cfDNA解析用のライブラリー調製キット
- 1～30 ngのセルフリーDNAに最適化されたイルミナ社NGS用ライブラリー作製キット
- 1チューブ、2時間の調製時間、3 stepの迅速でシンプルなワークフロー
- 高範囲に再現性の高いGCカバー率のNGS用ライブラリー作製
- Beckman FXP Workstation（オートメーション）に対応可能
※ 製品名の「SMARTer」はなくなりましたが、製品コード、価格、仕様等については変更ありません。
プロトコール：採血・血漿の調製方法
プロトコール：SureSelect XTとの組合せ
プロトコール：SeqCap EZとの組合せ
プロトコール：採血・血漿の調製方法
プロトコール：SureSelect XTとの組合せ
プロトコール：SeqCap EZとの組合せ
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製品説明
- ThruPLEX Plasma-Seq Kit
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ThruPLEX Plasma-Seq Kitは、血漿由来のセルフリーDNAからThruPLEX技術を用いてNGS用ライブラリーを作製するキットである。エンドリペアとライゲーションの反応条件の改良により、血漿サンプルDNAのGC特性を保持し、多様性の高いライブラリー作製できるように最適化されている。さらに、作製されたライブラリーは、全ゲノムシーケンスに利用できるだけでなく、Agilent SureSelect、Roche NimbleGen SeqCap EZ、IDT xGen Lockdown Probesなどの主要なTarget Enrichmentプラットフォームにも利用できる。
本キットには、インデックスが含まれていないため、DNA Index Kitを別途購入する必要がある。
ThruPLEX Plasma-Seq Kitは、エンドリペア、アダプターライゲーション、ライブラリー増幅の3ステップで構成されており、1～30 ngセルフリーDNAからインデックスが付加されたライブラリーを調製できる。全操作は1チューブ内で行えるため、サンプルロスを防ぎ、約2時間でライブラリー作製が完了する。
Step 1：セルフリーDNA（1～30 ng）のエンドリペア
Step 2：Stem-LoopアダプターのBlunt-endライゲーション
Stem-Loopアダプターは5’末端がブロックされており一本鎖部分がないためアダプター同士のアニーリングやライゲーションは起こらず、バックグラウンドを抑えることができる。
Stem-Loopアダプターは5’末端がブロックされており一本鎖部分がないためアダプター同士のアニーリングやライゲーションは起こらず、バックグラウンドを抑えることができる。
Step 3：ライブラリー増幅
ライゲーション後にStem-Loopアダプターを切断することによってバックグラウンドを抑え、正確性の高いライブラリー増幅を行うことができる。
ライゲーション後にStem-Loopアダプターを切断することによってバックグラウンドを抑え、正確性の高いライブラリー増幅を行うことができる。
ThruPLEX Plasma-Seq Kitでは、ライブラリーの多様性が高く、duplicateの割合やマップされないリードが非常に低いライブラリー作製ができる。血漿由来のセルフリーDNAを図に示す量を使用してライブラリーを作製した。Illumina NextSeq 500で1ライブラリー当り17～25Mリードを取得した。Duplicateの割合は1ライブラリー当り、17Mリードで算出した。
5 ng、6.5 ng、10 ngのセルフリーDNAから本キットで作製されたライブラリーを、ClearSeq SS XT2 DNA Kinome（Agilent社）を用いてターゲット領域を濃縮後、Illumina MiSeqでシーケンスした。各ライブラリーから平均5Mリードが得られた。
30xカバレッジにおいても、平均77％の塩基カバー率が得られた。
ThruPLEX Plasma-Seq Kitでは、ヒトゲノム全体で再現性が良く、バイアスの低いGCカバー率のデータが得られた。本キットで得られたライブラリーでは、9種の血漿サンプル間で、変動は最少であった。ライブラリーは、1 ml血漿から精製されたセルフリーDNAから作製され、Illumina NextSeq 500でシーケンスした。但し、B社は4種の血漿サンプルからライブラリーを作製した。
内容
Template Preparation P Buffer
Template Preparation P Enzyme
Library Synthesis P Buffer
Library Synthesis P Enzyme
Library Amplification P Buffer
Library Amplification Enzyme
Nuclease-Free Water
Template Preparation P Enzyme
Library Synthesis P Buffer
Library Synthesis P Enzyme
Library Amplification P Buffer
Library Amplification Enzyme
Nuclease-Free Water
保存
－20℃
本製品以外に必要な試薬等
- PCR サーマルサイクラー (リアルタイムPCR用も可)
- 遠心機
- 96 well PCR プレートまたは PCRチューブ
- 1.5 ml 低吸着マイクロチューブ(USA Scientific社, Code 1415-2600)
- PCRプレートシール
- シングルチャンネルピペット：10 μl、20 μl、200 μl
- 8連チャンネルピペット： 20 μl、200 μl
- フィルターピペットチップ：10 μl、20 μl、200 μl
- TE buffer (10 mM Tris-HCl (pH 8.0)、0.1 mM EDTA)
- 80％ (v/v) エタノール（用時調製）
- Magnetic Separator
- Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter社, Code A63880)
Technical Notes
Cell-free DNA-seq library prep
ThruPLEX®を用いた前立腺がんバイオマーカーのプロファイリング（英語）
無細胞核酸のシーケンス解析（英語）
イルミナ社Nextera® Rapid Captureを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
Roche NimbleGen社SeqCap EZを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
IDT社xGen panelsを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
Agilent社SureSelectXTを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
Agilent社SureSelectXT2を用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
Agilent社SureSelectQXTを用いたThruPLEXターゲット濃縮プロトコル（英語）
ThruPLEX® Plasma-seqワークフローのための高品質血漿調製方法（英語）
がんゲノミクスとエピゲノミクス（英語）
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- 注意事項
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