ロングリードRNA-Seq解析（Iso-Seq）

ロングリードシーケンサーによる網羅的な全長アイソフォームの検出

特長

  • ロングリードシーケンサーによるRNA-Seq解析
  • 新規アイソフォームの配列取得、アイソフォームごとの発現解析が可能

概要

PacBioロングリードシーケンサー（パシフィックバイオサイエンス社）を用いて、遺伝子配列の取得を行います。ショートリードのシーケンスでは難しかったアイソフォームの配列決定、アイソフォームごとの遺伝子発現解析にご利用いただけます。

サービス内容

total RNAまたは組織・細胞等の検体を提供いただき、ライブラリー作製後、PacBioロングリードシーケンサーを用いてシーケンス解析を行います。得られたシーケンスデータを参照配列に対してマッピングすることで、アイソフォームごとの発現量解析や、新規アイソフォームの検出を行います。

  • 作業の流れ
    total RNAの作業の流れ


  • 納品データ例（マッピング結果例）
    マッピング結果


  • 納品データ例（アノテーション結果例）
    アノテーション結果


【オプションサービス】

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

お見積りについてはこちらよりご依頼ください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 解析データ一式（マッピング結果ファイル、発現情報・アノテーション結果ファイル）

ご注文方法

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。

  • オンライン注文
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
    WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
    ※ 生物種、検体形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
    ご注文方法の概略については、「オンラインのご注文方法について」をご参照ください。
    ※オンライン注文ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
    　また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • メール注文
    ・検体送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
    ・依頼書記載の検体名称と、実際の送付検体に記載の名称は必ず一致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。

  • 検体送付
    ・解析検体ならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記検体送付先へご送付ください。
    ・検体は乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・送付検体がRNAの場合には、凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください。

受入検体

  • total RNAなど
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
    横にスクロールできます

    		サンプル量 濃度 液量（目安） 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    total RNA*1 1 μg以上 100 ng/μl以上 10 μl以上 1.6以上
    組織・細胞（オプション） 別途ご相談*2

    *1 polyA＋ RNAが無い原核生物の解析は別途ご相談ください。
    *2 送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。
    ・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
    ・電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。
    ・DNase処理を実施してください。
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
    ・ご希望の作業に応じて、以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

ご留意事項

・ ご送付いただいたRNA検体はアジレント2200 TapeStationなどを用いて検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
・ お客様よりご提供いただいた検体・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
・ 解析依頼書にご記載いただく検体名称およびグループ名称には、文字種や命名方法に関する制約がございます。依頼書記載の命名規定に沿わない名称は解析エラーの原因となる可能性があるため、弊社にて修正させていただく場合がございます。あらかじめご了承ください。

関連製品・受託

次世代シーケンス（NGS）解析受託
RNA-Seq解析
de novo RNA-Seq解析（cDNA配列解析）

注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
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