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シングルセルから4つのステップで反応が完了する。 Step 1の細胞溶解で得られたgDNAを用いてquasi-random primerによりプレ増幅を行う(Step 2)。その後、指数関数的にライブラリー増幅を行う(Step 4)。
Panel A:様々なdepthでカバーされた塩基数を示した。(~35 M read pair、PE 2×150 bp)。PicoPLEX Goldのカバレッジは、より低いdepthではMDA技術と同等で、より高いdepthでは高かった。 Panel B:gDNA (NA12878) およびシングルセルサンプル (GM12878)からのPicoPLEX GoldとMDA技術によるカバレッジパターン(75 kb window, chr2)の比較。MDA技術では、ゲノムに大きなギャップを残す傾向があるのに対し、PicoPLEX Goldはより均一なカバレッジを示している。 Panel C:100 kb binの total read数比較によるカバレッジの再現性。2種類のシングルセルライブラリーからの各ウィンドウ(100 kb bin)のtotal read数の再現性は、MDA技術(右)や他社の技術(データ未表示)と比較してPicoPLEX Goldは非常に高かった。
Panel A:1細胞 (1c)、5細胞 (5c) またはNA12878 gDNA 15 pg (gDNA)を用いてMDA技術、PicoPLEX Gold (PP Gold)、およびPicoPLEX WGA (PP WGA)によるSNV(Single nucleotide variant)検出率の比較を行った。1細胞および5細胞は~35 M read pair、gDNAは~40 M read pairでシーケンスを行った。PicoPLEX Gold(青)の高い正確性とカバレッジは、MDA技術(グレー)とPicoPLEX WGA(紫)に比べて、より多くのSNVを検出した(2~9倍)。 Panel B:PicoPLEX Gold(青)のB-Allele頻度は0.5を中心に対称に分布され、アレルをバランス良く検出できた。PicoPLEX GoldはMDA技術(グレー)と比較してより優れたアレルバランスを示した。 Panel C:PicoPLEX Goldの偏りのない増幅は、最も低いAllele Drop-out率(偽陰性)率を示した。 Panel D:PicoPLEX Glod(青)で使用されているポリメラーゼは高い正確性を持つため、Allele drop-in rateがMDA技術(グレー)に匹敵し、PicoPLEX WGA(紫)よりも大幅に低かった。
High-resolution CNV detection using PicoPLEX Gold DNA-Seq 全ゲノム増幅と変異解析パネルによるCNVとSNV同時解析(英語) 単一細胞からのCNVおよびSNV検出のための次世代全ゲノム増幅法(英語) シングルセルからの全ゲノム増幅(英語) がんにおけるHLAタイピング(英語) アルツハイマー病のシングルセル解析(英語) がんアプリケーションにおけるシングルセル解析(英語)
Library Quantification Kit SMART-Seq® Single Cell Kit SMART-Seq® HT Kit PicoPLEX® Single Cell WGA Kit v3
PicoPLEX® Gold Sigle Cell DNA-Seq Kit Q&A ThruPLEX®/PicoPLEX® Kit 共通Q&A
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