 4）。
Panel A：様々なdepthでカバーされた塩基数を示した。(～35 M read pair、PE 2×150 bp)。PicoPLEX Goldのカバレッジは、より低いdepthではMDA技術と同等で、より高いdepthでは高かった。
Panel B：gDNA (NA12878) およびシングルセルサンプル (GM12878)からのPicoPLEX GoldとMDA技術によるカバレッジパターン（75 kb window, chr2)の比較。MDA技術では、ゲノムに大きなギャップを残す傾向があるのに対し、PicoPLEX Goldはより均一なカバレッジを示している。
Panel C：100 kb binの total read数比較によるカバレッジの再現性。2種類のシングルセルライブラリーからの各ウィンドウ（100 kb bin）のtotal read数の再現性は、MDA技術（右）や他社の技術（データ未表示）と比較してPicoPLEX Goldは非常に高かった。
Panel A：1細胞 (1c)、5細胞 (5c) またはNA12878 gDNA 15 pg (gDNA)を用いてMDA技術、PicoPLEX Gold (PP Gold)、およびPicoPLEX WGA (PP WGA)によるSNV（Single nucleotide variant）検出率の比較を行った。1細胞および5細胞は～35 M read pair、gDNAは～40 M read pairでシーケンスを行った。PicoPLEX Gold（青）の高い正確性とカバレッジは、MDA技術（グレー）とPicoPLEX WGA（紫）に比べて、より多くのSNVを検出した（2～9倍）。
Panel B：PicoPLEX Gold（青）のB-Allele頻度は0.5を中心に対称に分布され、アレルをバランス良く検出できた。PicoPLEX GoldはMDA技術（グレー）と比較してより優れたアレルバランスを示した。
Panel C：PicoPLEX Goldの偏りのない増幅は、最も低いAllele Drop-out率（偽陰性）率を示した。
Panel D：PicoPLEX Glod（青）で使用されているポリメラーゼは高い正確性を持つため、Allele drop-in rateがMDA技術（グレー）に匹敵し、PicoPLEX WGA（紫）よりも大幅に低かった。
内容
- PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
-
・Cell Extraction Buffer (Red)
・Cell Extraction Enzyme (Red)
・PreAmp Buffer (White)
・PreAmp Enzyme (White)
・Amplification Buffer(Blue)
・Amplification Enzyme (Blue)
・Nuclease-Free Water (Clear)
保存
－20℃
本製品以外に必要な試薬、機器（主なもの）
・サーマルサイクラー
・微量高速遠心機
・PCRチューブまたは 96-well PCRプレートとシール
・ピペットチップ
・80％ (v/v) エタノール
・PBS
・single donor reference DNA (positive control)
・Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter, Cat No.A63880)
・微量高速遠心機
・PCRチューブまたは 96-well PCRプレートとシール
・ピペットチップ
・80％ (v/v) エタノール
・PBS
・single donor reference DNA (positive control)
・Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter, Cat No.A63880)
Technical Notes
High-resolution CNV detection using PicoPLEX Gold DNA-Seq
全ゲノム増幅と変異解析パネルによるCNVとSNV同時解析（英語）
単一細胞からのCNVおよびSNV検出のための次世代全ゲノム増幅法（英語）
シングルセルからの全ゲノム増幅（英語）
がんにおけるHLAタイピング（英語）
アルツハイマー病のシングルセル解析（英語）
がんアプリケーションにおけるシングルセル解析（英語）
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