製品説明
PrimeSTAR LongSeq DNA Polymeraseは、Thermococcus属古細菌由来のDNA Polymeraseをベースに開発した新規PCR酵素です。本製品は世界最高クラスの高い特異性を持つため、非特異的増幅を抑制した50 kb以上の超長鎖増幅が可能であり、長鎖のGC/ATリッチなどの難配列も良好に増幅することができます。これらの特長により、従来は困難であった長鎖のマルチプレックスPCR反応を行うことができます。さらに高い正確性も併せ持つため、ロングリードシーケンスでの鋳型増幅に最適です。
本製品は、全てのコンポーネント(酵素、バッファー、dNTP Mixture等)が含まれている2×プレミックスタイプであり、-20℃で凍結しないため融解の手間がなく、直ちにプライマーと鋳型を加えて再現性の高いPCRを行うことができます。
なお、本製品に含まれる酵素は常温下でのDNA Polymerase活性および3’→5’exonuclease活性を抑えるモノクローナル抗体を添加したホットスタート用PCR酵素です。
内容
R055A(200回、50 μl反応系)
PrimeSTAR LongSeq Premix (2×) 1 ml×5
R055S(40回、50 μl反応系)
PrimeSTAR LongSeq Premix (2×) 1 ml
保存
-20℃
注)使用前には激しい攪拌を避け、転倒混和後スピンダウンしてください。
PCR条件
| 使用量 | 最終濃度 |
PrimeSTAR LongSeq Premix (2×) | 25 μl | 1× |
Primer1 | 10 pmol | 0.2 μM*1 |
Primer2 | 10 pmol | 0.2 μM*1 |
Template | 推奨鋳型量を参照 | |
滅菌精製水 | up to 50 μl | |
【推奨鋳型量】
ヒトゲノムDNA 10~500 ng
大腸菌ゲノムDNA 100 pg~200 ng
プラスミドDNA 10 pg~1 ng
逆転写産物(cDNA) 25~750 ng
94℃ ↓ 98℃ 55~67℃*3 68℃ |
| 1 min.*2
10~20 sec. 15 sec. 20~30 sec./kb |
|
30~40 cycles |
もしくは
98℃ 68℃ |
| 10~20 sec. 20~30 sec./kb |
|
30~40 cycles |
*1 マルチプレックスを実施する場合には各プライマーの終濃度が0.2 μMとなるように調製し、適宜プライマー濃度を調整することを推奨します。
*2 増幅領域がGC richの場合や長鎖ターゲットの増幅を行う場合には、94℃、1 min.で初期変性を行うことを推奨します。
*3 アニーリングの温度はプライマーのTm値に合わせて設定してください。
注1) イノシンを含むプライマーの使用は避けてください。
注2) 過剰なEDTAの持ち込みは避けてください。
注3) 鋳型やプライマーの希釈には、TE buffer(10 mM Tris-HCl, 0.1 mM EDTA)または滅菌精製水を推奨します。
PCR条件の選択
- プライマーは可能な限り、35 mer程度(Tm値>70℃)を推奨します。
- Tm値が70℃以下の場合は3 Step PCRにより良好な増幅が得られることがあります。
- マルチプレックスでは、プライマーのTm値を合わせるように設計することを推奨します。
実験例
(1)増幅鎖長
PrimeSTAR LongSeq DNA Polymerase(製品コード R055A/B)は優れた伸長性を有し、一般にHigh Fidelity PCR酵素では増幅しづらい長鎖の鋳型DNAにおいても、超長鎖(53 kb)まで特異性高く増幅が可能です。
鋳型:ヒトゲノムDNA(100 ng/50 μl反応系)
1. p53 | 0.5 kb |
2. DCLRE1A | 1 kb |
3. DCLRE1A | 2 kb |
4. DCLRE1A | 4 kb |
5. β-globin | 15 kb |
6. β-globin | 24 kb |
7. β-globin | 30 kb |
8. HBB | 40 kb |
9. SLC30A9 | 53 kb |
M1. 1 kb DNA Ladder | |
PCR条件: 94℃ ↓ 98℃ 55℃ 68℃ |
| 1 min.
10 sec. 15 sec. 30 sec./kb |
|
30 cycles |
Clontech PCR Thermal Cycler GP(製品コード WN400)使用
(2)GCリッチ・ATリッチターゲットの増幅
非特異的な増幅が起こりやすいGC rich・AT richな鋳型においても、PrimeSTAR LongSeq DNA Polymerase(製品コード R055A/B)では、特別なバッファーや反応条件を設定することなく長鎖増幅が可能です。
鋳型:ヒトゲノムDNA(100 ng/50 μl反応系)
1. 17 kb(GC含量 66%)
2. 20 kb(GC含量 65%)
3. 16 kb(AT含量 66%)
4. 21 kb(AT含量 65%)
M1. 1 kb DNA Ladder
PCR条件: 94℃ ↓ 98℃ 68℃ |
| 1 min.
10 sec. 30 sec./kb |
|
30 cycles |
Clontech PCR Thermal Cycler GP(製品コード WN400)使用