ThruPLEX® Plasma-Seq Kit

cfDNA解析用のライブラリー調製キット
  • 1~30 ngのセルフリーDNAに最適化されたイルミナ社NGS用ライブラリー作製キット
  • 1チューブ、2時間の調製時間、3 stepの迅速でシンプルなワークフロー
  • 高範囲に再現性の高いGCカバー率のNGS用ライブラリー作製
  • Beckman FXP Workstation(オートメーション)に対応可能
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製品コード メーカー
略称
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書、CoA
データシート
ベクター情報
参考資料 カート
Takara Code
R400679

CLN

Clontech
ThruPLEX® Plasma-Seq Kit
ライセンス
24回 ¥116,000
説明書・データシート・ベクター情報
RB4679
R400680

CLN

Clontech
ThruPLEX® Plasma-Seq Kit
ライセンス
48回 ¥220,000
説明書・データシート・ベクター情報
RB4680
R400681

CLN

Clontech
ThruPLEX® Plasma-Seq Kit
ライセンス
96回 ¥385,000
説明書・データシート・ベクター情報
RB4681
R400682

CLN

Clontech
ThruPLEX® Plasma-Seq Kit
ライセンス
480回 ¥1,830,000
説明書・データシート・ベクター情報
RB4682
※ 製品名の「SMARTer」はなくなりましたが、製品コード、価格、仕様等については変更ありません。
プロトコール:採血・血漿の調製方法
プロトコール:SureSelect XTとの組合せ
プロトコール:SeqCap EZとの組合せ
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製品説明

ThruPLEX Plasma-Seq Kit
ThruPLEX Plasma-Seq Kitは、血漿由来のセルフリーDNAからThruPLEX技術を用いてNGS用ライブラリーを作製するキットである。エンドリペアとライゲーションの反応条件の改良により、血漿サンプルDNAのGC特性を保持し、多様性の高いライブラリー作製できるように最適化されている。さらに、作製されたライブラリーは、全ゲノムシーケンスに利用できるだけでなく、Agilent SureSelect、Roche NimbleGen SeqCap EZ、IDT xGen Lockdown Probesなどの主要なTarget Enrichmentプラットフォームにも利用できる。
本キットには、インデックスが含まれていないため、DNA Index Kitを別途購入する必要がある。
ThruPLEX Plasma-Seq Kitの1チューブワークフロー
図1.ThruPLEX Plasma-Seq Kitの1チューブワークフロー

ThruPLEX Plasma-Seq Kitは、エンドリペア、アダプターライゲーション、ライブラリー増幅の3ステップで構成されており、1~30 ngセルフリーDNAからインデックスが付加されたライブラリーを調製できる。全操作は1チューブ内で行えるため、サンプルロスを防ぎ、約2時間でライブラリー作製が完了する。

ThruPLEX Plasma-Seq Kitのテクノロジー
図2.ThruPLEX Plasma-Seq Kitのテクノロジー
Step 1:セルフリーDNA(1~30 ng)のエンドリペア
Step 2:Stem-LoopアダプターのBlunt-endライゲーション
Stem-Loopアダプターは5’末端がブロックされており一本鎖部分がないためアダプター同士のアニーリングやライゲーションは起こらず、バックグラウンドを抑えることができる。
Step 3:ライブラリー増幅
ライゲーション後にStem-Loopアダプターを切断することによってバックグラウンドを抑え、正確性の高いライブラリー増幅を行うことができる。
セルフリーDNAのライブラリー多様性、duplicateの割合、非マップリードの比較
図3.セルフリーDNAのライブラリー多様性、duplicateの割合、非マップリードの比較

ThruPLEX Plasma-Seq Kitでは、ライブラリーの多様性が高く、duplicateの割合やマップされないリードが非常に低いライブラリー作製ができる。血漿由来のセルフリーDNAを図に示す量を使用してライブラリーを作製した。Illumina NextSeq 500で1ライブラリー当り17~25Mリードを取得した。Duplicateの割合は1ライブラリー当り、17Mリードで算出した。

Target Enrichmentシステムと組み合わせたパフォーマンス
図4.Target Enrichmentシステムと組み合わせたパフォーマンス

5 ng、6.5 ng、10 ngのセルフリーDNAから本キットで作製されたライブラリーを、ClearSeq SS XT2 DNA Kinome(Agilent社)を用いてターゲット領域を濃縮後、Illumina MiSeqでシーケンスした。各ライブラリーから平均5Mリードが得られた。
30xカバレッジにおいても、平均77%の塩基カバー率が得られた。

高い再現性とバイアスの低いGCカバー率
図5.高い再現性とバイアスの低いGCカバー率

ThruPLEX Plasma-Seq Kitでは、ヒトゲノム全体で再現性が良く、バイアスの低いGCカバー率のデータが得られた。本キットで得られたライブラリーでは、9種の血漿サンプル間で、変動は最少であった。ライブラリーは、1 ml血漿から精製されたセルフリーDNAから作製され、Illumina NextSeq 500でシーケンスした。但し、B社は4種の血漿サンプルからライブラリーを作製した。

内容

Template Preparation P Buffer
Template Preparation P Enzyme
Library Synthesis P Buffer
Library Synthesis P Enzyme
Library Amplification P Buffer
Library Amplification Enzyme
Nuclease-Free Water

保存

-20℃

本製品以外に必要な試薬等

  • PCR サーマルサイクラー (リアルタイムPCR用も可)
  • 遠心機
  • 96 well PCR プレートまたは PCRチューブ
  • 1.5 ml 低吸着マイクロチューブ(USA Scientific社, Code 1415-2600)
  • PCRプレートシール
  • シングルチャンネルピペット:10 μl、20 μl、200 μl
  • 8連チャンネルピペット: 20 μl、200 μl
  • フィルターピペットチップ:10 μl、20 μl、200 μl
  • TE buffer (10 mM Tris-HCl (pH 8.0)、0.1 mM EDTA)
  • 80% (v/v) エタノール(用時調製)
  • Magnetic Separator
  • Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter社, Code A63880)
注意事項
  • 本ページの製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
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