ショットガンメタゲノム解析

微生物群のゲノム／遺伝子情報を網羅的に解析

特長

  • 次世代シーケンサーを用いたメタゲノムのショットガンシーケンス
  • 菌種組成および菌叢の持つ機能を解明
  • 糞便等様々な検体からのDNA抽出にも対応可能
  • LEfSeを用いた統計比較解析、共起ネットワーク解析など充実の情報解析

サービス内容

メタゲノムDNAからショットガンライブラリーを作製後、イルミナシーケンサーを用いてシーケンスデータを取得します。取得したリードについて、データベース配列へマッピングし、菌種組成を算出します。群間比較にて群に特徴的な菌種情報の取得と、共起ネットワーク解析により菌叢の量的変化の相関を見ることも可能です。
また同時にアセンブル・遺伝子予測により、菌叢の持つ代謝機能（遺伝子組成）を見ることも可能です。
BacteriaだけでなくArchaea、Viruses（二本鎖DNAウイルス）、fungi、Microbial eukaryotes（藻類やプロトゾア）も解析対象に含まれます。

■納品データ例

・系統分類結果
門・網・目・科・属・種の各レベルごとに菌種組成を算出

Bar Chart
Bar Chart図
Pie Chart
Pie Chart図

・群間比較（LEfSe）
群間比較で特徴的な菌種情報を取得

Cladogram
系統樹に差があった群で色付け
Cladogram図
Bar Chart
有意差があった菌種の存在比をオリジナルビューワで確認可能
Bar Chart図
Heatmap
検体、菌種でクラスタリングし、菌の相対存在量のパターンを視覚化。オリジナルビューワで閲覧可能
Heatmap図

・共起ネットワーク解析
菌の出現頻度や量的な相関関係から共起関係にある細菌を探索。菌種間の相関を確認
共起ネットワーク解析図

■サービス詳細は技術資料をご覧ください（閲覧にはWEB会員ログインが必要です）。
ショットガンメタゲノム解析ウェブ会員限定技術資料

■チラシをご覧ください。
マイクロバイオーム解析
マイクロバイオーム解析チラシ
オプション
  • 遺伝子機能解析
    菌叢のもつ遺伝子組成を算出します。遺伝子予測結果、遺伝子存在比を納品いたします。

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 系統分類・群間比較結果一式

ご注文方法

・検体送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
・依頼書記載の検体名称と、実際の送付検体に記載の名称は必ず一致させてください。
※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
  • 16S rRNA解析（細菌叢解析）／ショットガンメタゲノム解析　発注依頼書（Excel）
    グループ情報の記載例はこちらを参照ください。
  • 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
    ※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
    「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。
  • 解析生物に関する情報提供用紙（Excel）
    ※細菌、真菌、ウイルス、原虫および寄生虫を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「解析生物に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。弊社ではバイオセーフティーレベル3以上の生物および安全性が確認できない検体については受け入れできません。ご了承ください。

  • 検体送付
    ・解析検体ならびに依頼書を下記検体送付先へご送付ください。
    ・検体は乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・送付検体がDNAの場合には－20℃の状態の冷凍便でお送りください。採便キットで送付いただく場合は、保冷剤同梱の上、冷蔵便（４℃）にてお送りください。

受入検体

  • 生体検体等

    		 検体量 温度
    糞便 目安：200 mg（小豆大）程度＊ 冷凍
    ＊ 採取・送付方法について事前にお問い合わせください。


  • ゲノムDNA
    以下の点にご注意の上、解析検体を調製してください。

    		 検体量 濃度 液量（目安） 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    ゲノムDNA 200 ng以上 5 ng/μl以上 40 μl以上 1.6以上
    • 上記基準に満たない場合や土壌などの環境検体の場合は、別途お問い合わせください。
    • DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer：10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
    • 電気泳動（1％ゲル）にて10～20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入および分解がないことをご確認ください。

■検体送付容器について
・ゲノムDNA検体は、1.5 mlチューブでご提供ください。0.5 mlチューブ、PCRチューブ、8連チューブでの提供はご遠慮ください。
　24検体以上の場合は96 well plateでご提供ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。
　※プレートは弊社より提供可能（無償）です。ご希望の方はお問い合わせください。

＜推奨プレートおよびシール＞
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates（Eppendorf社, No. EP-0030128.648）
・タイタースティックHCフィルム（WATSON社, No. 547-KTS-HC）

ご留意事項

・ 供与核酸の品質によっては再提供をお願いすることがあります。
・ お客様よりご提供いただいた検体・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

16S rRNA解析（細菌叢解析）・ショットガンメタゲノム解析のグループ情報記載例と使用例

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細菌叢解析、ショットガンメタゲノム解析 Q&A

注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
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