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ThruPLEX Plasma-Seq Kitは、エンドリペア、アダプターライゲーション、ライブラリー増幅の3ステップで構成されており、1~30 ngセルフリーDNAからインデックスが付加されたライブラリーを調製できる。全操作は1チューブ内で行えるため、サンプルロスを防ぎ、約2時間でライブラリー作製が完了する。
ThruPLEX Plasma-Seq Kitでは、ライブラリーの多様性が高く、duplicateの割合やマップされないリードが非常に低いライブラリー作製ができる。血漿由来のセルフリーDNAを図に示す量を使用してライブラリーを作製した。Illumina NextSeq 500で1ライブラリー当り17~25Mリードを取得した。Duplicateの割合は1ライブラリー当り、17Mリードで算出した。
5 ng、6.5 ng、10 ngのセルフリーDNAから本キットで作製されたライブラリーを、ClearSeq SS XT2 DNA Kinome(Agilent社)を用いてターゲット領域を濃縮後、Illumina MiSeqでシーケンスした。各ライブラリーから平均5Mリードが得られた。
30xカバレッジにおいても、平均77%の塩基カバー率が得られた。
ThruPLEX Plasma-Seq Kitでは、ヒトゲノム全体で再現性が良く、バイアスの低いGCカバー率のデータが得られた。本キットで得られたライブラリーでは、9種の血漿サンプル間で、変動は最少であった。ライブラリーは、1 ml血漿から精製されたセルフリーDNAから作製され、Illumina NextSeq 500でシーケンスした。但し、B社は4種の血漿サンプルからライブラリーを作製した。
Cell-free DNA-seq library prep
ThruPLEX®を用いた前立腺がんバイオマーカーのプロファイリング(英語)
無細胞核酸のシーケンス解析(英語)
イルミナ社Nextera® Rapid Captureを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル(英語)
Roche NimbleGen社SeqCap EZを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル(英語)
IDT社xGen panelsを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル(英語)
Agilent社SureSelectXTを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル(英語)
Agilent社SureSelectXT2を用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル(英語)
Agilent社SureSelectQXTを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル(英語)
ThruPLEX® Plasma-seqワークフローのための高品質血漿調製方法(英語)
がんゲノミクスとエピゲノミクス(英語)
簡単操作、微量(50 pg)対応の、ChIP-seqに最適なDNAライブラリー調製キット
ThruPLEX/PicoPLEXライブラリー調製キット用インデックスキット
イルミナ社NGSプラットフォームのためのライブラリー作製キット
FFPE DNA、cfDNA解析用のライブラリー調製キット
1,600万以上の分子バーコード付きライブラリー調製