ThruPLEX® Tag-seq Kit

1,600万以上の分子バーコード付きライブラリー調製
  • 1～50 ngセルフリーDNAや断片化dsDNAからイルミナ社NGS用ライブラリーを作製
  • 1,600万種以上の分子バーコード付加によりシーケンスエラーや増幅エラーを高精度に区別可能
  • 1チューブ、2時間の調製時間、3 stepの迅速でシンプルなワークフロー
  • Strand NGS、CurioやオープンソフトウェアConnorにより分子バーコードのデータ解析可能
製品コード メーカー
略称		 製品名 容量 価格（税別） 特記事項 説明書、CoA
データシート
ベクター情報		 参考資料 カート
Takara Code
R400584

CLN

Clontech
 ThruPLEX® Tag-seq 6S (12) Kit
ライセンス
12回 ￥151,000
 説明書・データシート・ベクター情報 個
RB4584
R400585

CLN

Clontech
 ThruPLEX® Tag-seq 48S Kit
ライセンス
48回 ￥505,000
 説明書・データシート・ベクター情報 個
RB4585
R400586

CLN

Clontech
 ThruPLEX® Tag-seq 96D Kit
取寄 ライセンス
96回 ￥872,000
 在庫に限りのある製品の為、数量と納期はご相談下さい。 説明書・データシート・ベクター情報 個
RB4586
プロトコール：採血・血漿の調製方法
プロトコール：SureSelect XTとの組合せ
プロトコール：SeqCap EZとの組合せ
カートにいれる

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製品説明

ThruPLEX Tag-seq Kitは、血漿からのセルフリーDNAや断片化dsDNAから、独自のThruPLEX技術により、分子バーコード（UMI）とサンプルインデックスが付加されたNGS用ライブラリーを作製するキットである。ThruPLEX Tag-seq KitのStem-Loopアダプターは、1,600万種以上の配列からなるUMIを含んでいるため、PCR増幅前に個々のDNA断片にUMIを付加できる。その結果、NGSデータ解析で偽陽性率を低減させ、より正確なピークベースコールを行うことができる。さらに、Agilent SureSelect、Roche NimbleGen SeqCap EZ、IDT xGEN Lockdown Probeなどの主要なTarget Enrichmentプラットフォームで特定ターゲット領域を濃縮することにより、低頻度の変異を検出することもできる。
＊ PCR産物をサンプルとして使用する場合は、5’リン酸化プライマーを用いてPCRを行ってください。
製品名製品コードインデックスの種類
ThruPLEX Tag-seq 6S (12) KitR4005846種類シングルインデックス
ThruPLEX Tag-seq 48S KitR40058548種類シングルインデックス
ThruPLEX Tag-seq 96D KitR40058696種類デュアルインデックス
ThruPLEX Tag-seq Kitの1チューブワークフロー 　ThruPLEX Taq-seq Single-Tube Workflow
図1. ThruPLEX Tag-seq Kitの1チューブワークフロー

ThruPLEX Tag-seq Kitは、エンドリペア、アダプターライゲーション、ライブラリー増幅の3ステップで構成されており、1～50 ng DNAからUMIとインデックが付加されたライブラリーを作製できる。全操作は1チューブ内で行えるため、サンプルロスを防ぎ、約2時間でライブラリー作製が完了する。さらにUMIを使用することで、低頻度変異の検出率を上げることができる。

ThruPLEX Tag-seq Kitのテクノロジー 　ThruPLEX Library Preparation Technology
図2．ThruPLEX Tag-seq Kitのテクノロジー
Step 1：断片化二本鎖DNAまたはセルフリーDNA（1～50 ng）のエンドリペア
Step 2：Stem-LoopアダプターのBlunt-endライゲーション
Stem-Loopアダプターは5’末端がブロックされており一本鎖部分がないためアダプター同士のアニーリングやライゲーションは起こらず、バックグラウンドを抑えることができる。
Step 3：ライブラリー増幅
ライゲーション後にStem-Loopアダプターを切断することによってバックグラウンドを抑え、正確性の高いライブラリー増幅を行うことができる。
低頻度アレルの検出
図3．低頻度アレルの検出

ThruPLEX Tag-seq Kitを使用して30 ngの1％ cfDNA標準サンプル（Horizon Diagnostics社）からライブラリーを調製した。Agilent SureSelect Target Enrichment Custom Panelにより濃縮後、約5,000xのカバレッジでシーケンスした。得られた配列データをCurio Genomics bioinformatics platformで解析した。Raw readsの場合、EGFR変異（黄点）はバックグラウンド（灰点）が高く不明瞭であるが（左図）、UMIを利用してデータ補正すると変異が明らかとなった（右図）。

シグナル／ノイズ比の飛躍的増加
図4．シグナル／ノイズ比の飛躍的増加

30 ng cfDNA標準サンプル（A）または10 ng cfDNA標準サンプル（B）からThruPLEX Tag-seq Kitを使用して、ライブラリーを調製した。NimbleGen SeqCap EZ Custom Panelで濃縮後、HiSeq2500で約5000xのカバレッジでシーケンスした。データはCurio Genomics bioinformatics platformで解析した。

内容

・Template Preparation Buffer (Red)
・Template Preparation Enzyme (Red)
・Library Synthesis Buffer (Yellow)
・Library Synthesis Enzyme (Yellow)
・Library Amplification Buffer (Green)
・Library Amplification Enzyme (Green)
・Nuclease-Free Water (Clear)
・Indexing Reagents

本キット以外に必要な機器、試薬等

  • サーマルサイクラー
  • 微量高速遠心機
  • PCR チューブまたは 96-well PCRプレートとシール
  • ピペットチップ
  • 80％ (v/v) エタノール
  • Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter, CAT. no. A63880)

保存

－20℃

Application

ThruPLEX® Tag-seq Kitを使用したcell-free DNA中の低頻度変異解析

Technical Notes

マイナーアレル頻度（MAF）検出のためのシーケンスデプス（英語）
イルミナ社Nextera® Rapid Captureを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
Roche NimbleGen社SeqCap EZを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
IDT社xGen panelsを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
Agilent社SureSelectXTを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
Agilent社SureSelectXT2を用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
Agilent社SureSelectQXTを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
がんゲノミクスとエピゲノミクス（英語）

使用文献・参考文献

関連製品・受託

ThruPLEX® DNA-Seq Kit
ThruPLEX® Plasma-Seq Kit
PicoPLEX® Single Cell WGA Kit v3

ThruPLEX® Tag-seq Kit Q＆A

注意事項
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